PDB-6jfv: The crystal structure of 2B-2B complex from keratins 5 and 14 (C3...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6jfv

タイトル

The crystal structure of 2B-2B complex from keratins 5 and 14 (C367A mutant of K14)

要素

Keratin, type I cytoskeletal 14
Keratin, type II cytoskeletal 5

キーワード

CYTOSOLIC PROTEIN / Intermediate filaments / Keratinocytes / Skin / Epithelium / Protein Self-assembly

機能・相同性

機能・相同性情報

intermediate filament polymerization / intermediate filament bundle assembly / structural constituent of skin epidermis / Type I hemidesmosome assembly / keratin filament / Keratinization / keratin filament binding / hair cycle / intermediate filament organization / Formation of the cornified envelope ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Kim, M.S. / Lee, C.H. / Coulombe, P.A. / Leahy, D.J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2020
タイトル: Structure-Function Analyses of a Keratin Heterotypic Complex Identify Specific Keratin Regions Involved in Intermediate Filament Assembly.
著者: Lee, C.H. / Kim, M.S. / Li, S. / Leahy, D.J. / Coulombe, P.A.

履歴

登録	2019年2月12日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年1月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年4月15日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / struct Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct.title
改定 1.2	2022年3月23日	Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
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PDB形式	pdb6jfv.ent.gz	140 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6jfv_validation.pdf.gz	446.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6jfv_full_validation.pdf.gz	453 KB	表示
XML形式データ	6jfv_validation.xml.gz	15.1 KB	表示
CIF形式データ	6jfv_validation.cif.gz	19.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jf/6jfv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jf/6jfv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3tnu-d 3q8t-d 6ofp-d 4ytd-d 4rfx-1 6bl7-d 5hhe-1 4rfx-3 4rfx-2 3u59-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Keratin, type I cytoskeletal 14

B: Keratin, type II cytoskeletal 5

C: Keratin, type I cytoskeletal 14

D: Keratin, type II cytoskeletal 5

45.1 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Keratin, type I cytoskeletal 14

B: Keratin, type II cytoskeletal 5

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
22.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Keratin, type I cytoskeletal 14

D: Keratin, type II cytoskeletal 5

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.149, 56.149, 222.054
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	76
Space group name H-M	P4₁

#1: タンパク質	Keratin, type I cytoskeletal 14 / ketatin(KRT14) / type II cytoskeletal 14 / Cytokeratin-14 / CK-14 / Keratin-14 / K14 分子量: 11132.647 Da / 分子数: 2 / 変異: C367A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KRT14 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02533
#2: タンパク質	Keratin, type II cytoskeletal 5 / 58 kDa cytokeratin / Cytokeratin-5 / CK-5 / Keratin-5 / K5 / Type-II keratin Kb5 分子量: 11398.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KRT5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13647
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.86 %
結晶化	温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 12%(w/v) PEG-8000, 0.1M sodium cacodylate pH 6.5, and 0.2 M calcium acetate hydrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.97838 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97838 Å / 相対比: 1
Reflection twin	Operator: h,-k,-l / Fraction: 0.496
反射	解像度: 2.6→37.38 Å / Num. obs: 20216 / % possible obs: 96.08 % / 冗長度: 4.6 % / Net I/σ(I): 8.91
反射シェル	解像度: 2.6→2.69 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine)	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

解像度: 2.6→37.38 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.14 / 位相誤差: 29.32

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2458	1040	5.14 %
R_work	0.2007	-	-
obs	0.203	20216	95.88 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / B_sol: 98.433 Å² / k_sol: 0.295 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-13.8117 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-13.8117 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.4734 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→37.38 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3079	0	0	8	3087

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3087
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.759	4117
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.509	1257
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	470
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	542

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5984-2.6912	0.4405	93	0.3946	1769	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6912-2.7989	0.3562	96	0.3611	1852	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7989-2.9263	0.3386	98	0.3237	1848	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9263-3.0805	0.2804	100	0.2787	1890	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0805-3.2734	0.31	102	0.2718	1946	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2734-3.5259	0.33	103	0.2608	1949	X-RAY DIFFRACTION	98
3.5259-3.8804	0.2569	101	0.2005	1936	X-RAY DIFFRACTION	98
3.8804-4.4412	0.1886	107	0.162	2003	X-RAY DIFFRACTION	98
4.4412-5.5924	0.1916	104	0.1559	2014	X-RAY DIFFRACTION	98
5.5924-37.3887	0.2131	106	0.141	1999	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.5911	-2.2053	-2.4185	5.4522	-3.5836	-3.2553	-0.1496	-0.2057	-0.0186	-1.0601	-0.8506	-0.4038	0.1248	-0.6403	0.0893	1.1862	-0.0085	-0.1776	1.3573	-0.0272	0.2726	21.7828	-10.9615	54.3581
2	3.9325	-1.9074	-0.2863	7.6611	2.4545	-3.4892	0.6997	-0.6732	-0.044	-0.3284	-0.6361	0.0828	0.3664	0.3345	0.0573	1.1117	0.0945	-0.0729	1.414	-0.0071	0.4964	20.508	1.4307	32.1759
3	0.5563	-2.2995	-0.5149	7.1998	4.6286	0.0944	-0.1902	1.1028	-0.7821	0.0038	-0.2256	-0.4349	0.2322	-1.3342	0.1608	1.3701	-0.0632	0.0349	1.4602	-0.1063	0.3028	17.6013	13.7205	13.0655
4	1.2909	0.9926	-2.7272	-0.5223	-0.8021	5.5633	-0.0592	-0.0317	-0.0972	-0.2525	0.3791	-0.1847	0.7778	0.1707	-0.1236	0.7113	-0.0299	-0.0165	1.2854	0.1126	0.1205	18.2777	41.6724	-21.9613
5	0.0807	-0.3389	0.1797	0.3174	-1.8174	1.1608	-2.0441	-1.1795	0.7694	-0.796	1.4176	0.2864	0.2052	-0.1671	-0.0244	1.8263	0.0985	0.0138	2.1099	-0.1447	0.7148	33.1071	-14.6101	57.1266
6	0.2239	0.0088	2.1361	3.0162	2.9883	7.0927	0.0306	0.3304	0.512	-0.0122	0.4787	-1.8909	0.3959	0.8159	-0.5363	1.1772	0.1081	-0.0934	1.297	-0.1554	0.5923	28.4918	0.1467	43.7922
7	0.0525	2.3903	-1.0193	-0.5999	-0.3417	6.7303	-0.3596	-0.5887	0.4042	0.145	0.0545	-0.7835	0.0961	-2.5671	-0.0848	1.3929	0.03	0.0223	1.14	0.0219	0.3788	17.9265	24.1302	13.7133
8	4.0256	0.2952	-0.6789	3.668	-1.5728	0.2364	0.415	0.1349	0.4453	0.1099	0.6127	0.6722	0.586	0.1489	0.1485	1.0041	0.1398	0.0252	1.3086	0.1447	0.5213	10.0305	46.0644	-27.604
9	6.3742	-0.827	-2.1295	2.298	-1.4036	2.3185	-0.3699	1.0221	-0.7066	-0.0265	0.78	0.0599	0.071	0.6221	-0.2976	1.4069	-0.0679	-0.1026	1.2765	0.0762	0.5152	-36.063	49.4231	-47.3376
10	5.9	-2.1751	-0.375	1.3522	-0.5152	0.2573	0.342	0.054	0.1039	-0.4727	-0.3143	-0.245	1.3696	-0.0735	0.0491	1.3128	-0.0633	-0.0649	1.13	0.0497	0.3244	-13.6757	46.2699	-9.9202
11	-0.193	2.6566	-0.8489	2.2239	1.8319	6.4802	-0.0413	0.8144	-0.6647	-0.2688	0.678	-0.3616	1.1851	0.5422	-0.2234	1.5201	-0.1042	-0.1165	1.0573	-0.0725	0.2626	7.4143	47.3561	17.15
12	3.4507	-0.8963	0.9733	3.5816	1.9546	-1.3149	0.4322	-0.2996	0.6829	-0.708	0.1847	-0.0648	0.4828	0.2385	-0.0696	1.4776	0.0119	-0.1726	1.2995	-0.1916	0.6427	25.4365	45.3358	35.6457
13	-1.0384	-0.604	1.3639	0.9473	-1.7929	0.037	0.7293	-0.3264	-0.568	-0.5362	0.0483	0.2353	-0.9182	0.6607	0.0476	2.0658	-1.5081	-1.3139	5.9351	2.3245	2.1246	-47.9728	62.5445	-60.5032
14	1.5184	1.6542	-3.3789	0.9905	-3.5912	4.7687	0.7516	1.6627	0.7988	0.0195	0.0191	-0.4256	0.6405	-0.8327	-0.5617	1.3177	0.0992	-0.0745	1.7469	0.1323	0.4965	-28.5083	56.6391	-42.3712
15	5.3546	0.9018	-3.0562	2.2869	1.3692	2.5748	0.1043	0.1135	0.2423	-0.0359	-0.3065	-0.214	0.3401	-0.5135	-0.3055	1.1693	-0.1008	0.0126	1.2453	-0.0735	0.2758	-4.2916	46.342	-13.1741
16	3.7557	0.3102	2.9021	2.8673	1.0863	0.9247	0.2805	-0.1809	0.5441	0.1456	-0.3087	-0.324	1.9839	-0.8006	-0.0983	1.3319	0.1401	-0.2374	1.0767	-0.1053	0.5137	16.3275	38.318	26.3165

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 327:347)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 348:360)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 361:378)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 379:419)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resid 384:391)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 392:411)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 412:443)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 444:476)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain C and resid 329:354)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain C and resid 355:386)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain C and resid 387:399)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain C and resid 400:421)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain D and resid 379:387)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain D and resid 388:415)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain D and resid 416:438)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain D and resid 439:476)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)