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Yorodumi- PDB-4uam: 1.8 Angstrom crystal structure of IMP-1 metallo-beta-lactamase wi... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4uam | ||||||
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Title | 1.8 Angstrom crystal structure of IMP-1 metallo-beta-lactamase with a mixed iron-zinc center in the active site | ||||||
Components | IMP-1 metallo-beta-lactamase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / antibiotic resistance / binuclear metal center | ||||||
Function / homology | Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta / : / CITRATE ANION / : Function and homology information | ||||||
Biological species | Pseudomonas aeruginosa NCGM2.S1 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.8 Å | ||||||
Authors | Carruthers, T.J. / Carr, P.D. / Jackson, C.J. / Otting, G. | ||||||
Citation | Journal: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / Year: 2014 Title: Iron(III) Located in the Dinuclear Metallo-beta-Lactamase IMP-1 by Pseudocontact Shifts. Authors: Carruthers, T.J. / Carr, P.D. / Loh, C.T. / Jackson, C.J. / Otting, G. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4uam.cif.gz | 530.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4uam.ent.gz | 445.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4uam.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ua/4uam ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ua/4uam | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 2dooS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 25146.676 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: UNP RESIDUES 19-246 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: A post-translational modification was present in the single crystal: Cys158 was partially oxidized in the absence of metal in the Zn2 site to CSD Source: (gene. exp.) Pseudomonas aeruginosa NCGM2.S1 (bacteria) Gene: bla IMP, NCGM2_1757 / Plasmid: pET47B(+) Details (production host): Gene inserted with a stop codon so as not to append hexahis purification tag Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: G4LPN7 #2: Chemical | ChemComp-FE / #3: Chemical | ChemComp-ZN / #4: Chemical | ChemComp-FLC / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.97 Å3/Da / Density % sol: 58.53 % |
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Crystal grow | Temperature: 297 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: drop contained 1ul protein (25-30mg/ml in 20mm HEPES, 50mm NaCl, ph7.5) with 1uL microseed reservoir (0.2M sodium acetate, 0.2M sodium citrate, 26% PEGMME 2K). Protein solution was heat- ...Details: drop contained 1ul protein (25-30mg/ml in 20mm HEPES, 50mm NaCl, ph7.5) with 1uL microseed reservoir (0.2M sodium acetate, 0.2M sodium citrate, 26% PEGMME 2K). Protein solution was heat-treated at 310K for 3-5 days prior to filtration and crystallisation screening. microseeding was essential for diffraction quality crystal growth. crystal grew over 2 weeks |
-Data collection
Diffraction |
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Diffraction source |
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Detector |
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Radiation |
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Radiation wavelength |
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Reflection | Number: 381451 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Χ2: 1.11 / D res high: 1.8 Å / Num. obs: 191354 / % possible obs: 91.7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 1.8→44.93 Å / Num. all: 381468 / % possible obs: 94.81 % / Redundancy: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 19.81 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05521 / Net I/σ(I): 18.08 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 2DOO Resolution: 1.8→44.927 Å / SU ML: 0.18 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / Phase error: 19.58 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 200.8 Å2 / Biso mean: 34.3635 Å2 / Biso min: 10.89 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.8→44.927 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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