PDB-3mg3: Crystal structure of the orange carotenoid protein R155L mutant f...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3mg3

タイトル

Crystal structure of the orange carotenoid protein R155L mutant from cyanobacteria synechocystis sp. PCC 6803

要素

Orange carotenoid-binding protein

キーワード

CAROTENOID BINDING PROTEIN / Echinone / Phycobilisome

機能・相同性

機能・相同性情報

light absorption / phycobilisome / chloride ion binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photoreceptor activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Synechocystis sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.702 Å

データ登録者

Wilson, A. / Kinney, J. / Zwart, P.H. / Punginelli, C. / D'Haen, S. / Perreau, F. / Klein, M.G. / Kirilovsky, D. / Kerfeld, C.A.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Structural determinants underlying photoprotection in the photoactive orange carotenoid protein of cyanobacteria.
著者: Wilson, A. / Kinney, J.N. / Zwart, P.H. / Punginelli, C. / D'Haene, S. / Perreau, F. / Klein, M.G. / Kirilovsky, D. / Kerfeld, C.A.

履歴

登録	2010年4月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2010年4月14日	ID: 3I1X
改定 1.0	2010年4月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.3	2021年10月6日	Group: Advisory / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年9月6日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3mg3.cif.gz	348.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3mg3.ent.gz	289.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3mg3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mg/3mg3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mg/3mg3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3mg1C 3mg2C 3i1v PDB 未公開エントリS 5ui2 C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5ui2-d 3lls-d 3mg1-d 2c36-d 5ugl-d 7kia-d 1pxy-1 4usk-1 4usk-2 4uua-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Orange carotenoid-binding protein

B: Orange carotenoid-binding protein

ヘテロ分子

72.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: Orange carotenoid-binding protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
36.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

B: Orange carotenoid-binding protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
36.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.683, 82.683, 86.571
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	145
Space group name H-M	P3₂

詳細

dimer

#1: タンパク質	Orange carotenoid-binding protein / OCP 分子量: 35411.375 Da / 分子数: 2 / 変異: R155L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Synechocystis sp. (バクテリア) / 株: PCC 6803 / 遺伝子: slr1963 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P74102
#2: 化合物	ChemComp-ECH / beta,beta-caroten-4-one / echinenone / (9′Z)-β-エキネノン分子量: 550.856 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₀H₅₄O
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 648 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
非ポリマーの詳細	WATER MOLECULES 1001-1648 IN THE COORDINATES CORRESPOND TO WATER MOLECULES 1-648 IN THE RELEVANT PUBLICATION.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.01 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8 詳細: 12% PEG 3350, 100mM Sodium acetate, 2% Glycerol, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月5日

放射

モノクロメーター: Si(111) Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 71874 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 5.7 % / R_merge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 15.2

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	% possible all
1.7-1.73	5.7	0.551	98
1.73-1.76	5.7	0.48	98.1
1.76-1.79	5.7	0.411	98.3
1.79-1.83	5.8	0.329	98.4
1.83-1.87	5.7	0.273	98.4
1.87-1.91	5.7	0.223	98.6
1.91-1.96	5.7	0.186	98.7
1.96-2.02	5.8	0.151	98.8
2.02-2.07	5.7	0.133	99.1
2.07-2.14	5.7	0.115	99.2
2.14-2.22	5.8	0.103	98.8
2.22-2.31	5.7	0.097	99.5
2.31-2.41	5.7	0.085	99.2
2.41-2.54	5.7	0.081	99.5
2.54-2.7	5.7	0.075	99.6
2.7-2.91	5.7	0.07	99.6
2.91-3.2	5.7	0.068	99.8
3.2-3.66	5.6	0.057	99.8
3.66-4.61	5.5	0.047	99.8
4.61-50	5.9	0.044	99.8

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	dev_222	精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3I1V

3i1v
PDB 未公開エントリ

解像度: 1.702→41.341 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 18.91 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1907	3614	5.03 %
R_work	0.1533	-	-
obs	0.1552	71837	99.05 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 45.924 Å² / k_sol: 0.393 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.164 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.6686 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.6686 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.3372 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.702→41.341 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4653	0	124	648	5425

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	5048
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.432	6904
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.023	1924
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.093	780
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.014	910

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7025-1.7633	0.2469	334	0.2002	6810	X-RAY DIFFRACTION	98
1.7633-1.8339	0.2297	349	0.1784	6766	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8339-1.9174	0.206	355	0.1561	6772	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9174-2.0185	0.1813	344	0.1499	6859	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0185-2.1449	0.1971	361	0.1456	6822	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1449-2.3105	0.1833	362	0.1386	6812	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3105-2.543	0.1954	395	0.1468	6807	X-RAY DIFFRACTION	99
2.543-2.9109	0.197	373	0.1503	6839	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9109-3.6671	0.1754	372	0.1442	6863	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6671-41.3537	0.1793	369	0.1557	6873	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3527	-0.0033	0.2047	0.0439	0.1956	1.0019	-0.1107	0.0276	0.0717	0.1216	0.0445	0.0137	0.1282	0.0481	0.0736	0.0719	0.0118	0.0076	0.0229	-0.027	0.0567	-21.4433	11.2423	-2.3099
2	1.6758	-0.7659	-0.4994	0.3545	0.1615	0.6027	-0.1858	-0.0236	-0.0373	0.1514	0.099	0.02	0.2108	0.0438	0.0733	0.1226	0.039	-0.0105	0.0316	-0.0169	0.0423	-18.9009	6.0032	2.8715
3	0.3503	-0.231	-0.1983	0.5581	-0.2136	0.6945	-0.0369	0.147	0.0546	-0.0491	-0.0991	-0.1276	0.0304	0.3117	0.1145	0.0204	0.0063	0.013	0.1951	0.0514	0.051	-13.5467	21.2433	-21.1868
4	0.0942	-0.1261	0.2201	0.328	-0.0935	0.7206	-0.0366	0.1226	0.0264	0.0206	-0.0611	0.0031	0.0361	0.1203	0.0774	0.0048	-0.0316	-0.0205	0.0673	0.0433	0.0353	-23.9424	25.5305	-18.6306
5	0.2058	0.0217	-0.133	0.0411	0.1793	0.966	-0.1077	-0.0106	-0.0778	-0.1022	0.0585	-0.0031	-0.1077	0.0468	0.0584	0.0735	-0.0104	-0.0005	0.0311	-0.0254	0.0722	-21.8487	36.3391	11.4104
6	1.6735	0.6632	0.4281	0.3048	0.0118	0.6541	-0.1797	0.0243	0.0202	-0.1249	0.0986	0.0024	-0.2257	0.0312	0.0727	0.1239	-0.0425	0.0132	0.0302	-0.0231	0.0469	-18.9573	41.591	6.2795
7	0.3202	0.2088	0.1424	0.3575	-0.1793	0.5856	-0.0314	-0.1483	-0.07	0.0296	-0.0817	-0.0904	-0.0262	0.2586	0.0976	0.0148	-0.0027	-0.0097	0.1686	0.044	0.0382	-13.6064	26.3528	30.3996
8	0.1426	0.1888	-0.2909	0.6586	-0.1785	0.6713	-0.0172	-0.1125	-0.0107	-0.0118	-0.056	0.0491	-0.0219	0.1237	0.0626	0.0204	0.0312	0.0103	0.0637	0.0368	0.0396	-23.4777	22.2104	27.8956

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 4:72)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 73:169)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 170:243)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 244:320)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resid 5:72)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 73:169)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 170:243)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 244:320)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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