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- PDB-6z26: Structure of the Danio rerio SAS-6 coiled-coil domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6z26
タイトルStructure of the Danio rerio SAS-6 coiled-coil domain
要素Spindle assembly abnormal protein 6 homolog
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / centriole / centrosome / cartwheel / coiled coil / complex / alpha helical
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of mitotic spindle organization / deuterosome / procentriole replication complex / positive regulation of centriole replication / nuclear division / positive regulation of spindle assembly / embryonic cleavage / centriole replication / centrosome duplication / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle ...positive regulation of mitotic spindle organization / deuterosome / procentriole replication complex / positive regulation of centriole replication / nuclear division / positive regulation of spindle assembly / embryonic cleavage / centriole replication / centrosome duplication / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / centriole / mitotic spindle organization / spermatogenesis / centrosome / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
SAS-6 coiled-coil domain / Sas6/XLF/XRCC4 coiled-coil domain / Spindle assembly abnormal protein 6, N-terminal / SAS-6, N-terminal domain superfamily / Centriolar protein SAS N-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Spindle assembly abnormal protein 6 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.32 Å
データ登録者Kantsadi, A.L. / Vakonakis, I.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
European CommissionMSCA 752069 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/N009274/1 英国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2022
タイトル: Structures of SAS-6 coiled coil hold implications for the polarity of the centriolar cartwheel.
著者: Kantsadi, A.L. / Hatzopoulos, G.N. / Gonczy, P. / Vakonakis, I.
履歴
登録2020年5月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22022年5月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.32024年10月23日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Spindle assembly abnormal protein 6 homolog
B: Spindle assembly abnormal protein 6 homolog
C: Spindle assembly abnormal protein 6 homolog
D: Spindle assembly abnormal protein 6 homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,4694
ポリマ－55,4694
非ポリマー00
水45025
1
A: Spindle assembly abnormal protein 6 homolog
D: Spindle assembly abnormal protein 6 homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,7352
ポリマ－27,7352
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4830 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area15340 Å2
手法PISA
2
B: Spindle assembly abnormal protein 6 homolog
C: Spindle assembly abnormal protein 6 homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,7352
ポリマ－27,7352
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4850 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area15920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.380, 70.306, 98.736
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Spindle assembly abnormal protein 6 homolog


分子量: 13867.258 Da / 分子数: 4 / 変異: L286M, L321M / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: sass6, sas6, zgc:55668 / プラスミド: pFLOAT2
詳細 (発現宿主): pET30 derivative, N-terminal His6-tag
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7ZVT3
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.34 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 4 mM of alkalis mixture (barium acetate, caesium acetate, rubidium chloride, strontium acetate) 0.1 M BES / Triehylamine buffer 50% v/v of a precipitant mix (25% w/v PEG 4000 and 40% w/v 1,2,6- Hexanetriol)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.31→57.27 Å / Num. obs: 14143 / % possible obs: 65.1 % / Observed criterion σ(F): 3 / 冗長度: 13 % / Biso Wilson estimate: 44.55 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.121 / Rrim(I) all: 0.127 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 2.31→2.37 Å / 冗長度: 12.7 % / Rmerge(I) obs: 0.599 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique obs: 840 / CC1/2: 0.887 / Rrim(I) all: 0.624 / % possible all: 4.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
CRANK2位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.32→57.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.901 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.894 / SU R Cruickshank DPI: 1.514 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 1.615 / SU Rfree Blow DPI: 0.379 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.385
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.297 708 5.01 %RANDOM
Rwork0.277 ---
obs0.278 14142 65.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 57.78 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.4695 Å20 Å20 Å2
2---2.757 Å20 Å2
3----6.7124 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.5 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.32→57.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3302 0 0 25 3327
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013322HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.194435HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1377SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes576HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3322HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.88
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion443SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3632SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.32→2.49 Å / Total num. of bins used: 35
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3566 -6.67 %
Rwork0.3406 378 -
all0.3417 405 -
obs--9.71 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3745-0.27993.67380.5597-0.812211.27860.08930.08180.06440.153-0.191-0.13760.61140.22050.1018-0.0131-0.0892-0.0047-0.25160.0163-0.378574.581410.379940.1438
21.10640.13323.54750.74640.421914.5511-0.0271-0.06290.13740.097-0.19190.05040.5996-0.21440.219-0.15750.1201-0.0183-0.3969-0.0747-0.413245.78838.78028.464
31.15820.39243.58920.59132.015419.8421-0.0449-0.090.05090.0323-0.03450.0349-0.2637-0.43650.07930.01930.0909-0.0045-0.2375-0.0007-0.258246.22968.71378.1449
41.86760.20855.63610.35030.810319.46460.14320.0002-0.120.21320.007-0.0750.2588-0.1213-0.1502-0.0186-0.0145-0.0355-0.24980.0225-0.276674.486210.463438.1154
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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