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万見
- PDB-5zgv: Crystal structure of NDM-1 at pH8.0 (Tris) with 2 molecules per a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zgv
タイトルCrystal structure of NDM-1 at pH8.0 (Tris) with 2 molecules per asymmetric unit
要素Metallo-beta-lactamase type 2
キーワードHYDROLASE / NDM-1 / metallo-beta-lactamase / antibiotic resistent / conformational change
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HYDROXIDE ION / Metallo-beta-lactamase type 2
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.15 Å
データ登録者Zhang, H. / Hao, Q.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (China)31670753 中国
引用ジャーナル: Antimicrob. Agents Chemother. / 年: 2018
タイトル: Active-Site Conformational Fluctuations Promote the Enzymatic Activity of NDM-1.
著者: Zhang, H. / Ma, G. / Zhu, Y. / Zeng, L. / Ahmad, A. / Wang, C. / Pang, B. / Fang, H. / Zhao, L. / Hao, Q.
履歴
登録2018年3月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年8月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年12月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Metallo-beta-lactamase type 2
B: Metallo-beta-lactamase type 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,6519
ポリマ－51,2642
非ポリマー3887
水11,548641
1
A: Metallo-beta-lactamase type 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7804
ポリマ－25,6321
非ポリマー1483
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area160 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area10620 Å2
手法PISA
2
B: Metallo-beta-lactamase type 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8725
ポリマ－25,6321
非ポリマー2404
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area160 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area10890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.678, 73.716, 66.605
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.400, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Metallo-beta-lactamase type 2 / B2 metallo-beta-lactamase / Beta-lactamase type II / Metallo-beta-lactamase NDM-1 / Metallo-beta- ...B2 metallo-beta-lactamase / Beta-lactamase type II / Metallo-beta-lactamase NDM-1 / Metallo-beta-lactamase type II / New Delhi metallo-beta-lactamase-1 / NDM-1


分子量: 25631.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: blaNDM-1 / プラスミド: pRHisMBP / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C7C422, beta-lactamase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-OH / HYDROXIDE ION / ヒドロキシド


分子量: 17.007 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: HO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 641 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.17 % / Mosaicity: 0.525 ° / Mosaicity esd: 0.004 °
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1M Tris pH8.0, 25% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97922 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月10日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97922 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.15→50 Å / Num. obs: 136383 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Χ2: 1.224 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
1.15-1.193.40.497136260.938199.1
1.19-1.243.40.375135880.947199
1.24-1.33.50.292136160.962199
1.3-1.363.50.216135810.986198.9
1.36-1.453.50.17136301.102199
1.45-1.563.60.135136031.297199.1
1.56-1.723.60.111137351.391199.6
1.72-1.973.60.076137501.375199.7
1.97-2.483.70.062137161.579199.4
2.48-503.60.048135381.568196.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0189精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3Q6X

3q6x
PDB 未公開エントリ


解像度: 1.15→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.982 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.976 / SU B: 1.026 / SU ML: 0.021 / SU R Cruickshank DPI: 0.032 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.032 / ESU R Free: 0.031
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1438 6848 5 %RANDOM
Rwork0.1232 ---
obs0.1242 129503 98.61 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 93.12 Å2 / Biso mean: 16.286 Å2 / Biso min: 7.46 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.16 Å20 Å2-0.08 Å2
2---0.4 Å20 Å2
3---0.56 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.15→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3572 0 12 641 4225
Biso mean--13.94 30.93 -
残基数----481
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0193881
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023547
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3751.945318
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.93538263
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3575539
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.75724.767172
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.58215617
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.8271519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2592
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0214478
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02769
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr0.85737420
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free23.1055373
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded5.13757566
LS精密化 シェル解像度: 1.148→1.178 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.206 495 -
Rwork0.215 9155 -
all-9650 -
obs--94.74 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.6760.0066-4.77235.9581.95189.1580.14180.14150.3872-0.61370.52450.0729-0.4567-0.0791-0.66620.0712-0.0480.00590.06150.06640.259-4.655232.89933.4737
21.52040.2976-0.34692.141-0.15751.9011-0.04050.0864-0.0292-0.2146-0.02440.1390.0001-0.12320.06490.0415-0.0001-0.03460.0392-0.01780.03999.62831.318731.6573
30.7031-0.01090.20880.950.15670.7178-0.0111-0.0280.0528-0.019-0.0310.0860.0063-0.04840.04210.0254-0.0059-0.00410.0268-0.00740.024816.057433.993541.6785
41.1159-0.07630.20852.99670.29231.17370.00530.01950.14270.02660.0245-0.25110.03520.173-0.02990.02380.0021-0.00750.0337-0.00350.039828.404729.379750.1207
50.91910.21810.09571.27950.42180.97370.041-0.0234-0.01970.07-0.0181-0.00750.0922-0.0204-0.02280.0476-0.0047-0.00550.01060.00270.01622.521718.048541.3053
61.3858-0.1121-0.05912.21340.11441.54890.0061-0.0003-0.1143-0.0663-0.0205-0.04060.07590.05330.01440.0507-0.0047-0.01020.0211-0.00530.017821.064514.171532.5463
73.7115-0.6725-0.12920.38560.51140.9235-0.0239-0.12870.2345-0.03420.0565-0.0658-0.07630.088-0.03260.0227-0.0113-0.01810.03760.01290.059220.775531.494715.7714
829.2897-8.8052-24.42212.503710.132721.15981.3513-0.3060.37371.1161-1.2280.6167-0.7193-0.1721-0.12340.3843-0.02130.19690.62530.05040.1105-1.458236.9523.5519
90.99130.03660.28481.02970.01790.9484-0.05450.0710.0765-0.0325-0.0232-0.125-0.11260.12460.07770.0328-0.0161-0.01230.02110.01660.02779.693432.56676.3985
101.3934-0.11270.66822.0131-0.17022.593-0.0286-0.01280.1871-0.0533-0.02430.2728-0.0807-0.14060.05280.0339-0.0005-0.01680.0226-0.00260.0678-3.249827.898-1.0741
110.7291-0.27960.36010.8912-0.23980.7720.0081-0.0078-0.0226-0.0104-0.01210.00240.02550.01280.0040.0344-0.0045-0.00140.021-0.00060.02363.371316.02899.9443
128.4180.6154-0.34631.3236-0.45313.2571-0.0405-0.0958-0.26810.0470.05960.12340.0172-0.3128-0.01910.04210.00450.01590.04280.02040.038-3.407710.187921.0731
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A31 - 39
2X-RAY DIFFRACTION2A40 - 67
3X-RAY DIFFRACTION3A68 - 145
4X-RAY DIFFRACTION4A146 - 167
5X-RAY DIFFRACTION5A168 - 241
6X-RAY DIFFRACTION6A242 - 269
7X-RAY DIFFRACTION7B29 - 63
8X-RAY DIFFRACTION8B64 - 71
9X-RAY DIFFRACTION9B72 - 137
10X-RAY DIFFRACTION10B138 - 162
11X-RAY DIFFRACTION11B163 - 256
12X-RAY DIFFRACTION12B257 - 270

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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