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- PDB-3lbf: Crystal structure of Protein L-isoaspartyl methyltransferase from... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3lbf | ||||||
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Title | Crystal structure of Protein L-isoaspartyl methyltransferase from Escherichia coli | ||||||
![]() | Protein-L-isoaspartate O-methyltransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / modified Rossman-type fold / Methyltransferase / S-adenosyl-L-methionine | ||||||
Function / homology | ![]() protein-L-isoaspartate(D-aspartate) O-methyltransferase / protein-L-isoaspartate (D-aspartate) O-methyltransferase activity / protein repair / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Fang, P. / Li, X. / Wang, J. / Niu, L. / Teng, M. | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structure of the protein L-isoaspartyl methyltransferase from Escherichia coli Authors: Fang, P. / Li, X. / Wang, J. / Xing, L. / Gao, Y. / Niu, L. / Teng, M. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 335.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 271.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.5 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.5 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 36.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 50.4 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 2yxeS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 23485.971 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: P0A7A5, protein-L-isoaspartate(D-aspartate) O-methyltransferase #2: Chemical | ChemComp-SAH / #3: Chemical | ChemComp-PO4 / #4: Chemical | ChemComp-GOL / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.92 Å3/Da / Density % sol: 35.87 % |
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Crystal grow | Temperature: 288 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: Hepes-Na, monosodium dihydrogen phosphate, monopotassium dihydrogen phosphate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() |
Detector | Date: Oct 28, 2009 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.8→25 Å / Num. obs: 62259 / % possible obs: 96.2 % / Redundancy: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 10.7 |
Reflection shell | Resolution: 1.8→1.9 Å / % possible obs: 95 % / Redundancy: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.207 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique all: 8977 |
-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 2YXE Resolution: 1.8→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.15 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.179 / ESU R Free: 0.154 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 222.56 Å2 / Biso mean: 42.2995 Å2 / Biso min: 16.42 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.8→25 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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