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- PDB-7bji: Crystal structure of the Danio rerio centrosomal protein Cep135 c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bji
タイトルCrystal structure of the Danio rerio centrosomal protein Cep135 coiled-coil fragment 64-190
要素Centrosomal protein of 135 kDa
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / centriole / centrosome / coiled coil / pinehead / alpha helix
機能・相同性: / centriole replication / centriole / centrosome / cytoplasm / ACETATE ION / TRIETHYLENE GLYCOL / Centrosomal protein of 135 kDa
機能・相同性情報
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.58 Å
データ登録者Li, Q. / Hatzopoulos, G. / Iller, O. / Vakonakis, I.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/N009274/1 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the Danio rerio centrosomal protein Cep135 coiled-coil fragment 64-190
著者: Li, Q. / Hatzopoulos, G. / Iller, O. / Vakonakis, I.
履歴
登録2021年1月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Centrosomal protein of 135 kDa
B: Centrosomal protein of 135 kDa
C: Centrosomal protein of 135 kDa
D: Centrosomal protein of 135 kDa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,66914
ポリマ－59,9374
非ポリマー73310
水1448
1
A: Centrosomal protein of 135 kDa
C: Centrosomal protein of 135 kDa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,5159
ポリマ－29,9682
非ポリマー5477
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5420 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area12520 Å2
手法PISA
2
B: Centrosomal protein of 135 kDa
D: Centrosomal protein of 135 kDa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1555
ポリマ－29,9682
非ポリマー1863
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5260 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area14200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.290, 188.220, 89.970
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number21
Space group name H-MC222

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Centrosomal protein of 135 kDa / Cep135


分子量: 14984.168 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: cep135, si:dkeyp-117h8.1 / プラスミド: pFLOAT / 詳細 (発現宿主): pET30a derivative / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5RG45

-
非ポリマー , 5種, 18分子

#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.28 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4
詳細: 15 mg/ml DrCep135 64-190 in 20 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 0.5 mM TCEP; 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M sodium acetate, 15% w/v PEG 4000, pH 4 mother liquor; 1:2 protein / mother liquor ratio, 300nl drops

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.58→89.97 Å / Num. obs: 28078 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 87.85 Å2 / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.091 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 2.58→2.62 Å / 冗長度: 6.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 1392 / CC1/2: 0.5 / Rrim(I) all: 1.9 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
pointlessデータスケーリング
SHELXDE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.58→63.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU R Cruickshank DPI: 0.257 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.249 / SU Rfree Blow DPI: 0.203 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.209
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.249 1287 4.58 %RANDOM
Rwork0.233 ---
obs0.234 28075 99.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 124.39 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.4374 Å20 Å20 Å2
2---5.2091 Å20 Å2
3---7.6465 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.42 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.58→63.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2881 0 48 8 2937
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012981HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg13965HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1209SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes516HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2981HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.24
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.68
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion369SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3222SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.58→2.6 Å / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2211 -3.91 %
Rwork0.2341 540 -
all0.2336 562 -
obs--99.82 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.4093.4725-1.521313.4373-1.88721.05980.0374-0.1017-0.9621.1484-0.166-0.00880.1326-0.03250.1286-0.9458-0.0188-0.0517-1.02870.097-0.671623.777318.913289.4092
20.0928-0.0521-0.7380.7038-2.835211.97110.0627-0.6407-0.02940.1621-0.2295-0.13460.87920.23960.1668-0.7442-0.293-0.11-0.25690.169-0.981144.895230.1483124.898
33.69792.3297-2.566911.4195-4.79884.1075-0.08760.1163-0.86020.2850.19451.53330.4895-0.1182-0.1069-0.91280.06130.0689-0.95720.0294-0.330920.15625.162485.7184
40.2222-0.50541.00941.3914-5.953428.96260.09-0.5041-0.26730.35130.42410.08730.0255-2.5465-0.5141-0.9083-0.2524-0.078-0.44750.2524-1.026641.724330.3648126.466
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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