+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6zys | ||||||
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Title | Structure of IMP-1 with 2-Mercaptomethyl-thiazolidine D-syn-1b | ||||||
Components | Beta-lactamase IMP-1 | ||||||
Keywords | ANTIMICROBIAL PROTEIN / antibiotic resistance / lactamase / zinc / inhibitor | ||||||
Function / homology | Function and homology information antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Serratia marcescens (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.8700095823 Å | ||||||
Authors | Hinchliffe, P. / Spencer, J. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Chem Sci / Year: 2021 Title: 2-Mercaptomethyl-thiazolidines use conserved aromatic-S interactions to achieve broad-range inhibition of metallo-beta-lactamases. Authors: Rossi, M.A. / Martinez, V. / Hinchliffe, P. / Mojica, M.F. / Castillo, V. / Moreno, D.M. / Smith, R. / Spellberg, B. / Drusano, G.L. / Banchio, C. / Bonomo, R.A. / Spencer, J. / Vila, A.J. / Mahler, G. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6zys.cif.gz | 415.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6zys.ent.gz | 304.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6zys.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zy/6zys ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zy/6zys | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6zynC 6zyoC 6zypC 6zyqC 6zyrC 5hh4S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 25300.844 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Serratia marcescens (bacteria) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P52699, beta-lactamase #2: Chemical | ChemComp-ZN / #3: Chemical | ChemComp-QST / ( #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.46 Å3/Da / Density % sol: 50.05 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.1 M sodium cacodylate pH 6.0, 0.2 M sodium acetate, 25% PEG 8000. 1ul protein (25 mg/ml) mixed with 1 ul reagent. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I04 / Wavelength: 0.97949 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Oct 14, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97949 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.87→58.153 Å / Num. obs: 83944 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 26.2 % / Biso Wilson estimate: 28.727022947 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.026 / Net I/σ(I): 18.6 |
Reflection shell | Resolution: 1.87→1.91 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 4532 / CC1/2: 0.784 / Rpim(I) all: 0.469 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5HH4 Resolution: 1.8700095823→58.1529684507 Å / SU ML: 0.197803143802 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.32910924106 / Phase error: 21.2790522281
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 41.0579551912 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.8700095823→58.1529684507 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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