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- PDB-5xp6: native structure of NDM-1 crystallized at pH5.5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xp6
タイトルnative structure of NDM-1 crystallized at pH5.5
要素Metallo-beta-lactamase type 2
キーワードHYDROLASE / antibiotic resistant / metallo-beta-lactamase / native structure
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HYDROXIDE ION / SUCCINIC ACID / Metallo-beta-lactamase type 2
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.95 Å
データ登録者Zhang, H. / Ma, G. / Lai, J. / Sun, H.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Bismuth antimicrobial drugs serve as broad-spectrum metallo-beta-lactamase inhibitors
著者: Wang, R. / Lai, T.P. / Gao, P. / Zhang, H. / Ho, P.L. / Woo, P.C. / Ma, G. / Kao, R.Y. / Li, H. / Sun, H.
履歴
登録2017年6月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年3月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Metallo-beta-lactamase type 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,29510
ポリマ－25,7191
非ポリマー5769
水5,945330
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area140 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area9770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.425, 59.807, 42.098
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.780, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Metallo-beta-lactamase type 2 / B2 metallo-beta-lactamase / Beta-lactamase type II / Metallo-beta-lactamase NDM-1 / Metallo-beta- ...B2 metallo-beta-lactamase / Beta-lactamase type II / Metallo-beta-lactamase NDM-1 / Metallo-beta-lactamase type II / New Delhi metallo-beta-lactamase-1 / NDM-1


分子量: 25718.900 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 29-270 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: blaNDM-1
発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他)
参照: UniProt: C7C422, beta-lactamase

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非ポリマー , 5種, 339分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-OH / HYDROXIDE ION / ヒドロキシド


分子量: 17.007 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: HO
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸


分子量: 118.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 330 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.98 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1M Succinic acid at pH 5.5, 15%(w/v) PEG3350 and 20mM L-proline

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.95→50 Å / Num. obs: 127274 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Χ2: 1.044 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsΧ2Diffraction-ID% possible all
0.95-0.983.50.1981.043196.3
0.98-1.024.70.1890.9291100
1.02-1.077.60.2050.8981100
1.07-1.137.60.1520.9611100
1.13-1.27.70.131.131100
1.2-1.297.90.1221.0521100
1.29-1.4280.1191.0051100
1.42-1.6280.1111.1411100
1.62-2.057.90.0931.1331100
2.05-506.40.081.092199

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3Q6X

3q6x
PDB 未公開エントリ


解像度: 0.95→41.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.976 / SU B: 0.349 / SU ML: 0.009 / SU R Cruickshank DPI: 0.0179 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.018 / ESU R Free: 0.018
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1367 6394 5 %RANDOM
Rwork0.1267 ---
obs0.1272 120850 99.67 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 44.29 Å2 / Biso mean: 8.969 Å2 / Biso min: 4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.08 Å20 Å20 Å2
2---0.49 Å20 Å2
3---0.4 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 0.95→41.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1701 0 31 330 2062
Biso mean--13.04 19.62 -
残基数----229
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.021887
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021256
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2161.9412579
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8383.0013087
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2685261
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.90424.76284
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.50115299
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.986159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2283
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212185
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02380
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.15933143
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free12.479555
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded5.32553368
LS精密化 シェル解像度: 0.95→0.975 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.181 432 -
Rwork0.177 8589 -
all-9021 -
obs--97.06 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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