PDB-5zgq: Crystal structure of NDM-1 at pH7.5 (Tris-HCl, (NH4)2SO4) in comp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5zgq

タイトル

Crystal structure of NDM-1 at pH7.5 (Tris-HCl, (NH4)2SO4) in complex with hydrolyzed ampicillin

要素

Metallo-beta-lactamase type 2

キーワード

HYDROLASE/ANTIBIOTIC / NDM-1 / metallo-beta-lactamase / antibiotic resistent / conformational change / HYDROLASE-ANTIBIOTIC complex

機能・相同性

機能・相同性情報

antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Zhang, H. / Hao, Q.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Antimicrob. Agents Chemother. / 年: 2018
タイトル: Active-Site Conformational Fluctuations Promote the Enzymatic Activity of NDM-1.
著者: Zhang, H. / Ma, G. / Zhu, Y. / Zeng, L. / Ahmad, A. / Wang, C. / Pang, B. / Fang, H. / Zhao, L. / Hao, Q.

履歴

登録	2018年3月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年8月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年9月19日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2018年12月12日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5zgq.cif.gz	219.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5zgq.ent.gz	175.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5zgq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zg/5zgq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zg/5zgq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5zgeC 5zgfC 5zgiC 5zgpC 5zgrC 5zgtC 5zguC 5zgvC 5zgwC 5zgxC 5zgyC 5zgzC 5zh1C 3q6x PDB 未公開エントリS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4raw-2 4eyf-2 6mh0-2 3f9o-d 1bjr-d 3f7o-2 1g67-2 3lbf-2 1tti-d 6pks-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (6) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#187 - 2015年7月
ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase)
類似性 (6)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#57 - 2004年9月
カタラーゼ (Catalase)
類似性 (1)
#105 - 2008年9月
リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A)
類似性 (2)
#142 - 2011年10月
PDBの先駆者たち (PDB Pioneers)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Metallo-beta-lactamase type 2

B: Metallo-beta-lactamase type 2

ヘテロ分子

52.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Metallo-beta-lactamase type 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
26.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Metallo-beta-lactamase type 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
26.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.200, 79.068, 134.162
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Metallo-beta-lactamase type 2 / B2 metallo-beta-lactamase / Beta-lactamase type II / Metallo-beta-lactamase NDM-1 / Metallo-beta- ...B2 metallo-beta-lactamase / Beta-lactamase type II / Metallo-beta-lactamase NDM-1 / Metallo-beta-lactamase type II / New Delhi metallo-beta-lactamase-1 / NDM-1 分子量: 25631.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: blaNDM-1 / プラスミド: pRHisMBP / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C7C422, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-OH / HYDROXIDE ION 分子量: 17.007 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: HO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-ZZ7 / (2R,4S)-2-[(R)-{[(2R)-2-amino-2-phenylacetyl]amino}(carboxy)methyl]-5,5-dimethyl-1,3-thiazolidine-4-carboxylic acid / AMPICILLIN (open form) 分子量: 367.420 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₂₁N₃O₅S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 585 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.35 % / Mosaicity: 0.352 ° / Mosaicity esd: 0.004 °
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M Tris-HCl pH7.5, 25% PEG 4000, 0.7M (NH4)2SO4, 20mg/ml ampicillin

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97922 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月10日

放射

モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97922 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 66725 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 0.081 / Χ²: 1.014 / Net I/σ(I): 7.6

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.5-1.55	6.3	0.457	6318	0.677	1	95
1.55-1.62	6.2	0.383	6400	0.71	1	96.3
1.62-1.69	6.2	0.303	6562	0.76	1	97.9
1.69-1.78	6.2	0.23	6585	0.82	1	98.7
1.78-1.89	6.3	0.173	6654	0.893	1	99.1
1.89-2.04	6.4	0.129	6678	1.092	1	99.6
2.04-2.24	6.6	0.11	6729	1.371	1	99.8
2.24-2.56	6.8	0.09	6782	1.444	1	99.8
2.56-3.23	6.9	0.053	6855	1.147	1	99.9
3.23-50	7.1	0.032	7162	1.069	1	100

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.8.0189	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3Q6X

3q6x
PDB 未公開エントリ

解像度: 1.5→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.979 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.965 / SU B: 2.305 / SU ML: 0.038 / SU R Cruickshank DPI: 0.075 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.075 / ESU R Free: 0.061
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1536	3374	5.1 %	RANDOM
R_work	0.118	-	-	-
obs	0.1198	63271	98.55 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 69.53 Å² / B_iso mean: 18.135 Å² / B_iso min: 10.1 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.07 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.1 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.17 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.5→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3594	0	56	585	4235
B_iso mean	-	-	14.58	32.62	-
残基数	-	-	-	-	482

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.019	3783
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	3417
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.326	1.947	5154
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.962	3.003	7875
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.214	5	492
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.835	24.534	161
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.231	15	565
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.111	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	576
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	4298
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	742
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	0.928	3	7192
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	26.07	5	330
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	4.731	5	7343

LS精密化シェル

解像度: 1.501→1.54 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.178	219	-
R_work	0.156	4401	-
all	-	4620	-
obs	-	-	94.13 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.8754	0.8827	-3.7378	1.8532	3.2419	10.0177	-0.0612	0.1175	-0.2754	0.3931	0.016	-0.0788	0.925	0.0462	0.0452	0.2274	0.1412	-0.0075	0.2121	0.0121	0.016	47.5019	3.6233	36.9301
2	9.2837	-1.3811	-4.737	1.0979	0.7184	11.6505	0.3521	0.1179	-0.3757	-0.0977	-0.1251	-0.0863	0.6586	0.5645	-0.2271	0.1507	0.0536	-0.0427	0.0607	-0.0226	0.1006	49.8998	-1.5571	45.9058
3	6.3386	0.6433	2.5594	1.246	0.3621	3.6952	0.0093	0.0744	-0.1312	-0.081	-0.0053	-0.1292	0.1948	0.0077	-0.0039	0.1303	0.019	0.004	0.0338	0.013	0.0642	49.941	5.6607	48.3896
4	1.0553	0.1519	0.549	1.1604	-0.3315	2.5735	0.0745	-0.0719	-0.0859	0.0661	-0.0235	-0.0434	0.2474	-0.002	-0.051	0.1209	0.0016	-0.0141	0.0534	0.009	0.0536	46.0233	6.4619	54.2574
5	0.629	0.0774	-0.01	0.8224	-0.1507	0.4926	-0.0177	-0.1157	0.0213	0.0506	0	-0.0056	0.0409	-0.0034	0.0177	0.078	0.0042	-0.0046	0.0801	-0.0012	0.0519	45.074	22.1841	56.4704
6	1.175	-0.1969	0.2918	1.4759	-0.187	0.8522	-0.0016	0.051	-0.0345	-0.1271	-0.0104	-0.0977	0.0651	0.0839	0.012	0.0783	0.0079	0.0161	0.0805	0.0013	0.0529	54.6738	21.5312	43.7273
7	2.6668	-3.0365	1.3475	5.4644	-1.8242	2.3804	0.1343	0.2662	0.1341	-0.4635	-0.2314	-0.1906	-0.0478	0.2144	0.0971	0.1123	-0.0003	0.0446	0.079	0.0115	0.0471	57.5656	25.3047	36.6921
8	10.5276	-2.6874	3.2157	2.276	-2.9084	3.7262	-0.0503	0.2099	0.3736	0.373	-0.091	-0.1138	-0.5078	0.0913	0.1413	0.2266	0.0854	-0.0539	0.1045	-0.0243	0.0295	33.4144	62.8298	39.9594
9	17.4131	-0.4058	3.9186	2.3796	0.3949	7.4593	-0.1894	0.0879	0.1291	-0.1878	0.0241	0.255	-0.9698	-0.6798	0.1653	0.153	0.1041	-0.0109	0.0856	0.012	0.0682	35.5257	68.0218	48.837
10	3.0952	0.2273	-2.1063	0.732	-0.0127	5.1224	-0.0422	0.149	0.1216	-0.1147	0.0338	0.0397	-0.0228	-0.0264	0.0084	0.0877	-0.0015	-0.0149	0.0515	-0.0012	0.077	36.9654	60.662	50.2246
11	0.4695	-0.0457	-0.0311	0.8333	0.5151	1.5451	-0.0033	-0.0133	0.0662	-0.0306	0.0272	-0.0008	-0.092	0.0325	-0.0238	0.073	-0.0039	-0.0053	0.0691	-0.0027	0.066	43.4679	57.2531	54.2739
12	0.5668	0.1993	0.0188	0.7081	0.1662	0.36	-0.002	-0.0563	-0.0077	0.0183	0.0011	-0.0178	-0.0064	0.0338	0.0008	0.0719	0.0029	-0.0057	0.0749	-0.0007	0.0593	43.7125	43.3604	57.4527
13	0.6944	0.0354	-0.1489	1.2078	0.2753	1.0524	-0.0023	0.0382	0.0295	-0.1018	-0.0241	0.1042	-0.0197	-0.0619	0.0264	0.0648	0.0012	-0.0185	0.0896	-0.0101	0.0851	30.1454	44.5751	48.2866
14	2.2696	-2.0251	-1.3694	4.946	2.8855	5.8055	0.0229	0.2038	-0.111	-0.2839	-0.1629	0.1742	0.243	-0.2215	0.1401	0.0697	-0.0089	-0.0187	0.0711	-0.0252	0.0817	24.5882	40.4752	44.0623

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	30 - 39
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	40 - 48
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	49 - 67
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	68 - 112
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	113 - 197
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	198 - 253
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	254 - 270
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	30 - 39
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	40 - 48
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	49 - 68
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	69 - 129
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	130 - 201
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	202 - 254
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	255 - 270

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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