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Yorodumi- PDB-6yrn: Structure of the Chlamydomonas reinhardtii SAS-6 coiled-coil doma... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6yrn | |||||||||
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Title | Structure of the Chlamydomonas reinhardtii SAS-6 coiled-coil domain, P2 crystal form | |||||||||
Components | Centriole protein | |||||||||
Keywords | STRUCTURAL PROTEIN / centriole / centrosome / cartwheel / coiled coil / complex / alpha helical | |||||||||
Function / homology | Spindle assembly abnormal protein 6, N-terminal / SAS-6, N-terminal domain superfamily / Centriolar protein SAS N-terminal domain / centriole / cell cycle / identical protein binding / cytoplasm / Centriole protein Function and homology information | |||||||||
Biological species | Chlamydomonas reinhardtii (plant) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.43 Å | |||||||||
Authors | Kantsadi, A.L. / Vakonakis, I. | |||||||||
Funding support | United Kingdom, 2items
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Citation | Journal: Structure / Year: 2022 Title: Structures of SAS-6 coiled coil hold implications for the polarity of the centriolar cartwheel. Authors: Kantsadi, A.L. / Hatzopoulos, G.N. / Gonczy, P. / Vakonakis, I. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6yrn.cif.gz | 333.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6yrn.ent.gz | 276.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6yrn.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6yrn_validation.pdf.gz | 495.3 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6yrn_full_validation.pdf.gz | 503.8 KB | Display | |
Data in XML | 6yrn_validation.xml.gz | 27.3 KB | Display | |
Data in CIF | 6yrn_validation.cif.gz | 39.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yr/6yrn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yr/6yrn | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6yrlSC 6ys4C 6z26C S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 13010.449 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Chlamydomonas reinhardtii (plant) / Gene: CrSAS-6, CHLRE_12g516950v5 / Plasmid: pFLOAT Details (production host): pET-30a derivative, N-terminal His6-tag Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: A9CQL4 #2: Chemical | ChemComp-PG4 / | #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.56 Å3/Da / Density % sol: 51.94 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 0.1 M carboxylic acid mixture, 0.1 M imidazole / MES buffer 20% v/v ethylene glycol 10% w/v PEG 8000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I04 / Wavelength: 0.9795 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Jul 23, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.43→84.82 Å / Num. obs: 40623 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 37.41 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.154 / Rpim(I) all: 0.101 / Rrim(I) all: 0.185 / Net I/σ(I): 3.7 |
Reflection shell | Resolution: 2.43→2.47 Å / Redundancy: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.855 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 2015 / CC1/2: 0.492 / Rpim(I) all: 0.601 / Rrim(I) all: 1.065 / % possible all: 98.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6YRL Resolution: 2.43→81.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.898 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / SU R Cruickshank DPI: 0.474 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.462 / SU Rfree Blow DPI: 0.297 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.304
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Displacement parameters | Biso mean: 49.61 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.5 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: 1 / Resolution: 2.43→81.53 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.43→2.45 Å / Total num. of bins used: 50
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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