[日本語] English
万見
- PDB-7b2c: Crystal structure of the ethyl-coenzyme M reductase from Candidat... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7b2c
タイトルCrystal structure of the ethyl-coenzyme M reductase from Candidatus Ethanoperedens thermophilum gassed with xenon
要素(Ethyl-Coenzyme M reductase ...) x 3
キーワードTRANSFERASE / Ethyl-CoM reductase / Methyl-CoM reductase / xenon-derivatization / ethane-oxidizers / F430-cofactor / post-translational modification / gas channel / coenzyme M / coenzyme B / true atomic resolution / thermophile / archaea.
機能・相同性1-THIOETHANESULFONIC ACID / : / Coenzyme B / Dimethylated-F430 cofactor / Chem-UWT / XENON
機能・相同性情報
生物種Candidatus Ethanoperedens thermophilum (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Wagner, T. / Lemaire, O.N. / Engilberge, S.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
Max Planck Society ドイツ
German Research Foundation (DFG)EXC-2077 390741603 ドイツ
引用ジャーナル: Science / 年: 2021
タイトル: Crystal structure of a key enzyme for anaerobic ethane activation.
著者: Hahn, C.J. / Lemaire, O.N. / Kahnt, J. / Engilberge, S. / Wegener, G. / Wagner, T.
履歴
登録2020年11月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Ethyl-Coenzyme M reductase alpha subunit
B: Ethyl-Coenzyme M reductase beta subunit
C: Ethyl-Coenzyme M reductase gamma subunit
D: Ethyl-Coenzyme M reductase alpha subunit
E: Ethyl-Coenzyme M reductase beta subunit
F: Ethyl-Coenzyme M reductase gamma subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)300,57765
ポリマ－293,5956
非ポリマー6,98159
水42,2632346
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)83.791, 147.186, 113.376
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.200, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
Ethyl-Coenzyme M reductase ... , 3種, 6分子 ADBECF

#1: タンパク質 Ethyl-Coenzyme M reductase alpha subunit


分子量: 66344.344 Da / 分子数: 2 / 変異: wild-type / 由来タイプ: 天然
詳細: Seven post-translational modifications exist in the subunit: N1-methylhistidine291 5(S)-methylarginine305 S-methylcysteine354 3-methylisoleucine377 2(S)-methylglutamine445 Thioglycine490 N2-methylhistidine491
由来: (天然) Candidatus Ethanoperedens thermophilum (古細菌)
細胞株: / / 器官: / / Plasmid details: Culture enrichment / Variant: / / 組織: / / 参照: coenzyme-B sulfoethylthiotransferase
#2: タンパク質 Ethyl-Coenzyme M reductase beta subunit


分子量: 49874.453 Da / 分子数: 2 / 変異: wild-type / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Candidatus Ethanoperedens thermophilum (古細菌)
細胞株: / / 器官: / / Plasmid details: Culture enrichment / Variant: / / 組織: / / 参照: coenzyme-B sulfoethylthiotransferase
#3: タンパク質 Ethyl-Coenzyme M reductase gamma subunit


分子量: 30578.789 Da / 分子数: 2 / 変異: wild-type / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Candidatus Ethanoperedens thermophilum (古細菌)
細胞株: / / 器官: / / Plasmid details: Culture enrichment / Variant: / / 組織: / / 参照: coenzyme-B sulfoethylthiotransferase

-
非ポリマー , 12種, 2405分子

#4: 化合物 ChemComp-USN / Dimethylated-F430 cofactor


分子量: 934.633 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H55N6NiO13 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 化合物 ChemComp-TP7 / Coenzyme B / 7-MERCAPTOHEPTANOYLTHREONINEPHOSPHATE / N-(7-メルカプトヘプタノイル)-O-ホスホノ-L-トレオニン


分子量: 343.334 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H22NO7PS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物 ChemComp-COM / 1-THIOETHANESULFONIC ACID / 2-メルカプトエタンスルホン酸


分子量: 142.197 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O3S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#10: 化合物
ChemComp-XE / XENON / キセノン


分子量: 131.293 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Xe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#11: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#12: 化合物 ChemComp-UWT / (2R)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-oxidanylpropoxy]propoxy]propan-1-ol / (2~{R})-2-[(2~{S})-2-[(2~{S})-2-oxidanylpropoxy]propoxy]propan-1-ol


分子量: 192.253 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H20O4
#13: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mg
#14: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#15: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2346 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.06 % / 解説: Yellow brick of 200 um long
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Crystals were obtained by initial screening at 20 degree Celsius using the sitting drop method on a 96-Well MRC 2-Drop Crystallization Plates in polystyrene (SWISSCI). The crystallization ...詳細: Crystals were obtained by initial screening at 20 degree Celsius using the sitting drop method on a 96-Well MRC 2-Drop Crystallization Plates in polystyrene (SWISSCI). The crystallization reservoir contained 90 ul of mother liquor, crystallization drop contained a mixture of 0.6 ul protein at 16.22 mg.ml-1 and 0.6 ul precipitant. The crystal was obtained by initial screening using the JBScreen Pentaerythritol screen from Jena Bioscience in a Coy tent under an N2/H2 atmosphere (95:5 %). The crystallization reservoir contained 45 % (w/v) Pentaerythritol Propoxylate (5/4 PO/OH), 100 mM Tris pH 8.5 and 400 mM potassium chloride. Crystal was harvested using a MiTeGen MicroRT loop. In order to protect the crystal during xenon pressurisation, a part of the plastic capillary, usually used for room temperature diffraction experiments, was placed around it. The loop was then mounted in an Oxford Xcell xenon chamber. Xenon pressure was gradually increased using a manual pump to reach 25 bars. After 7 min, pressure was slowly released and the crystal immediately plunged in liquid nitrogen.
PH範囲: 7.5 - 8.5 / Temp details: /

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.54981 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54981 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→60.87 Å / Num. obs: 232772 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 6 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Rpim(I) all: 0.046 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.652 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 11640 / CC1/2: 0.739 / Rpim(I) all: 0.331 / % possible all: 94.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3 (19-MAR-2020)精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7B1S

7b1s


解像度: 1.8→35.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.907 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.888 / SU R Cruickshank DPI: 0.198 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.135 / SU Rfree Blow DPI: 0.118 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.116
詳細: LAST REFINEMENT CYCLES WERE PERFORMED WITH HYDROGENS. HYDROGENS WERE OMITTED IN THE FINAL DEPOSITED MODEL.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.201 11690 5.02 %RANDOM
Rwork0.174 ---
obs0.176 232696 96.2 %-
原子変位パラメータBiso max: 91.96 Å2 / Biso mean: 17.66 Å2 / Biso min: 3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.5101 Å20 Å2-3.9016 Å2
2---4.8187 Å20 Å2
3----1.6913 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.22 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→35.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20523 0 296 2346 23165
Biso mean--19.49 24.32 -
残基数----2646
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d12439SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes6797HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_it21381HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion2729SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact38301SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d41351HARMONIC50.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg74433HARMONIC50.99
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.81
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.55
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.82 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2452 212 4.56 %
Rwork0.2093 4442 -
all0.2109 4654 -
obs--69.9 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.077-0.04660.01770.17880.04540.12520.0005-0.04960.00390.0120.00550.0353-0.0058-0.058-0.0060.06610.0045-0.0594-0.0843-0.0174-0.0378-19.67874.369443.4465
20.12810.01570.00710.11070.08290.0785-0.0057-0.017-0.010.0321-0.0083-0.0559-0.01660.05630.0140.07530.0074-0.0895-0.0797-0.0015-0.027520.51810.223438.5745
30.2774-0.03510.08240.1371-0.03470.31040.0205-0.12480.01090.0814-0.0318-0.0316-0.02070.04170.01130.11860.0168-0.0986-0.0548-0.0261-0.12046.656110.66372.1522
40.0676-0.0026-0.07170.1690.01370.26990.0341-0.1094-0.08070.00010.0121-0.00940.0502-0.0349-0.04620.08660.0187-0.0931-0.2028-0.0053-0.0348-1.7489-22.497826.9452
5-0.03350.01230.04770.08220.0870.3124-0.01780.12190.0362-0.0472-0.00280.0259-0.02610.01990.02060.09630.0046-0.0763-0.16590.0117-0.02853.241414.870210.8924
60.13940.01780.15470.2932-0.09130.4115-0.02540.14260.0307-0.08710.03930.03420.0235-0.0332-0.01390.1250.0144-0.105-0.1408-0.0533-0.0943-10.3201-11.4968-9.8666
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|5 - A|595 A|1201 - A|1202 F|1101 - F|1101 }A5 - 595
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|5 - A|595 A|1201 - A|1202 F|1101 - F|1101 }A1201 - 1202
3X-RAY DIFFRACTION1{ A|5 - A|595 A|1201 - A|1202 F|1101 - F|1101 }F1101
4X-RAY DIFFRACTION2{ B|2 - B|467 B|501 - B|501 }B2 - 467
5X-RAY DIFFRACTION2{ B|2 - B|467 B|501 - B|501 }B501
6X-RAY DIFFRACTION3{ C|2 - C|266 C|301 - C|301 }C2 - 266
7X-RAY DIFFRACTION3{ C|2 - C|266 C|301 - C|301 }C301
8X-RAY DIFFRACTION4{ D|3 - D|595 D|701 - D|703 }D3 - 595
9X-RAY DIFFRACTION4{ D|3 - D|595 D|701 - D|703 }D701 - 703
10X-RAY DIFFRACTION5{ E|2 - E|467 E|501 - E|501 }E2 - 467
11X-RAY DIFFRACTION5{ E|2 - E|467 E|501 - E|501 }E501
12X-RAY DIFFRACTION6{ B|502 - B|502 F|2 - F|266 F|1102 - F|1103 }B502
13X-RAY DIFFRACTION6{ B|502 - B|502 F|2 - F|266 F|1102 - F|1103 }F2 - 266
14X-RAY DIFFRACTION6{ B|502 - B|502 F|2 - F|266 F|1102 - F|1103 }F1102 - 1103

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る