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- PDB-6zyp: Structure of NDM-1 with 2-Mercaptomethyl-thiazolidine L-anti-1b -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zyp
タイトルStructure of NDM-1 with 2-Mercaptomethyl-thiazolidine L-anti-1b
要素Metallo-beta-lactamase type 2
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / antibiotic resistance / lactamase / zinc / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-QT2 / Metallo-beta-lactamase type 2
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Hinchliffe, P. / Spencer, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI100560 米国
引用ジャーナル: Chem Sci / 年: 2021
タイトル: 2-Mercaptomethyl-thiazolidines use conserved aromatic-S interactions to achieve broad-range inhibition of metallo-beta-lactamases.
著者: Rossi, M.A. / Martinez, V. / Hinchliffe, P. / Mojica, M.F. / Castillo, V. / Moreno, D.M. / Smith, R. / Spellberg, B. / Drusano, G.L. / Banchio, C. / Bonomo, R.A. / Spencer, J. / Vila, A.J. / Mahler, G.
履歴
登録2020年8月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Metallo-beta-lactamase type 2
B: Metallo-beta-lactamase type 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,2859
ポリマ－51,5522
非ポリマー7337
水8,737485
1
A: Metallo-beta-lactamase type 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,3786
ポリマ－25,7761
非ポリマー6025
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Metallo-beta-lactamase type 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9073
ポリマ－25,7761
非ポリマー1312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)69.974, 74.178, 77.956
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 43 through 44 or resid 46...
21(chain B and (resid 43 through 44 or resid 46...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASPASPGLNGLN(chain A and (resid 43 through 44 or resid 46...AA43 - 4417 - 18
12PHEPHEMETMET(chain A and (resid 43 through 44 or resid 46...AA46 - 6720 - 41
13GLYGLYALAALA(chain A and (resid 43 through 44 or resid 46...AA69 - 11643 - 90
14VALVALGLYGLY(chain A and (resid 43 through 44 or resid 46...AA118 - 12892 - 102
15ASPASPLEULEU(chain A and (resid 43 through 44 or resid 46...AA130 - 180104 - 154
16VALVALALAALA(chain A and (resid 43 through 44 or resid 46...AA182 - 215156 - 189
17SERSERALAALA(chain A and (resid 43 through 44 or resid 46...AA217 - 263191 - 237
18METMETARGARG(chain A and (resid 43 through 44 or resid 46...AA265 - 270239 - 244
21ASPASPGLNGLN(chain B and (resid 43 through 44 or resid 46...BB43 - 4417 - 18
22PHEPHEMETMET(chain B and (resid 43 through 44 or resid 46...BB46 - 6720 - 41
23GLYGLYALAALA(chain B and (resid 43 through 44 or resid 46...BB69 - 11643 - 90
24VALVALGLYGLY(chain B and (resid 43 through 44 or resid 46...BB118 - 12892 - 102
25ASPASPARGARG(chain B and (resid 43 through 44 or resid 46...BB43 - 27017 - 244
26VALVALALAALA(chain B and (resid 43 through 44 or resid 46...BB182 - 215156 - 189
27METMETARGARG(chain B and (resid 43 through 44 or resid 46...BB265 - 270239 - 244

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要素

#1: タンパク質 Metallo-beta-lactamase type 2 / B2 metallo-beta-lactamase / Beta-lactamase type II / Metallo-beta-lactamase NDM-1 / Metallo-beta- ...B2 metallo-beta-lactamase / Beta-lactamase type II / Metallo-beta-lactamase NDM-1 / Metallo-beta-lactamase type II / New Delhi metallo-beta-lactamase-1 / NDM-1


分子量: 25775.951 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: blaNDM-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C7C422, beta-lactamase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-QT2 / (2~{S},4~{R})-2-ethoxycarbonyl-5,5-dimethyl-2-(sulfanylmethyl)-1,3-thiazolidine-4-carboxylic acid


分子量: 279.376 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17NO4S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 485 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.32 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M bis-tris pH 5.8, 32% PEG 3350, 0.15M (NH4)2SO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97634 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97634 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→53.74 Å / Num. obs: 79630 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 12.3 % / CC1/2: 0.997 / Rpim(I) all: 0.039 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 1.4→1.42 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 3694 / CC1/2: 0.584 / Rpim(I) all: 0.344

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6RMF

6rmf


解像度: 1.4→42.62 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.46 / 位相誤差: 16.12 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1873 4225 5.31 %
Rwork0.1635 75334 -
obs0.1649 79559 98.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 160.53 Å2 / Biso mean: 21.5613 Å2 / Biso min: 5.14 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.4→42.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3494 0 47 485 4026
Biso mean--23.51 29.95 -
残基数----469
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083625
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0074945
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.084550
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007653
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.7231262
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2420X-RAY DIFFRACTION5.519TORSIONAL
12B2420X-RAY DIFFRACTION5.519TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.4-1.41590.25041140.2586237094
1.4159-1.43260.27151420.2377235395
1.4326-1.450.25711350.2275239896
1.45-1.46840.22111420.2132244397
1.4684-1.48770.22631690.2117243898
1.4877-1.50810.20141390.1947245999
1.5081-1.52970.23791250.1891251699
1.5297-1.55250.18691440.1792248398
1.5525-1.57670.21241480.1772246599
1.5767-1.60260.20481610.168246199
1.6026-1.63020.17171360.1642252199
1.6302-1.65990.20861180.1626251699
1.6599-1.69180.1991280.1572249699
1.6918-1.72630.1893930.1561255899
1.7263-1.76390.17711180.15512541100
1.7639-1.80490.1621050.15712541100
1.8049-1.850.16921090.15372533100
1.85-1.90010.17711400.1502252699
1.9001-1.9560.17941290.14852527100
1.956-2.01910.17411370.14242526100
2.0191-2.09130.16921390.14342529100
2.0913-2.1750.15521550.1419252799
2.175-2.2740.20651730.13722499100
2.274-2.39390.14661510.14282546100
2.3939-2.54380.16791630.1512524100
2.5438-2.74020.18071980.15682527100
2.7402-3.01590.17561480.16542556100
3.0159-3.45210.19071340.16062607100
3.4521-4.34870.1781670.15722613100
4.3487-42.620.21331650.19142735100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.3888-2.4161-1.92452.56231.49741.39450.22190.2478-0.195-0.4118-0.12480.42290.4072-0.0038-0.06110.28450.0032-0.1170.4382-0.04450.3535-26.4105-12.0666-26.2726
22.18382.3327-3.11565.2727-2.22656.9179-0.13730.1573-0.2098-0.23930.07910.08090.5495-0.10860.00960.14020.01920.01210.0774-0.0180.0849-15.295-13.9456-21.5349
33.2037-0.6351-0.11732.7420.08962.26880.0273-0.11560.02030.04640.03110.40690.0585-0.43910.06130.0956-0.01020.02240.15020.00260.1134-24.7795-7.6369-18.5509
40.399-0.0132-0.23551.66320.00720.592-0.022-0.0424-0.00820.07620.0299-0.03010.02740.0302-0.00380.06210.0149-0.00350.0847-0.00780.0496-13.43280.6408-11.6952
54.3519-0.89251.54884.0273-0.1582.10170.12050.1033-0.0473-0.1507-0.0069-0.03520.00930.0135-0.01130.0910.00490.00930.0816-0.01340.0324-13.21222.7843-24.706
63.42230.11450.49914.75362.01675.2133-0.069-0.04360.07140.1834-0.11910.58910.0672-0.41510.19220.09490.03840.01370.18320.00230.126-28.04810.9237-24.4026
71.04250.58710.19663.5168-0.17612.5157-0.00370.0156-0.0148-0.27250.00660.0637-0.1358-0.08180.00120.1040.0134-0.01330.0943-0.00930.0308-18.54758.3324-29.5831
81.62190.6999-1.08965.0692-3.04432.54050.1407-0.20590.21680.50040.14860.1435-0.4915-0.1504-0.23280.22480.01240.04990.1122-0.00590.1695-18.43248.7585-1.9717
95.11040.24261.69312.95670.15544.91130.01470.37770.1877-0.2656-0.04340.4983-0.0686-0.43650.07270.13750.0208-0.03020.14830.01160.2201-24.798742.5381-9.5293
102.8409-0.07390.15673.19250.04993.1819-0.0268-0.15950.16190.11530.0052-0.0381-0.0343-0.0749-0.04570.08330.00620.0070.06050.00870.1277-14.926940.1311-5.6451
112.93160.1791.28844.77440.81332.8235-0.0780.02720.15690.12740.0469-0.3889-0.25780.02920.05570.0874-0.00390.02540.09560.01880.1498-9.844845.3199-7.9162
121.0758-0.0148-0.41962.8147-0.5041.15420.04540.02670.1015-0.1631-0.0343-0.0825-0.00540.0424-0.00940.0844-0.00210.01970.084-0.00640.1181-12.652127.7579-10.3688
135.4470.39-0.39022.81220.83532.00590.0553-0.1992-0.01820.07450.08040.0337-0.0848-0.0018-0.11570.13920.01010.03330.09840.01990.1001-22.452332.26911.4458
141.6666-0.3951-0.00353.04070.79271.87390.01590.03330.00060.0384-0.03190.221-0.0427-0.1295-0.00110.0910.00570.03060.15770.01970.1569-26.884427.1238-1.5579
156.26252.23972.9263.22981.48097.20180.06660.0737-0.1650.03630.06420.22320.151-0.228-0.03160.09390.01340.03140.14390.00770.1795-33.586123.86780.8052
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 30 through 42 )A30 - 42
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 43 through 57 )A43 - 57
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 58 through 70 )A58 - 70
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 71 through 194 )A71 - 194
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 195 through 212 )A195 - 212
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 213 through 228 )A213 - 228
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 229 through 270 )A229 - 270
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 43 through 57 )B43 - 57
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 58 through 70 )B58 - 70
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 71 through 94 )B71 - 94
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 95 through 118 )B95 - 118
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 119 through 194 )B119 - 194
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 195 through 215 )B195 - 215
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 216 through 255 )B216 - 255
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 256 through 270 )B256 - 270

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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