PDB-6zyr: Structure of IMP-1 with 2-Mercaptomethyl-thiazolidine L-anti-1b

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6zyr

タイトル

Structure of IMP-1 with 2-Mercaptomethyl-thiazolidine L-anti-1b

要素

Beta-lactamase IMP-1

キーワード

ANTIMICROBIAL PROTEIN / antibiotic resistance / lactamase / zinc / inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / antibiotic catabolic process / beta-lactamase / beta-lactamase activity / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Serratia marcescens (霊菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.87 Å

データ登録者

Hinchliffe, P. / Spencer, J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Chem Sci / 年: 2021
タイトル: 2-Mercaptomethyl-thiazolidines use conserved aromatic-S interactions to achieve broad-range inhibition of metallo-beta-lactamases.
著者: Rossi, M.A. / Martinez, V. / Hinchliffe, P. / Mojica, M.F. / Castillo, V. / Moreno, D.M. / Smith, R. / Spellberg, B. / Drusano, G.L. / Banchio, C. / Bonomo, R.A. / Spencer, J. / Vila, A.J. / Mahler, G.

履歴

登録	2020年8月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年1月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年7月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6zyr.cif.gz	377.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6zyr.ent.gz	311.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6zyr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zy/6zyr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zy/6zyr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6zynC 6zyoC 6zypC 6zyqC 6zysC 5hh4S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4c1f-1 5ev8-1 6rzs-2 5ewa-2 5ev6-1 1jjt-2 4c1g-1 1wup-2 5hh4-4 2x9i-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (3) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Beta-lactamase IMP-1

B: Beta-lactamase IMP-1

C: Beta-lactamase IMP-1

D: Beta-lactamase IMP-1

ヘテロ分子

103 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Beta-lactamase IMP-1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
25.8 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Beta-lactamase IMP-1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
26 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Beta-lactamase IMP-1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
25.8 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Beta-lactamase IMP-1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
25.7 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	48.555, 78.003, 261.107
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and (resid 3 through 60 or resid 62...
2	1	(chain B and (resid 3 through 60 or resid 62...
3	1	(chain C and (resid 3 through 60 or resid 62...
4	1	(chain D and (resid 3 through 60 or resid 62...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	SER	SER	VAL	VAL	(chain A and (resid 3 through 60 or resid 62...	A	A	3 - 60	5 - 62
1	2	TRP	TRP	VAL	VAL	(chain A and (resid 3 through 60 or resid 62...	A	A	62 - 64	64 - 66
1	3	ARG	ARG	GLY	GLY	(chain A and (resid 3 through 60 or resid 62...	A	A	66 - 166	68 - 168
1	4	LEU	LEU	LYS	LYS	(chain A and (resid 3 through 60 or resid 62...	A	A	168 - 221	170 - 223
2	1	SER	SER	VAL	VAL	(chain B and (resid 3 through 60 or resid 62...	B	B	3 - 60	5 - 62
2	2	TRP	TRP	VAL	VAL	(chain B and (resid 3 through 60 or resid 62...	B	B	62 - 64	64 - 66
2	3	ARG	ARG	GLY	GLY	(chain B and (resid 3 through 60 or resid 62...	B	B	66 - 166	68 - 168
2	4	LEU	LEU	LYS	LYS	(chain B and (resid 3 through 60 or resid 62...	B	B	168 - 221	170 - 223
3	1	SER	SER	VAL	VAL	(chain C and (resid 3 through 60 or resid 62...	C	C	3 - 60	5 - 62
3	2	TRP	TRP	VAL	VAL	(chain C and (resid 3 through 60 or resid 62...	C	C	62 - 64	64 - 66
3	3	ARG	ARG	GLY	GLY	(chain C and (resid 3 through 60 or resid 62...	C	C	66 - 166	68 - 168
3	4	LEU	LEU	LYS	LYS	(chain C and (resid 3 through 60 or resid 62...	C	C	168 - 221	170 - 223
4	1	SER	SER	VAL	VAL	(chain D and (resid 3 through 60 or resid 62...	D	D	3 - 60	5 - 62
4	2	TRP	TRP	VAL	VAL	(chain D and (resid 3 through 60 or resid 62...	D	D	62 - 64	64 - 66
4	3	ARG	ARG	GLY	GLY	(chain D and (resid 3 through 60 or resid 62...	D	D	66 - 166	68 - 168
4	4	LEU	LEU	LYS	LYS	(chain D and (resid 3 through 60 or resid 62...	D	D	168 - 221	170 - 223

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Beta-lactamase IMP-1 / BLAIMP / Beta-lactamase type II / Penicillinase / Class B1 Metallo-beta-lactamase IMP-1 分子量: 25300.844 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Serratia marcescens (霊菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P52699, beta-lactamase

-
非ポリマー , 6種, 569分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-QT2 / (2~{S},4~{R})-2-ethoxycarbonyl-5,5-dimethyl-2-(sulfanylmethyl)-1,3-thiazolidine-4-carboxylic acid 分子量: 279.376 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇NO₄S₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 550 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.68 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M sodium cacodylate pH 6.0, 0.2 M sodium acetate, 25% PEG 8000. 1ul protein (25 mg/ml) mixed with 1ul reagent

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.916 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.916 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.87→66.962 Å / Num. obs: 83296 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13 % / CC_1/2: 0.998 / R_pim(I) all: 0.053 / Net I/σ(I): 9.4
反射シェル	解像度: 1.87→1.91 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 4472 / CC_1/2: 0.542 / R_pim(I) all: 0.41

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.12_2829	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5HH4

5hh4

解像度: 1.87→66.962 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 22.26 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2187	4050	4.87 %
R_work	0.183	79109	-
obs	0.1847	83159	99.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 115.64 Å² / B_iso mean: 41.3661 Å² / B_iso min: 14.21 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.87→66.962 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6870	0	182	550	7602
B_iso mean	-	-	62.01	45.89	-
残基数	-	-	-	-	877

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	7176
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.852	9748
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	1080
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1216
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.73	2586

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	4104	X-RAY DIFFRACTION	11.312	TORSIONAL
1	2	B	4104	X-RAY DIFFRACTION	11.312	TORSIONAL
1	3	C	4104	X-RAY DIFFRACTION	11.312	TORSIONAL
1	4	D	4104	X-RAY DIFFRACTION	11.312	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work
1.87-1.892	0.3456	142	0.3668	2623
1.892-1.9151	0.3552	136	0.3428	2723
1.9151-1.9393	0.3377	130	0.3126	2697
1.9393-1.9649	0.2901	127	0.2894	2689
1.9649-1.9918	0.2943	140	0.2796	2699
1.9918-2.0202	0.289	134	0.2664	2681
2.0202-2.0504	0.2944	148	0.2566	2678
2.0504-2.0824	0.2355	127	0.2519	2677
2.0824-2.1166	0.2674	128	0.2366	2751
2.1166-2.1531	0.2488	146	0.224	2647
2.1531-2.1922	0.2362	153	0.2192	2712
2.1922-2.2344	0.2536	134	0.2131	2717
2.2344-2.28	0.2573	143	0.1997	2655
2.28-2.3296	0.2437	148	0.1986	2715
2.3296-2.3838	0.2277	136	0.1934	2682
2.3838-2.4434	0.2221	154	0.1843	2738
2.4434-2.5095	0.2465	104	0.1843	2722
2.5095-2.5833	0.2196	124	0.1862	2741
2.5833-2.6667	0.2215	128	0.1854	2731
2.6667-2.762	0.2266	145	0.191	2712
2.762-2.8726	0.2503	138	0.1914	2770
2.8726-3.0033	0.232	155	0.1758	2707
3.0033-3.1617	0.1861	138	0.1744	2736
3.1617-3.3597	0.212	149	0.1678	2750
3.3597-3.6191	0.2129	132	0.1576	2760
3.6191-3.9833	0.1922	168	0.1459	2764
3.9833-4.5596	0.1732	136	0.1315	2813
4.5596-5.7441	0.1818	147	0.1419	2829
5.7441-66.962	0.1824	160	0.1569	2990

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.8676	-2.7839	-2.7288	5.105	2.1088	7.7293	-0.4585	-0.8071	0.2131	1.0277	0.5506	-0.233	0.2136	0.3147	-0.1114	0.4932	0.0265	-0.068	0.2898	0.0553	0.183	64.984	243.3459	564.5691
2	4.729	-0.0448	-0.8624	3.2142	1.3379	3.1664	-0.0796	-0.3859	0.1772	0.3294	0.1149	-0.3236	-0.1132	0.3337	-0.0389	0.2724	0.0001	-0.047	0.207	0.0089	0.1793	67.0512	245.5046	555.1117
3	3.4972	-1.1502	-0.5327	5.6849	2.622	4.5596	-0.0835	0.0893	0.0019	0.0131	-0.0897	0.2065	-0.0402	-0.145	0.1844	0.2205	-0.0267	-0.0266	0.1733	0.0547	0.1516	58.6381	243.9144	544.6217
4	3.445	0.1763	-1.0994	3.4906	-0.0359	3.9833	-0.1051	-0.3744	-0.3027	0.4383	0.0212	0.035	0.6087	0.0564	0.0771	0.3829	0.006	0.0257	0.1667	0.0392	0.2247	59.507	231.2355	553.7808
5	2.536	0.9121	0.0134	3.642	-0.1477	4.1981	-0.1908	-0.4281	-0.5852	0.8419	0.0671	0.362	1.0747	-0.267	0.0836	0.6956	-0.0466	0.1327	0.2994	0.119	0.4692	55.8079	224.7483	559.7018
6	5.1945	4.043	-1.748	8.6006	-2.8485	8.6162	-0.4306	0.5967	0.2008	-1.3343	0.2163	0.2274	-0.2171	-0.0868	0.1555	0.4345	0.0423	-0.0193	0.2235	-0.0501	0.1923	55.029	247.0333	510.0941
7	3.0232	-2.9757	-3.3134	6.0521	1.8451	5.4683	0.2565	0.3574	0.3115	-1.0728	-0.2908	-0.4569	0.3855	0.3888	-0.0917	0.4834	0.0837	0.1333	0.308	0.0233	0.1829	64.952	243.1872	511.3894
8	4.0244	-0.2598	-0.3375	3.9833	-1.6527	2.1295	-0.0317	0.1416	-0.098	-0.4713	-0.029	0.1378	0.3776	-0.0822	0.0521	0.1858	0.0041	0.0071	0.1861	-0.0316	0.14	56.6748	244.1613	518.695
9	4.4403	-4.2168	0.6454	6.1775	0.3223	4.1182	0.2052	0.3155	0.3766	-0.6432	-0.0893	-0.0212	-0.0741	0.2205	-0.042	0.1585	-0.0505	-0.007	0.2107	0.033	0.1918	56.1176	255.0718	518.2171
10	4.9014	-3.642	1.6812	6.6548	-1.6486	2.291	-0.0252	-0.0414	0.0066	-0.3077	-0.054	-0.0997	0.2875	0.0164	0.063	0.1339	-0.0229	0.0274	0.2012	-0.0166	0.1463	59.9928	243.602	523.8141
11	2.5235	-0.764	-0.3082	6.5798	-0.2792	3.5857	-0.0436	-0.222	-0.1302	0.0049	0.0269	-0.2613	0.32	0.1517	-0.0275	0.1299	0.0344	0.0353	0.2032	0.0008	0.1485	62.5942	240.7578	531.158
12	2.6093	-0.9749	-0.2208	4.8129	0.5343	3.1868	-0.0392	0.3379	-0.7491	-0.7635	-0.036	0.1016	0.6038	0.0114	0.0648	0.4862	-0.0363	0.0622	0.2168	-0.0894	0.3853	59.3454	227.2787	516.5671
13	5.3486	-2.2941	0.9958	5.8936	-1.4831	5.84	0.2936	0.7076	0.6768	-1.0439	-0.101	-0.5098	-0.9998	0.1684	-0.1298	0.5109	-0.0981	0.0538	0.2258	-0.0056	0.286	52.3193	280.0614	543.4641
14	7.2779	-0.8984	0.5955	2.8321	-0.212	8.1285	-0.2056	0.1708	-0.9077	-0.2276	0.0365	-0.2668	0.5604	0.6876	0.2174	0.3543	-0.039	0.1135	0.2902	0.0181	0.3772	54.5804	269.7287	543.9736
15	3.0715	0.764	0.1451	5.9692	-0.0802	2.3572	0.0024	0.055	0.2697	-0.1081	-0.0167	-0.3835	-0.6839	0.304	0.0109	0.3357	-0.0704	0.0074	0.2043	-0.0074	0.2087	55.4222	278.252	553.4476
16	2.2873	0.6859	1.1735	3.2029	0.9786	2.9776	0.0072	-0.1533	0.1457	0.2286	-0.0571	-0.0193	-0.3187	-0.1599	0.0377	0.2314	-0.0005	0.0115	0.2035	-0.0087	0.142	48.1881	270.1983	560.2499
17	5.8987	-0.5488	-0.4641	7.8071	-1.4518	4.6496	0.0027	-0.1524	0.1907	0.0318	0.0715	0.5022	-0.2105	-0.7574	-0.107	0.1402	0.0203	-0.0569	0.3532	-0.065	0.1408	37.0158	267.5201	552.0707
18	3.5298	0.5624	0.5802	2.4488	-0.4393	3.7758	0.1554	0.3508	-0.4524	-0.9467	-0.2644	0.367	0.5827	-0.599	0.0881	0.3153	-0.0829	-0.0069	0.4171	-0.0928	0.2795	35.6842	255.5502	547.5249
19	3.4977	-1.9544	1.858	8.8483	-1.1721	3.7099	0.0877	0.4361	0.0397	-1.2649	0.1453	0.0319	-0.3162	-1.121	-0.268	0.4911	0.2549	-0.0216	1.0851	0.012	0.1908	44.6304	237.7035	576.1538
20	4.4267	-2.0992	0.2646	4.7537	-1.9481	5.7956	0.0889	0.3884	-0.0297	0.0999	-0.1201	0.1584	-0.0782	-1.0206	-0.0046	0.3677	0.0444	-0.0334	0.6564	-0.0003	0.1711	44.6476	233.1849	583.6681
21	3.2528	-0.1895	1.9557	2.8899	-0.1675	4.7333	0.0871	0.5788	-0.1571	-0.2188	-0.0957	0.5248	-0.1767	-1.2202	-0.0011	0.3646	0.0781	-0.0153	0.9212	-0.0264	0.3055	38.922	235.0802	587.8761
22	2.4059	0.4292	-1.4124	4.883	3.0765	5.8444	0.3489	-0.0409	-0.0164	0.5905	-0.3479	-0.1161	-0.0541	-0.3009	-0.0201	0.4931	-0.0349	-0.0541	0.5893	0.0779	0.222	50.4006	237.5406	598.1043
23	4.664	3.4803	0.4744	4.9264	3.0083	2.9447	0.3298	-0.3655	-0.4717	0.5301	-0.5553	-0.7483	0.3652	0.2558	0.2106	0.5029	0.0065	-0.0602	0.5359	0.1408	0.2804	57.7136	233.2348	591.5616
24	4.108	2.1644	1.367	5.9156	4.6042	5.5722	0.503	0.264	-0.4366	0.4083	-0.3574	-0.3501	0.6539	-0.0334	-0.0985	0.4251	0.0731	-0.1043	0.4712	0.0858	0.2777	55.7552	227.8459	584.0971
25	1.1682	1.5545	-1.5663	7.2839	2.3705	6.379	0.2375	0.1921	-0.0533	-0.278	-0.1283	-0.3494	-0.2822	0.6537	-0.1129	0.401	0.0763	-0.0765	0.6666	0.1489	0.2638	64.8699	240.3924	585.0824
26	4.6253	-0.5909	-3.5143	3.6301	4.971	8.4652	0.1236	0.185	-0.3189	-0.1627	-0.1778	-0.2566	0.1448	0.3691	0.0782	0.3633	0.1128	-0.0293	0.5463	0.0363	0.2722	57.4019	231.488	576.8247
27	4.9718	5.4052	5.8775	5.9169	6.6165	7.3158	-0.3447	0.4583	0.112	-0.7238	0.3882	-0.7335	-0.3911	1.2679	-0.0317	0.4014	0.0629	0.0603	0.7435	0.1304	0.4853	69.4227	242.082	579.4693

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 28 )	A	3 - 28
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 29 through 85 )	A	29 - 85
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 86 through 126 )	A	86 - 126
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 127 through 172 )	A	127 - 172
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 173 through 221 )	A	173 - 221
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 3 through 15 )	B	3 - 15
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 16 through 28 )	B	16 - 28
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 29 through 52 )	B	29 - 52
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 53 through 66 )	B	53 - 66
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 67 through 85 )	B	67 - 85
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 86 through 126 )	B	86 - 126
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 127 through 221 )	B	127 - 221
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 3 through 15 )	C	3 - 15
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 16 through 28 )	C	16 - 28
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 29 through 85 )	C	29 - 85
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 86 through 172 )	C	86 - 172
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 173 through 202 )	C	173 - 202
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 203 through 224 )	C	203 - 224
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 3 through 28 )	D	3 - 28
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 29 through 52 )	D	29 - 52
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 53 through 95 )	D	53 - 95
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 96 through 126 )	D	96 - 126
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 127 through 144 )	D	127 - 144
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 145 through 159 )	D	145 - 159
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 160 through 187 )	D	160 - 187
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 188 through 202 )	D	188 - 202
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 203 through 221 )	D	203 - 221

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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