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万見
- PDB-3q8t: Crystal structure of the coiled coil domain of Beclin 1, an essen... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3q8t
タイトルCrystal structure of the coiled coil domain of Beclin 1, an essential autophagy protein
要素Beclin-1
キーワードAPOPTOSIS / Autophagy / Atg14L UVRAG
機能・相同性
機能・相同性情報


ISG15 antiviral mechanism / Macroautophagy / cellular response to aluminum ion / positive regulation of stress granule assembly / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III / cellular response to oxygen-glucose deprivation / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type II / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type I / Ub-specific processing proteases / response to mitochondrial depolarisation ...ISG15 antiviral mechanism / Macroautophagy / cellular response to aluminum ion / positive regulation of stress granule assembly / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III / cellular response to oxygen-glucose deprivation / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type II / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type I / Ub-specific processing proteases / response to mitochondrial depolarisation / positive regulation of attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / engulfment of apoptotic cell / negative regulation of lysosome organization / positive regulation of autophagosome assembly / cytoplasmic side of mitochondrial outer membrane / early endosome to late endosome transport / negative regulation of autophagosome assembly / receptor catabolic process / SMAD protein signal transduction / late endosome to vacuole transport / response to other organism / phagophore assembly site / cellular response to nitrogen starvation / phosphatidylinositol-3-phosphate biosynthetic process / negative regulation of programmed cell death / mitotic metaphase chromosome alignment / response to vitamin E / lysosome organization / response to iron(II) ion / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / p38MAPK cascade / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / amyloid-beta metabolic process / protein secretion / regulation of macroautophagy / autophagosome maturation / neuron development / autophagosome assembly / phosphatidylinositol 3-kinase binding / cellular response to glucose starvation / mitophagy / JNK cascade / phagocytic vesicle / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of autophagy / autophagosome / cellular response to epidermal growth factor stimulus / cellular response to copper ion / cellular response to amino acid starvation / negative regulation of autophagy / regulation of autophagy / regulation of cytokinesis / macroautophagy / trans-Golgi network / circadian rhythm / response to nutrient levels / bone development / response to lead ion / autophagy / cellular response to hydrogen peroxide / protein-containing complex assembly / GTPase binding / cytoplasmic vesicle / defense response to virus / molecular adaptor activity / protein-macromolecule adaptor activity / response to hypoxia / endosome / endosome membrane / nuclear body / response to xenobiotic stimulus / negative regulation of cell population proliferation / cell division / apoptotic process / ubiquitin protein ligase binding / dendrite / protein kinase binding / endoplasmic reticulum membrane / negative regulation of apoptotic process / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / mitochondrion / identical protein binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #3110 / Beclin-1, BH3 domain / Beclin-1 BH3 domain, Bcl-2-interacting / Atg6/Beclin / Atg6/Beclin C-terminal domain superfamily / Atg6, BARA domain / Atg6/beclin, coiled-coil domain / Apg6 BARA domain / Apg6 coiled-coil region / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #3110 / Beclin-1, BH3 domain / Beclin-1 BH3 domain, Bcl-2-interacting / Atg6/Beclin / Atg6/Beclin C-terminal domain superfamily / Atg6, BARA domain / Atg6/beclin, coiled-coil domain / Apg6 BARA domain / Apg6 coiled-coil region / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Li, X. / Zhao, Y.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2012
タイトル: Imperfect interface of Beclin1 coiled-coil domain regulates homodimer and heterodimer formation with Atg14L and UVRAG
著者: Li, X. / He, L. / Che, K.H. / Funderburk, S.F. / Pan, L. / Pan, N. / Zhang, M. / Yue, Z. / Zhao, Y.
履歴
登録2011年1月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年2月22日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beclin-1
B: Beclin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,0562
ポリマ－23,0562
非ポリマー00
水5,026279
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4970 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area13340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.780, 38.350, 65.750
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.92, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Beclin-1 / Coiled-coil myosin-like BCL2-interacting protein / Protein GT197


分子量: 11527.770 Da / 分子数: 2 / 断片: Coiled Coil Domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Becn1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q91XJ1
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 279 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.23 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.2
詳細: 45% MPD, 2% PEG400, 100mM Tris, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年1月5日
放射モノクロメーター: VARIMAX SYSTEM BY OSMIC / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→35.92 Å / Num. all: 19438 / Num. obs: 19438 / % possible obs: 99.99 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 1.9→1.96 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
MLPHARE位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.9→35.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 2.666 / SU ML: 0.083 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.142 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23631 1062 5.2 %RANDOM
Rwork0.20876 ---
obs0.21024 19438 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.905 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20.05 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→35.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1592 0 0 279 1871
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0221599
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2431.9962128
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.6275187
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.4626.538104
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.01115358
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.8031514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2224
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021212
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2430.2871
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2910.21130
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1990.2218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1750.250
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1940.232
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2431.5987
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.73221500
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.5293678
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.4344.5628
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.262 88 -
Rwork0.207 1384 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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