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- PDB-2fum: Catalytic domain of protein kinase PknB from Mycobacterium tuberc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fum
タイトルCatalytic domain of protein kinase PknB from Mycobacterium tuberculosis in complex with mitoxantrone
要素Probable serine/threonine-protein kinase pknB
キーワードTRANSFERASE / PROTEIN KINASE-INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of growth rate / acetyltransferase activator activity / negative regulation of catalytic activity / negative regulation of fatty acid biosynthetic process / response to host immune response / positive regulation of catalytic activity / positive regulation of DNA binding / peptidoglycan biosynthetic process / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / peptidoglycan-based cell wall ...negative regulation of growth rate / acetyltransferase activator activity / negative regulation of catalytic activity / negative regulation of fatty acid biosynthetic process / response to host immune response / positive regulation of catalytic activity / positive regulation of DNA binding / peptidoglycan biosynthetic process / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / peptidoglycan-based cell wall / negative regulation of protein binding / manganese ion binding / regulation of cell shape / protein autophosphorylation / membrane => GO:0016020 / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
PASTA domain / PASTA domain / PASTA domain profile. / PASTA / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 ...PASTA domain / PASTA domain / PASTA domain profile. / PASTA / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-MIX / Serine/threonine-protein kinase PknB / Serine/threonine-protein kinase PknB
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.89 Å
データ登録者Wehenkel, A. / Alzari, P.M.
引用ジャーナル: Febs Lett. / : 2006
タイトル: The structure of PknB in complex with mitoxantrone, an ATP-competitive inhibitor, suggests a mode of protein kinase regulation in mycobacteria
著者: Wehenkel, A. / Fernandez, P. / Bellinzoni, M. / Catherinot, V. / Barilone, N. / Labesse, G. / Jackson, M. / Alzari, P.M.
履歴
登録2006年1月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年8月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable serine/threonine-protein kinase pknB
B: Probable serine/threonine-protein kinase pknB
C: Probable serine/threonine-protein kinase pknB
D: Probable serine/threonine-protein kinase pknB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,6128
ポリマ-129,8344
非ポリマー1,7784
00
1
A: Probable serine/threonine-protein kinase pknB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,9032
ポリマ-32,4591
非ポリマー4441
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Probable serine/threonine-protein kinase pknB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,9032
ポリマ-32,4591
非ポリマー4441
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Probable serine/threonine-protein kinase pknB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,9032
ポリマ-32,4591
非ポリマー4441
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Probable serine/threonine-protein kinase pknB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,9032
ポリマ-32,4591
非ポリマー4441
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)116.863, 116.863, 260.347
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31A
41B
12C
22D
32C
42D

NCSドメイン領域:

Refine code: 2

Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111THRTHRILEILEAA3 - 16323 - 183
211THRTHRILEILEBB3 - 16323 - 183
321GLYGLYHISHISAA178 - 277198 - 297
421GLYGLYHISHISBB178 - 277198 - 297
112THRTHRPHEPHECC3 - 15723 - 177
212THRTHRPHEPHEDD3 - 15723 - 177
322ALAALAHISHISCC180 - 277200 - 297
422ALAALAHISHISDD180 - 277200 - 297

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質
Probable serine/threonine-protein kinase pknB / PKNB SER/THR KINASE


分子量: 32458.506 Da / 分子数: 4 / 断片: CATALYTIC DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
生物種: Mycobacterium tuberculosis / : H37RV / 遺伝子: pknB / プラスミド: PET28 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P0A5S4, UniProt: P9WI81*PLUS, EC: 2.7.1.37
#2: 化合物
ChemComp-MIX / 1,4-DIHYDROXY-5,8-BIS({2-[(2-HYDROXYETHYL)AMINO]ETHYL}AMINO)-9,10-ANTHRACENEDIONE / MITOXANTRONE / 1,4-DIHYDROXY-5,8-BIS({2-[(2-HYDROXYETHYL)AMINO]ETHYL}AMINO)ANTHRA-9,10-QUINONE / ミトキサントロン


分子量: 444.481 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : C22H28N4O6 / コメント: 抗腫瘍剤*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.05 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 1.2M NaAcetate 50mM NaCacodylate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.931 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月10日
放射モノクロメーター: Diamond (111), Ge(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.89→69.84 Å / Num. all: 28195 / Num. obs: 28195 / % possible obs: 63.47 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 2.89→3.21 Å / % possible all: 16

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1O6Y
解像度: 2.89→69.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU B: 53.161 / SU ML: 0.412 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.509 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: THE DATA IS HIGHLY ANISOTROPIC (2.89 A RESOLUTION LIMIT ALONG THE c* AXIS, BUT ONLY 3.5 A ALONG THE a* AND b* AXES), ACCOUNTING FOR THE POOR DATA COMPLETENESS AT THE HIGHER RESOLUTION SHELLS ...詳細: THE DATA IS HIGHLY ANISOTROPIC (2.89 A RESOLUTION LIMIT ALONG THE c* AXIS, BUT ONLY 3.5 A ALONG THE a* AND b* AXES), ACCOUNTING FOR THE POOR DATA COMPLETENESS AT THE HIGHER RESOLUTION SHELLS (DATA IS 99% COMPLETE AT 3.49 A, 45% IN THE 3.49-3.21 A SHELL, AND ONLY 16% IN THE 3.21-2.89 A SHELL.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27798 1426 5.1 %RANDOM
Rwork0.21784 ---
obs0.22097 26685 68.13 %-
all-26685 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 79.784 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.91 Å20 Å20 Å2
2--3.91 Å20 Å2
3----7.82 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.89→69.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7870 0 128 0 7998
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0228171
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7371.9811143
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.21251029
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.06923.579366
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg24.322151223
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.6951566
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1270.21256
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.026315
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2660.24512
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3250.25666
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1820.2384
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2440.249
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1810.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3191.55272
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.56628336
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.1433497
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.0744.52807
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1A1028tight positional0.090.05
2C1000tight positional0.070.05
1A925medium positional0.680.5
2C898medium positional0.630.5
1A1028tight thermal0.10.5
2C1000tight thermal0.080.5
1A925medium thermal0.622
2C898medium thermal0.52
LS精密化 シェル解像度: 2.891→2.966 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.528 17 -
Rwork0.341 217 -
obs--7.81 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.4687-1.65040.12886.2814-1.40138.5972-0.04720.0765-0.27870.56860.1803-0.64010.17631.1117-0.1330.13440.14840.01840.1291-0.0342-0.401867.0125-6.545-29.4674
25.87020.9899-0.72764.22980.30969.2680.465-0.2260.4728-0.0149-0.34190.4071-0.4227-1.0215-0.1232-0.02750.18580.08490.00820.0606-0.295544.79114.5138-19.3964
33.4415-0.6644-2.5188.71881.83988.97660.08860.3725-0.3847-0.38790.2819-0.64410.39041.0653-0.37040.1330.2421-0.06330.1710.0686-0.40564.8508-9.9255-50.3222
42.57920.81570.50787.0844-0.93199.0768-0.021-0.18850.2804-0.07560.30420.4925-1.4792-0.4772-0.28320.20170.31960.0557-0.00420.1167-0.27950.841310.5132-61.176
513.0911-2.77481.97195.6346-1.53688.1272-0.2334-1.29270.48170.96140.2270.1945-0.9569-0.08040.00640.55810.20310.0817-0.22360.08670.141482.2391-52.4819-16.0674
63.2682-2.9604-0.7258.4385-0.90373.82360.30240.395-0.313-0.5721-0.40890.3902-0.1276-0.35180.10650.41840.2856-0.09710.0340.0270.05767.1133-39.6418-35.1497
75.833-1.2247-0.79788.2543.037810.7647-0.2015-1.2362-1.62270.79150.12890.68331.3560.0420.07260.49060.03820.10940.12930.23880.72378.8837-73.543-17.9286
83.56490.4624-2.29314.94951.29097.3434-0.17030.6221-0.4317-0.8218-0.09930.8760.162-0.73980.26950.74650.0775-0.3271-0.003-0.08920.474278.5643-79.9137-44.4222
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA3 - 9623 - 116
2X-RAY DIFFRACTION2AA97 - 277117 - 297
3X-RAY DIFFRACTION3BB3 - 9623 - 116
4X-RAY DIFFRACTION4BB97 - 278117 - 298
5X-RAY DIFFRACTION5CC3 - 9623 - 116
6X-RAY DIFFRACTION6CC97 - 278117 - 298
7X-RAY DIFFRACTION7DD3 - 9623 - 116
8X-RAY DIFFRACTION8DD97 - 277117 - 297

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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