PDB-4rfx: Crystal Structure of the Dynactin DCTN1 Fragment involved in Dyne...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4rfx

タイトル

Crystal Structure of the Dynactin DCTN1 Fragment involved in Dynein Interaction

要素

Dynactin subunit 1

キーワード

PROTEIN TRANSPORT / Coiled-coil / Dynein Intermediate Chain

機能・相同性

機能・相同性情報

cell cortex region / microtubule plus-end / positive regulation of intracellular protein transport / dynein complex / microtubule associated complex / nuclear migration / establishment of mitotic spindle orientation / cytoplasmic microtubule organization / centriole / regulation of mitotic spindle organization ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Findeisen, P. / Eckert, C. / Kollmar, M.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the Dynactin DCTN1 Fragment involved in Dynein Interaction
著者: Findeisen, P. / Eckert, C. / Kollmar, M.

履歴

登録	2014年9月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年10月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.2	2019年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: entity_name_com / entity_src_gen ...entity_name_com / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif Item: _entity_name_com.name / _entity_src_gen.gene_src_common_name ..._entity_name_com.name / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4rfx.cif.gz	214.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4rfx.ent.gz	177.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4rfx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rf/4rfx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rf/4rfx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6jfv-2 3u59-3 6bl7-d 4ytd-d 6ys4-3 1d7m-d 6ys4-1 6jfv-1 3u59-1 3u1c-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Dynactin subunit 1

B: Dynactin subunit 1

C: Dynactin subunit 1

D: Dynactin subunit 1

E: Dynactin subunit 1

82 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Dynactin subunit 1

B: Dynactin subunit 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32.8 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Dynactin subunit 1

D: Dynactin subunit 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: Dynactin subunit 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	155.320, 155.320, 129.260
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLU	GLU	GLN	GLN	A	A	434 - 530	42 - 138
2	1	GLU	GLU	GLN	GLN	B	B	434 - 530	42 - 138
1	2	MET	MET	GLN	GLN	A	A	432 - 530	40 - 138
2	2	MET	MET	GLN	GLN	C	C	432 - 530	40 - 138
1	3	VAL	VAL	GLN	GLN	A	A	433 - 530	41 - 138
2	3	VAL	VAL	GLN	GLN	D	D	433 - 530	41 - 138
1	4	LEU	LEU	SER	SER	A	A	436 - 529	44 - 137
2	4	LEU	LEU	SER	SER	E	E	436 - 529	44 - 137
1	5	GLU	GLU	GLN	GLN	B	B	434 - 530	42 - 138
2	5	GLU	GLU	GLN	GLN	C	C	434 - 530	42 - 138
1	6	GLU	GLU	GLN	GLN	B	B	434 - 530	42 - 138
2	6	GLU	GLU	GLN	GLN	D	D	434 - 530	42 - 138
1	7	LEU	LEU	SER	SER	B	B	436 - 529	44 - 137
2	7	LEU	LEU	SER	SER	E	E	436 - 529	44 - 137
1	8	VAL	VAL	GLN	GLN	C	C	433 - 530	41 - 138
2	8	VAL	VAL	GLN	GLN	D	D	433 - 530	41 - 138
1	9	LEU	LEU	SER	SER	C	C	436 - 529	44 - 137
2	9	LEU	LEU	SER	SER	E	E	436 - 529	44 - 137
1	10	LEU	LEU	SER	SER	D	D	436 - 529	44 - 137
2	10	LEU	LEU	SER	SER	E	E	436 - 529	44 - 137

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10

#1: タンパク質	Dynactin subunit 1 / 150 kDa dynein-associated polypeptide / DAP-150 / DP-150 / p150-glued 分子量: 16408.918 Da / 分子数: 5 / 断片: COILED_COIL 1 DOMAIN, UNP residues RESIDUES 412-533 / 変異: L419V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: DCTN1 / プラスミド: pRSFDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)RIL / 参照: UniProt: P35458

#1: タンパク質

Dynactin subunit 1 / 150 kDa dynein-associated polypeptide / DAP-150 / DP-150 / p150-glued

分子量: 16408.918 Da / 分子数: 5 / 断片: COILED_COIL 1 DOMAIN, UNP residues RESIDUES 412-533 / 変異: L419V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: DCTN1 / プラスミド: pRSFDuet-1 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)RIL / 参照: UniProt: P35458

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 74.11 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.1 M Na-citrate pH 5.5, 5% PEG 4000, 0.1 M ammonium sulphate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	SLS	X10SA	1	0.979
シンクロトロン	SLS	X10SA	2	1.033

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
DECTRIS PILATUS 6M	1	PIXEL	2012年2月24日
DECTRIS PILATUS 6M	2	PIXEL	2013年12月19日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	double-crystal Si(111)	MAD	M	x-ray	1
2	double crystal	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.979	1
2	1.033	1

反射

解像度: 2.9→49.7 Å / Num. all: 35602 / Num. obs: 35585 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 26.3 %

反射シェル

解像度: 2.9→2.95 Å / 冗長度: 27.2 % / Num. unique all: 1725 / % possible all: 99.88

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SHELXD		位相決定
REFMAC	5.7.0029	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.9→49.7 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.934 / SU B: 38.029 / SU ML: 0.295 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 1.78 / ESU R: 0.382 / ESU R Free: 0.291 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27705	1733	5 %	RANDOM
R_work	0.25841	-	-	-
obs	0.25935	32808	96.89 %	-
all	-	35649	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 108.667 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.6 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-4.6 Å²	-0 Å²
3-	-	-	9.19 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→49.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4065	0	0	0	4065

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.019	4075
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.009	0.02	3937
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.623	1.979	5470
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.649	3	9030
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.59	5	489
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.714	25.577	260
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.846	15	843
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.756	15	50
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	626
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	4691
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	877
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	4476	0.22
1	2	B	4476	0.22
2	1	A	4628	0.21
2	2	C	4628	0.21
3	1	A	4729	0.19
3	2	D	4729	0.19
4	1	A	4353	0.22
4	2	E	4353	0.22
5	1	B	4615	0.2
5	2	C	4615	0.2
6	1	B	4647	0.2
6	2	D	4647	0.2
7	1	B	4311	0.23
7	2	E	4311	0.23
8	1	C	4682	0.2
8	2	D	4682	0.2
9	1	C	4393	0.23
9	2	E	4393	0.23
10	1	D	4394	0.22
10	2	E	4394	0.22

LS精密化シェル

解像度: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.457	84	-
R_work	0.477	1623	-
obs	-	-	66.29 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3523	-1.0016	0.1487	4.4591	-0.5771	0.2281	-0.2505	-0.1647	0.0097	-0.1181	0.445	-0.0868	0.0043	-0.1177	-0.1945	0.53	0.0904	-0.0087	0.2108	0.0214	0.2389	117.6489	0.9442	23.2794
2	0.5824	-1.8385	0.2637	6.7153	-0.8702	0.1298	-0.2287	-0.1203	-0.0658	0.4647	0.2651	0.079	-0.0585	-0.0579	-0.0365	0.5498	0.0656	0.0438	0.2757	-0.0238	0.0478	117.8224	1.7182	23.4564
3	5.7618	-1.356	0.5024	0.4267	-0.1127	0.0799	0.1998	0.1599	-0.0593	-0.0319	-0.1377	0.0329	0.0664	0.0381	-0.062	0.2598	0.0677	-0.0559	0.5338	-0.0455	0.0851	18.3168	114.3497	42.0873
4	6.4296	-1.1505	0.3397	0.2759	-0.0705	0.0289	0.0738	-0.0059	0.0545	0.0051	-0.0664	0.0184	0.0563	0.016	-0.0074	0.3191	0.0408	-0.0094	0.5575	-0.0427	0.0131	16.2676	114.9161	42.4547
5	3.6803	-3.6395	-0.2766	3.6421	0.2214	0.1641	-0.0414	-0.231	0.0007	-0.076	0.155	0.0329	0.0881	0.0232	-0.1136	0.388	0.1468	0.0096	0.3548	-0.074	0.137	80.215	75.8722	33.2693

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	432 - 531
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	434 - 531
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	431 - 531
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	433 - 532
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	436 - 530

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