+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6ys4 | |||||||||
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Title | Structure of the Homo sapiens SAS-6 coiled-coil domain | |||||||||
Components | Spindle assembly abnormal protein 6 homolog | |||||||||
Keywords | STRUCTURAL PROTEIN / centriole / centrosome / cartwheel / coiled coil / complex / alpha helical | |||||||||
Function / homology | Function and homology information deuterosome / procentriole replication complex / positive regulation of centriole replication / positive regulation of spindle assembly / centriole replication / centrosome duplication / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / regulation of mitotic spindle organization / centriole / centrosome / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.11 Å | |||||||||
Authors | Kantsadi, A.L. / Vakonakis, I. | |||||||||
Funding support | United Kingdom, 2items
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Citation | Journal: Structure / Year: 2022 Title: Structures of SAS-6 coiled coil hold implications for the polarity of the centriolar cartwheel. Authors: Kantsadi, A.L. / Hatzopoulos, G.N. / Gonczy, P. / Vakonakis, I. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6ys4.cif.gz | 257.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6ys4.ent.gz | 219.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6ys4.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6ys4_validation.pdf.gz | 483.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6ys4_full_validation.pdf.gz | 494.2 KB | Display | |
Data in XML | 6ys4_validation.xml.gz | 22.9 KB | Display | |
Data in CIF | 6ys4_validation.cif.gz | 33.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ys/6ys4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ys/6ys4 | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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3 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 12290.455 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: SASS6, SAS6 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: Q6UVJ0 #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.7 Å3/Da / Density % sol: 54.5 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 100 mM amino acids mixture, 0.1 M Gly-Gly / AMPD buffer, 50% v/v of precipitant mix (25% w/v PEG 4000 and 40% w/v 1,2,6-Hexanetriol) |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID29 / Wavelength: 0.979155 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Mar 10, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979155 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.11→57.46 Å / Num. obs: 37930 / % possible obs: 85.1 % / Redundancy: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 40.89 Å2 / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rrim(I) all: 0.106 / Net I/σ(I): 7.14 |
Reflection shell | Resolution: 2.11→2.17 Å / Redundancy: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.917 / Mean I/σ(I) obs: 1.66 / Num. unique obs: 939 / CC1/2: 0.578 / Rrim(I) all: 1.087 / % possible all: 27.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.11→48.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.896 / SU R Cruickshank DPI: 0.296 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.289 / SU Rfree Blow DPI: 0.233 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.238
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Displacement parameters | Biso mean: 61.4 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.36 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: 1 / Resolution: 2.11→48.15 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.11→2.16 Å / Total num. of bins used: 50
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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