PDB-6ys4: Structure of the Homo sapiens SAS-6 coiled-coil domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ys4

タイトル

Structure of the Homo sapiens SAS-6 coiled-coil domain

要素

Spindle assembly abnormal protein 6 homolog

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / centriole / centrosome / cartwheel / coiled coil / complex / alpha helical

機能・相同性

機能・相同性情報

deuterosome / procentriole replication complex / positive regulation of centriole replication / positive regulation of spindle assembly / centriole replication / centrosome duplication / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / regulation of mitotic spindle organization / centriole / centrosome / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.11 Å

データ登録者

Kantsadi, A.L. / Vakonakis, I.

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2022
タイトル: Structures of SAS-6 coiled coil hold implications for the polarity of the centriolar cartwheel.
著者: Kantsadi, A.L. / Hatzopoulos, G.N. / Gonczy, P. / Vakonakis, I.

履歴

登録	2020年4月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年5月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年3月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2 Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ys4.cif.gz	257.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ys4.ent.gz	219.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ys4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ys4_validation.pdf.gz	483.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ys4_full_validation.pdf.gz	494.2 KB	表示
XML形式データ	6ys4_validation.xml.gz	22.9 KB	表示
CIF形式データ	6ys4_validation.cif.gz	33.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ys/6ys4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ys/6ys4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6yrlC 6yrnC 6z26C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3u1c-2 6ys4-3 4rfx-2 6zpm-d 3u59-3 3u59-2 4ytd-d 6bl7-d 3u59-1 6jfv-2 4rfx-1 2a2t-d 2no2-d 6ewy-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Spindle assembly abnormal protein 6 homolog

B: Spindle assembly abnormal protein 6 homolog

C: Spindle assembly abnormal protein 6 homolog

D: Spindle assembly abnormal protein 6 homolog

E: Spindle assembly abnormal protein 6 homolog

F: Spindle assembly abnormal protein 6 homolog

ヘテロ分子

74.4 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Spindle assembly abnormal protein 6 homolog

B: Spindle assembly abnormal protein 6 homolog

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
24.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Spindle assembly abnormal protein 6 homolog

D: Spindle assembly abnormal protein 6 homolog

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
25 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: Spindle assembly abnormal protein 6 homolog

F: Spindle assembly abnormal protein 6 homolog

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
24.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.004, 62.004, 153.748
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.28, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Spindle assembly abnormal protein 6 homolog / HsSAS-6 分子量: 12290.455 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SASS6, SAS6 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6UVJ0
#2: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-GLY / GLYCINE / グリシンタイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₂H₅NO₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 186 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.5 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 100 mM amino acids mixture, 0.1 M Gly-Gly / AMPD buffer, 50% v/v of precipitant mix (25% w/v PEG 4000 and 40% w/v 1,2,6-Hexanetriol)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.979155 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979155 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.11→57.46 Å / Num. obs: 37930 / % possible obs: 85.1 % / 冗長度: 6.5 % / B_iso Wilson estimate: 40.89 Å² / CC_1/2: 0.989 / R_merge(I) obs: 0.089 / R_rim(I) all: 0.106 / Net I/σ(I): 7.14
反射シェル	解像度: 2.11→2.17 Å / 冗長度: 6.1 % / R_merge(I) obs: 0.917 / Mean I/σ(I) obs: 1.66 / Num. unique obs: 939 / CC_1/2: 0.578 / R_rim(I) all: 1.087 / % possible all: 27.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.3	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
SHELXDE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.11→48.15 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.925 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.896 / SU R Cruickshank DPI: 0.296 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.289 / SU R_free Blow DPI: 0.233 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.238

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.288	1842	5 %	RANDOM
R_work	0.239	-	-	-
obs	0.242	36857	85.5 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 61.4 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.0356 Å²	0 Å²	-0.2571 Å²
2-	-	-4.341 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.3054 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.36 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.11→48.15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4885	0	8	186	5079

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	4955	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.13	6617	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		1996	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		894	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		4955	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.25
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	19.4
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		625	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		5393	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.11→2.16 Å / Total num. of bins used: 50

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3232	-	4.07 %
R_work	0.2529	708	-
all	0.2558	738	-
obs	-	-	26.93 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6737	0.0121	3.1649	0.5147	-1.2641	21.6741	-0.0177	0.036	-0.0032	-0.0726	-0.0896	-0.0965	0.9448	0.8132	0.1073	-0.0724	0.0734	-0.0119	-0.2067	0.0071	-0.2427	7.309	6.5277	100.1445
2	1.5757	0.2426	3.8885	0.4128	0.6844	15.0836	0.0233	-0.2412	-0.0669	-0.0224	0.0355	0.0048	0.1958	-0.6781	-0.0588	-0.0191	0.0533	-0.03	-0.3705	-0.0037	-0.1976	2.1067	7.0969	100.906
3	1.9956	-0.4242	4.4642	0.4516	-2.0718	15.942	-0.0252	-0.1694	0.0205	0.129	0.0928	0.0023	-0.1511	0.0112	-0.0676	-0.0297	0.1048	-0.0213	-0.2631	-0.0238	-0.1347	-8.3823	22.7022	93.0563
4	1.4918	-0.5628	5.8693	1.1201	-5.4442	40.3431	0.0288	-0.2403	0.0182	0.0277	-0.0094	0.038	0.5334	-0.2491	-0.0193	-0.1156	0.133	0.0055	-0.1962	-0.0308	-0.1304	-9.767	17.8513	90.01
5	0.3692	0.337	3.7966	0.3587	2.3383	29.7248	-0.1412	-0.0628	0.124	0.0972	-0.2805	0.0432	-0.155	-0.4276	0.4217	-0.0109	-0.23	-0.071	0.0022	0.0296	-0.3125	-20.11	25.4451	155.3716
6	0.3977	-0.0197	2.7598	0	-0.6483	18.047	-0.0451	0.2032	0.0441	0.0622	-0.2146	-0.0319	0.0076	1.3876	0.2597	0.0334	-0.2069	-0.0713	0.0476	0.0669	-0.3316	-16.2069	21.3143	156.8514

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|0 - B\|101 }
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ C\|7 - C\|101 }
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ D\|* }
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ E\|* }
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{ F\|* }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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