[日本語] English
万見
- PDB-7am7: Crystal structure of Peptiligase mutant - M222P/L217H/A225N/F189W... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7am7
タイトルCrystal structure of Peptiligase mutant - M222P/L217H/A225N/F189W/N218D
要素
  • (Subtilisin BPN') x 2
  • Eglin C fragment
キーワードLIGASE / subtilisin / peptide ligase
機能・相同性
機能・相同性情報


subtilisin / sporulation resulting in formation of a cellular spore / fibrinolysis / serine-type endopeptidase inhibitor activity / response to wounding / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Proteinase inhibitor I13, potato inhibitor I / Proteinase inhibitor I13, potato inhibitor I superfamily / Potato inhibitor I family / Potato inhibitor I family signature. / Subtilisin Carlsberg-like catalytic domain / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 / Peptidase inhibitor I9 / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 superfamily / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. ...Proteinase inhibitor I13, potato inhibitor I / Proteinase inhibitor I13, potato inhibitor I superfamily / Potato inhibitor I family / Potato inhibitor I family signature. / Subtilisin Carlsberg-like catalytic domain / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 / Peptidase inhibitor I9 / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 superfamily / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Serine proteases, subtilase family, serine active site. / Peptidase S8, subtilisin, Ser-active site / Serine proteases, subtilase domain profile. / Peptidase S8, subtilisin-related / Peptidase S8/S53 domain superfamily / Subtilase family / Peptidase S8/S53 domain
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / Subtilisin BPN' / Eglin C
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus amyloliquefaciens (バクテリア)
Hirudo medicinalis (医用ビル)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.61 Å
データ登録者Rozeboom, H.J. / Janssen, D.J.
引用ジャーナル: Comput Struct Biotechnol J / 年: 2021
タイトル: From thiol-subtilisin to omniligase: Design and structure of a broadly applicable peptide ligase.
著者: Toplak, A. / Teixeira de Oliveira, E.F. / Schmidt, M. / Rozeboom, H.J. / Wijma, H.J. / Meekels, L.K.M. / de Visser, R. / Janssen, D.B. / Nuijens, T.
履歴
登録2020年10月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Subtilisin BPN'
B: Subtilisin BPN'
C: Subtilisin BPN'
P: Eglin C fragment
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,55819
ポリマ－84,0994
非ポリマー1,45915
水2,576143
1
A: Subtilisin BPN'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8324
ポリマ－27,5511
非ポリマー2803
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Subtilisin BPN'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1888
ポリマ－27,5351
非ポリマー6537
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Subtilisin BPN'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0786
ポリマ－27,5511
非ポリマー5265
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
P: Eglin C fragment


  • 登録者が定義した集合体
  • 1.46 kDa, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,4611
ポリマ－1,4611
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)105.798, 105.798, 191.516
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number91
Space group name H-MP4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-307-

SO4

21B-436-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLNGLNAA1 - 2751 - 266
21GLNGLNBB1 - 2751 - 266
12GLNGLNAA1 - 2751 - 266
22GLNGLNCC1 - 2751 - 266
13ALAALABB1 - 2741 - 265
23ALAALACC1 - 2741 - 265

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 3分子 ACB

#1: タンパク質 Subtilisin BPN' / Alkaline protease / Subtilisin DFE / Subtilisin Novo


分子量: 27551.465 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus amyloliquefaciens (バクテリア)
プラスミド: PBE-S D_1292111488 / 発現宿主: BACILLUS SUBTILIS (枯草菌) / 株 (発現宿主): GX4935 / 参照: UniProt: P00782, subtilisin
#2: タンパク質 Subtilisin BPN' / Alkaline protease / Subtilisin DFE / Subtilisin Novo


分子量: 27535.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus amyloliquefaciens (バクテリア)
プラスミド: PBE-S D_1292111488 / 発現宿主: BACILLUS SUBTILIS (枯草菌) / 株 (発現宿主): GX4935 / 参照: UniProt: P00782, subtilisin

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 P

#3: タンパク質・ペプチド Eglin C fragment


分子量: 1460.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Hirudo medicinalis (医用ビル) / 参照: UniProt: P01051*PLUS

-
非ポリマー , 4種, 158分子

#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 1.2 M Ammonium sulfate, 0.25 PEG3350, 0.1 M MES

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR-H / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2018年11月12日
放射モノクロメーター: HELIOS MX MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.61→48.61 Å / Num. obs: 33957 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 8 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.263 / Rpim(I) all: 0.099 / Rrim(I) all: 0.281 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.61-2.727.50.9943035240330.5830.3811.0662.298.8
9.03-48.5670.04566599580.9990.0180.04827.799.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.3データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: D_1292111488

解像度: 2.61→48.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU B: 19.832 / SU ML: 0.212 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.439 / ESU R Free: 0.271 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2373 1661 4.9 %RANDOM
Rwork0.1955 ---
obs0.1975 32234 99.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 114.61 Å2 / Biso mean: 40.479 Å2 / Biso min: 17.09 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.17 Å2-0 Å2-0 Å2
2--1.17 Å2-0 Å2
3----2.34 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.61→48.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5702 0 89 143 5934
Biso mean--67.79 31.6 -
残基数----806
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0135943
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0175299
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5591.6178108
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3261.56812352
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7985804
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.84525.288208
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.7315812
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.96156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.2797
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.026754
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021072
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A81380.08
12B81380.08
21A77290.12
22C77290.12
31B77550.11
32C77550.11
LS精密化 シェル解像度: 2.61→2.676 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.412 122 -
Rwork0.36 2309 -
obs--98.02 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.59770.1311-0.42681.2379-0.07641.2588-0.05920.2089-0.0604-0.08430.072-0.0162-0.08270.0299-0.01280.0929-0.04720.00830.12310.00340.0062-20.943429.5072-11.8875
20.8493-0.0531-0.04921.2324-0.1061.11770.0021-0.026-0.02070.0253-0.0712-0.04090.00420.07210.06910.0852-0.013-0.00380.09980.04250.0197-40.437410.741322.5421
30.43220.0439-0.43161.0608-0.14132.2004-0.03630.0252-0.1910.06260.0296-0.15430.22750.2220.00670.04660.0309-0.00390.0395-0.04050.1295-30.1568-3.1129-11.0418
400000000000000-00.0933000.093300.0933000
511.8454-3.11227.54115.0479-5.84625.85050.15610.47770.0637-1.1372-0.3118-0.45660.39780.35390.15570.11990.010.06730.14970.00090.0538-21.1124-6.3303-1.316
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 214
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 276
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 276
4X-RAY DIFFRACTION4F215 - 275
5X-RAY DIFFRACTION5P73 - 78

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る