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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5zh1 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of NDM-1 at pH7.5 (Imidazole) with 2 molecules per asymmetric unit | ||||||
![]() | Metallo-beta-lactamase type 2 | ||||||
![]() | HYDROLASE / NDM-1 / metallo-beta-lactamase / antibiotic resistent / conformational change | ||||||
機能・相同性 | ![]() antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhang, H. / Hao, Q. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Active-Site Conformational Fluctuations Promote the Enzymatic Activity of NDM-1. 著者: Zhang, H. / Ma, G. / Zhu, Y. / Zeng, L. / Ahmad, A. / Wang, C. / Pang, B. / Fang, H. / Zhao, L. / Hao, Q. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 219.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 174.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 4.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 4.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 24.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 37 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5zgeC ![]() 5zgfC ![]() 5zgiC ![]() 5zgpC ![]() 5zgqC ![]() 5zgrC ![]() 5zgtC ![]() 5zguC ![]() 5zgvC ![]() 5zgwC ![]() 5zgxC ![]() 5zgyC ![]() 5zgzC ![]() 3q6x C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 30 - 268 / Label seq-ID: 2 - 240
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25631.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.42 % / Mosaicity: 0.182 ° / Mosaicity esd: 0.003 ° |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1M imidazole pH7.5, 20% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月5日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.93924 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.05→50 Å / Num. obs: 168917 / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Χ2: 0.97 / Net I/σ(I): 10.1 / Num. measured all: 1268191 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3Q6X ![]() 3q6x 解像度: 1.05→32.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.986 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.979 / SU B: 0.978 / SU ML: 0.022 / SU R Cruickshank DPI: 0.0321 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.032 / ESU R Free: 0.031 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 101.54 Å2 / Biso mean: 23.372 Å2 / Biso min: 15.5 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.05→32.75 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / 数: 13675 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.12 Å / Weight position: 0.05
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.054→1.081 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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