[日本語] English
万見
- PDB-7afv: Crystal structure of tetrameric beta-2-microglobulin deltaN6 S52C... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7afv
タイトルCrystal structure of tetrameric beta-2-microglobulin deltaN6 S52C stabilized by a covalent ligand
要素Beta-2-microglobulin
キーワードIMMUNE SYSTEM / beta-2-microglobulin / tetramer / covalent inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC ...positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / peptide antigen binding / negative regulation of epithelial cell proliferation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / positive regulation of immune response / Modulation by Mtb of host immune system / sensory perception of smell / positive regulation of T cell activation / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / early endosome membrane / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / learning or memory / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / Golgi membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Beta-2-Microglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-SJK / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Guthertz, N. / Cawood, E. / Karamanos, T.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Wellcome Trust109154/Z/15/A 英国
Wellcome Trust109984 英国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2020
タイトル: Modulation of Amyloidogenic Protein Self-Assembly Using Tethered Small Molecules.
著者: Cawood, E.E. / Guthertz, N. / Ebo, J.S. / Karamanos, T.K. / Radford, S.E. / Wilson, A.J.
履歴
登録2020年9月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Beta-2-microglobulin
B: Beta-2-microglobulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,1695
ポリマ－21,5322
非ポリマー6373
水59433
1
A: Beta-2-microglobulin
B: Beta-2-microglobulin
ヘテロ分子

A: Beta-2-microglobulin
B: Beta-2-microglobulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,33810
ポリマ－43,0644
非ポリマー1,2746
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z+1/21
手法sedimentation velocity analytical ultracentrifugation
単位格子
Length a, b, c (Å)87.572, 87.572, 56.458
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETHISHISAA6 - 511 - 46
21METMETHISHISBB6 - 511 - 46
12ASPASPASPASPAA53 - 9648 - 91
22ASPASPASPASPBB53 - 9648 - 91

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 10766.065 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#2: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-SJK / 5-oxidanylidene-~{N}-(2-sulfanylethyl)-2,3-dihydro-[1,3]thiazolo[3,2-a]pyrimidine-6-carboxamide


分子量: 257.333 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H11N3O2S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / Density meas: 0.98 Mg/m3 / 溶媒含有率: 50.16 % / 解説: 2 molecules in the asymmetric unit
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Drop protein volume 0.2 uL Drop well volume 0.1 uL 0.04 M Porpheus Alcohol Mix (Complex ingredient) 0.1 M Morpheus Buffer System 3 pH 8.5 (Buffer) 31 %w/v Morpheus Precipitant Mix 4 ...詳細: Drop protein volume 0.2 uL Drop well volume 0.1 uL 0.04 M Porpheus Alcohol Mix (Complex ingredient) 0.1 M Morpheus Buffer System 3 pH 8.5 (Buffer) 31 %w/v Morpheus Precipitant Mix 4 (Precipitant) Stock Solutions: Porpheus Alcohol Mix 0.2 M 1,6-hexanediol, 0.2 M 1-butanol, 0.2 M (RS)-1,2-propanediol, 0.2 M 2-propanol, 0.2 M 1,4-butanediol, 0.2 M 1,3-propanediol (for a final concentration of 6.7 mM of 1,6-hexanediol, 1-butanol, (RS)-1,2-propanediol, 2-propanol, 1,4-butanediol, 1,3-propanediol) Morpheus Buffer System 3 pH 8.5 1M Tris and 1M BICINE (for a final concentration of 39.1 mM Bicine pH = 5.03 and 60.9 M Tris pH = 10.83) Morpheus Precipitant Mix 25% w/v PEG 3350, 25% w/v PEG 1000, 25% v/v MPD (for a final concentration of 7.75% w/v PEG 1000, 7.75% w/v PEG 3350 and 7.75% v/v MPD)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→61.92 Å / Num. obs: 8519 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 23 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 2.4→2.53 Å / Rmerge(I) obs: 1.913 / Num. measured obs: 208526 / Num. unique obs: 8519 / CC1/2: 0.789 / Rsym value: 0.399

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHASER位相決定
xia2data processing
DIALSdata processing
XSCALEデータ削減
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2YXF

2yxf


解像度: 2.4→61.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 14.782 / SU ML: 0.322 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.473 / ESU R Free: 0.302 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2884 452 5 %RANDOM
Rwork0.2333 ---
obs0.2361 8519 99.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 160.46 Å2 / Biso mean: 74.502 Å2 / Biso min: 39.45 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.7 Å20 Å20 Å2
2---1.7 Å20 Å2
3---3.39 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→61.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1520 0 784 33 2337
Biso mean--81.7 69.1 -
残基数----92
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0131576
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0171366
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5531.6842123
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1441.6173189
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.8435171
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.39923.40988
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.00615257
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg25.823156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0510.2187
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021689
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02335
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.6217.677700
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other5.6237.677699
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it8.65211.508865
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A10290.19
12B10290.19
21A9800.16
22B9800.16
LS精密化 シェル解像度: 2.404→2.467 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.468 34 -
Rwork0.37 626 -
all-660 -
obs--99.55 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る