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- PDB-5ewa: Crystal structure of the metallo-beta-lactamase IMP-1 in complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ewa
タイトルCrystal structure of the metallo-beta-lactamase IMP-1 in complex with the bisthiazolidine inhibitor L-VC26
要素Beta-lactamase IMP-1
キーワードHYDROLASE / inhibitor / carbapenemase / antibiotic resistance
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamases class B signature 2. / Beta-lactamases class B signature 1. / Beta-lactamase, class-B, conserved site / : / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like ...Beta-lactamases class B signature 2. / Beta-lactamases class B signature 1. / Beta-lactamase, class-B, conserved site / : / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9BZ / Metallo-beta-lactamase IMP-1
類似検索 - 構成要素
生物種Serratia marcescens (霊菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Kosmopoulou, M. / Hinchliffe, P. / Spencer, J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: Cross-class metallo-beta-lactamase inhibition by bisthiazolidines reveals multiple binding modes.
著者: Hinchliffe, P. / Gonzalez, M.M. / Mojica, M.F. / Gonzalez, J.M. / Castillo, V. / Saiz, C. / Kosmopoulou, M. / Tooke, C.L. / Llarrull, L.I. / Mahler, G. / Bonomo, R.A. / Vila, A.J. / Spencer, J.
履歴
登録2015年11月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月20日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase IMP-1
B: Beta-lactamase IMP-1
C: Beta-lactamase IMP-1
D: Beta-lactamase IMP-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,92918
ポリマ－101,2034
非ポリマー1,72514
水5,513306
1
A: Beta-lactamase IMP-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7595
ポリマ－25,3011
非ポリマー4584
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Beta-lactamase IMP-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6974
ポリマ－25,3011
非ポリマー3963
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Beta-lactamase IMP-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7755
ポリマ－25,3011
非ポリマー4744
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Beta-lactamase IMP-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6974
ポリマ－25,3011
非ポリマー3963
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)49.054, 78.448, 260.608
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Beta-lactamase IMP-1 / BLAIMP / Beta-lactamase type II / Penicillinase. Metallo-beta-lactamase class B1 IMP-1


分子量: 25300.844 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Serratia marcescens (霊菌) / プラスミド: pOPIN-F / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): solu / 参照: UniProt: P52699, beta-lactamase

-
非ポリマー , 5種, 320分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-9BZ / (3~{R},5~{R},7~{a}~{S})-2,2-dimethyl-5-(sulfanylmethyl)-3,5,7,7~{a}-tetrahydro-[1,3]thiazolo[4,3-b][1,3]thiazole-3-carboxylic acid / L-VC26


分子量: 265.416 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H15NO2S3
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 306 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.35 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M sodium cacodylate pH 6.0, 0.2 M sodium acetate, 25% PEG 8000. 1ul protein (25 mg/ml) mixed with 1ul reagent

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→29.82 Å / Num. obs: 45814 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.3 % / Rmerge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 18.3
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 9.9 % / Rmerge(I) obs: 0.521 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1DDK

1ddk


解像度: 2.3→29.82 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.57 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.222 2323 5.07 %
Rwork0.182 --
obs0.184 45787 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→29.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6870 0 76 306 7252
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0087117
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1769668
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1572596
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0611075
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061204
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.34690.2691510.23762511X-RAY DIFFRACTION100
2.3469-2.39790.2611240.23442484X-RAY DIFFRACTION100
2.3979-2.45370.25521390.21792578X-RAY DIFFRACTION100
2.4537-2.5150.27561310.22272461X-RAY DIFFRACTION100
2.515-2.5830.31511240.22582566X-RAY DIFFRACTION100
2.583-2.6590.2531390.22352478X-RAY DIFFRACTION100
2.659-2.74470.28961240.2082540X-RAY DIFFRACTION100
2.7447-2.84270.25051450.20932505X-RAY DIFFRACTION100
2.8427-2.95650.25851390.20582529X-RAY DIFFRACTION100
2.9565-3.09090.27311410.19772560X-RAY DIFFRACTION100
3.0909-3.25370.24511220.1942562X-RAY DIFFRACTION100
3.2537-3.45720.22421240.18242552X-RAY DIFFRACTION100
3.4572-3.72370.18961520.17552566X-RAY DIFFRACTION100
3.7237-4.09760.2021340.15882583X-RAY DIFFRACTION100
4.0976-4.68850.15971470.14152579X-RAY DIFFRACTION100
4.6885-5.89960.19321450.14812627X-RAY DIFFRACTION100
5.8996-29.82410.19631420.1622783X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.52011.93513.28953.16012.24956.3822-0.04060.6111-0.2822-0.3740.2304-0.066-0.0402-0.0654-0.19120.48070.05590.03310.24260.03920.188617.8236-9.3426-42.6752
24.80361.53172.72374.4391.84867.07420.20910.6066-0.3676-0.1849-0.0174-0.41860.10050.5358-0.14480.20060.04480.05840.1501-0.01160.2219.7099-8.4108-34.1164
37.84983.09692.94233.48912.43.645-0.13540.6469-0.62950.05360.1317-0.21970.0660.3354-0.06780.32280.03970.00680.2001-0.03390.259423.595-17.6661-35.7872
49.4216-2.5327-2.26254.18722.42282.3676-0.00890.1208-0.0285-0.0191-0.0669-0.31540.06010.20530.06860.26410.0161-0.01650.16540.06760.203717.1119-10.4592-30.1071
56.9812-0.9331-0.22313.11661.28435.5969-0.11-0.361-0.16740.1249-0.00950.18070.0606-0.04720.14430.22170.00240.02910.13130.04270.118211.4273-10.0641-22.6652
62.7903-0.8421-0.78022.65-0.27184.39310.07740.36290.4113-0.1412-0.0556-0.0894-0.7797-0.1956-0.00760.37460.0478-0.00960.16190.02880.24312.23412.7259-31.756
73.6703-1.27270.01264.7366-0.03743.16890.07260.37490.7115-0.1817-0.0837-0.0319-1.257-0.44330.02450.68520.1566-0.03160.32220.09660.34028.51519.4234-37.4734
89.07133.44740.79724.5212-0.04344.32640.491-0.5839-0.19570.3942-0.4276-0.1402-0.18090.1857-0.06680.45650.04-0.02910.274-0.01560.142913.0906-11.202411.6613
91.02841.594-0.75083.9030.372.26310.0221-0.17740.2980.3545-0.0760.0999-0.2398-0.04870.07520.21640.0298-0.02080.1467-0.00830.14889.4259-10.26463.58
105.44283.6363-0.50465.9041-1.21012.54230.0031-0.165-0.13120.3196-0.1133-0.1154-0.19940.16180.10940.14220.0312-0.03360.1679-0.01520.12811.0455-14.86211.0372
114.27531.70720.18726.7460.11694.3773-0.11310.28390.340.01910.0916-0.1397-0.4150.21740.04190.2226-0.0487-0.05630.1870.01690.134615.3171-6.9239-8.9731
121.55120.9856-0.25394.4950.76523.1391-0.2561-0.31150.64560.63810.14490.1311-1.085-0.15050.10910.71060.0879-0.12470.2261-0.07060.416612.26396.59335.7037
137.62045.85052.48239.38992.69364.57690.3187-0.4158-0.07781.6172-0.384-0.22010.59310.05760.00850.69070.0560.00890.33110.0390.29916.5769-40.8244-21.7007
141.959-0.0644-0.76772.2950.8914.2982-0.12470.0087-0.19410.3038-0.1130.07810.7003-0.36950.2160.2659-0.0670.02870.1734-0.03620.20990.0155-36.9626-33.4709
157.982.0356-0.28045.9736-1.34164.1255-0.2346-0.7586-0.33370.8240.60890.0090.3233-1.1983-0.39730.3949-0.10360.00870.99210.05260.2542-4.0463-5.43-53.1406
165.82264.429-0.79083.4281-1.18627.9802-0.1141-0.51770.27120.27650.08630.6391-0.4201-0.9754-0.00650.17030.05610.00670.64710.01590.2995-4.6565-0.6497-60.8034
175.5477-0.8073-1.96221.72330.16051.9591-0.1655-0.53050.25690.23580.13810.2796-0.1395-1.39610.03910.30950.1035-0.00511.03290.01150.2829-9.2742-2.3773-63.1242
184.4754-0.86320.54372.15010.70914.00960.08380.60320.2981-0.3137-0.27390.0598-0.1807-0.28990.20740.25190.06530.03060.51690.10280.21440.5004-3.174-72.9898
193.2591-0.18120.41417.58272.30565.7906-0.1140.03420.09550.176-0.0082-0.16790.16630.51610.11290.18240.01490.03950.36960.08470.175512.5059-2.026-62.7375
207.0966-1.3765-0.44017.12762.47174.7057-0.0079-0.53990.20590.34120.0798-0.44990.36760.5826-0.06560.2020.0652-0.01620.55680.07430.238615.6655-3.5799-56.6478
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 28 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 29 through 52 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 53 through 65 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 66 through 85 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 86 through 126 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 127 through 172 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 173 through 221 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 3 through 28 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 29 through 52 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 53 through 85 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 86 through 126 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 127 through 221 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 3 through 28 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 29 through 224 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 3 through 28 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 29 through 52 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 53 through 85 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 86 through 144 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 145 through 187 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 188 through 221 )

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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