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- PDB-5nxc: LIM Domain Kinase 1 (LIMK1) In Complex With PF-00477736 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nxc
タイトルLIM Domain Kinase 1 (LIMK1) In Complex With PF-00477736
要素LIM domain kinase 1
キーワードTRANSFERASE / Kinase Actin cytoskeleton Inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of actin filament bundle assembly / RHO GTPases Activate ROCKs / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / axon extension / stress fiber assembly / Fc-gamma receptor signaling pathway involved in phagocytosis / RHO GTPases activate PAKs / Sema3A PAK dependent Axon repulsion / ubiquitin ligase inhibitor activity / positive regulation of axon extension ...positive regulation of actin filament bundle assembly / RHO GTPases Activate ROCKs / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / axon extension / stress fiber assembly / Fc-gamma receptor signaling pathway involved in phagocytosis / RHO GTPases activate PAKs / Sema3A PAK dependent Axon repulsion / ubiquitin ligase inhibitor activity / positive regulation of axon extension / Rho protein signal transduction / positive regulation of stress fiber assembly / heat shock protein binding / EPHB-mediated forward signaling / male germ cell nucleus / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / nervous system development / lamellipodium / actin cytoskeleton organization / cytoskeleton / neuron projection / protein phosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / postsynapse / protein kinase activity / nuclear speck / protein serine kinase activity / focal adhesion / protein serine/threonine kinase activity / ubiquitin protein ligase binding / glutamatergic synapse / signal transduction / ATP binding / metal ion binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / LIM zinc-binding domain signature. / LIM domain / Zinc-binding domain present in Lin-11, Isl-1, Mec-3. / Zinc finger, LIM-type / LIM domain profile. / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain ...: / LIM zinc-binding domain signature. / LIM domain / Zinc-binding domain present in Lin-11, Isl-1, Mec-3. / Zinc finger, LIM-type / LIM domain profile. / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9DB / LIM domain kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Mathea, S. / Salah, E. / Pike, A.C.W. / Bushell, S. / Carpenter, E.P. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Bullock, A.N. / Knapp, S.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: LIM Domain Kinase (LIMK1) In Complex With PF-00477736
著者: Mathea, S. / Salah, E. / Pike, A.C.W. / Bushell, S. / Carpenter, E.P. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Bullock, A.N. / Knapp, S.
履歴
登録2017年5月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: LIM domain kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4142
ポリマ－35,9951
非ポリマー4191
水79344
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area13300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.387, 95.836, 84.392
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 LIM domain kinase 1 / LIMK-1


分子量: 35994.773 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 330-637 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LIMK1, LIMK
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P53667, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-9DB / (2~{R})-2-azanyl-2-cyclohexyl-~{N}-[2-(1-methylpyrazol-4-yl)-9-oxidanylidene-3,10,11-triazatricyclo[6.4.1.0^{4,13}]trideca-1,4,6,8(13),11-pentaen-6-yl]ethanamide / PF-477736


分子量: 419.480 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H25N7O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.97 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.0 0.2 M MgCl2 10% PEG8K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→84.39 Å / Num. obs: 17463 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.22 / Net I/σ(I): 6.3
反射 シェル解像度: 2.25→2.28 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.92 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 857 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1YI6

1yi6


解像度: 2.25→64.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.908 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.866 / SU B: 8.153 / SU ML: 0.198 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.29 / ESU R Free: 0.248 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29837 815 4.7 %RANDOM
Rwork0.23911 ---
obs0.24188 16629 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 28.185 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.61 Å2-0 Å2-0 Å2
2--1.96 Å20 Å2
3----1.35 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.25→64.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2133 0 31 44 2208
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0192224
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022057
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7491.9553022
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.08734716
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg75272
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.15723.22996
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.78815351
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9891514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.2327
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0212606
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02520
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2472.8731095
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.2462.8731096
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.5324.31364
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.5314.31365
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2942.961129
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.2932.9611130
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.5474.3681659
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.05222.042468
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.05422.0322457
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.246→2.304 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.309 58 -
Rwork0.271 1186 -
obs--99.92 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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