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万見
- PDB-6r79: Structure of IMP-13 metallo-beta-lactamase in apo form (loop open) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6r79
タイトルStructure of IMP-13 metallo-beta-lactamase in apo form (loop open)
要素Beta-lactamase
キーワードHYDROLASE / metallo-beta-lactamase beta-lactamase
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase / beta-lactamase activity / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamases class B signature 2. / Beta-lactamases class B signature 1. / Beta-lactamase, class-B, conserved site / : / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-MERCAPTOETHANOL / GLYCINE / PHOSPHATE ION / Metallo-beta-lactamase type 2
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Zak, K.M. / Softley, C. / Kolonko, M. / Sattler, M. / Popowicz, G.M.
資金援助 ドイツ, ポーランド, 3件
組織認可番号国
European Union675555 ドイツ
German Federal Ministry for Education and ResearchGFTARV38 ドイツ
Polish National Science Centre018/28/T/NZ1/00337 ポーランド
引用ジャーナル: Antimicrob.Agents Chemother. / 年: 2020
タイトル: Structure and Molecular Recognition Mechanism of IMP-13 Metallo-beta-Lactamase.
著者: Softley, C.A. / Zak, K.M. / Bostock, M.J. / Fino, R. / Zhou, R.X. / Kolonko, M. / Mejdi-Nitiu, R. / Meyer, H. / Sattler, M. / Popowicz, G.M.
履歴
登録2019年3月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月15日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.22020年4月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32020年6月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.42024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
B: Beta-lactamase
C: Beta-lactamase
D: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,90639
ポリマ－98,2684
非ポリマー2,63835
水16,123895
1
A: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,59015
ポリマ－24,5671
非ポリマー1,02314
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9636
ポリマ－24,5671
非ポリマー3965
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1689
ポリマ－24,5671
非ポリマー6018
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1859
ポリマ－24,5671
非ポリマー6188
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)44.762, 64.825, 86.546
Angle α, β, γ (deg.)107.520, 90.990, 94.800
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11THRTHRAA4 - 2231 - 220
21THRTHRBB4 - 2231 - 220
12LYSLYSAA4 - 2221 - 219
22LYSLYSCC4 - 2221 - 219
13THRTHRAA4 - 2231 - 220
23THRTHRDD4 - 2231 - 220
14LYSLYSBB4 - 2221 - 219
24LYSLYSCC4 - 2221 - 219
15THRTHRBB4 - 2231 - 220
25THRTHRDD4 - 2231 - 220
16LYSLYSCC4 - 2221 - 219
26LYSLYSDD4 - 2221 - 219

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Beta-lactamase


分子量: 24567.004 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: bla-imp13, bla-IMP13, blaIMP-13 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7WYA8, beta-lactamase

-
非ポリマー , 7種, 930分子

#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#4: 化合物
ChemComp-GLY / GLYCINE / グリシン


タイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H5NO2
#5: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 895 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.3 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Tris pH 8.5, 25% PEG 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 193 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.966 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.966 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→61.55 Å / Num. obs: 67023 / % possible obs: 94.65 % / 冗長度: 1.7 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 9.58
反射 シェル解像度: 1.9→1.968 Å / Num. unique obs: 6850

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6R78

6r78


解像度: 1.9→61.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 4.608 / SU ML: 0.126 / SU R Cruickshank DPI: 0.1638 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / ESU R: 0.164 / ESU R Free: 0.145
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2139 3373 4.9 %RANDOM
Rwork0.1753 ---
obs0.1772 65582 94.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 141.68 Å2 / Biso mean: 29.658 Å2 / Biso min: 12.35 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.05 Å2-1.89 Å2-2.16 Å2
2--0.23 Å20.91 Å2
3----1.12 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→61.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6730 0 139 901 7770
Biso mean--54.99 42.82 -
残基数----874
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0137012
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0176444
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3891.6359481
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3261.58314978
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9945869
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.58324.545275
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.218151147
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.434158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.2896
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.027728
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021380
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A69980.07
12B69980.07
21A70650.07
22C70650.07
31A70300.07
32D70300.07
41B69520.06
42C69520.06
51B69790.06
52D69790.06
61C69500.06
62D69500.06
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.328 236 -
Rwork0.296 4840 -
all-5076 -
obs--94.1 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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