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- PDB-4njl: Crystal structure of middle east respiratory syndrome coronavirus... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4njl
タイトルCrystal structure of middle east respiratory syndrome coronavirus S2 protein fusion core
要素S protein
キーワードVIRAL PROTEIN / six-helix-bundle / coronavirus / MERS-Cov / fusion inhibitor / fusion core
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #300 / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, MERS-CoV / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, MERS-CoV-like / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #300 / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, MERS-CoV / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, MERS-CoV-like / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Middle East respiratory syndrome coronavirus (ウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Zhu, Y. / Lu, L. / Qin, L. / Ye, S. / Jiang, S. / Zhang, R.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2014
タイトル: Structure-based discovery of Middle East respiratory syndrome coronavirus fusion inhibitor.
著者: Lu, L. / Liu, Q. / Zhu, Y. / Chan, K.H. / Qin, L. / Li, Y. / Wang, Q. / Chan, J.F. / Du, L. / Yu, F. / Ma, C. / Ye, S. / Yuen, K.Y. / Zhang, R. / Jiang, S.
履歴
登録2013年11月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: S protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,1962
ポリマ－14,0461
非ポリマー1501
水1,820101
1
A: S protein
ヘテロ分子

A: S protein
ヘテロ分子

A: S protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,5876
ポリマ－42,1373
非ポリマー4513
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area12670 Å2
ΔGint-104 kcal/mol
Surface area18360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.510, 43.510, 129.633
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number150
Space group name H-MP321
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2129-

HOH

21A-2200-

HOH

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要素

#1: タンパク質 S protein


分子量: 14045.628 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 984-1063 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Middle East respiratory syndrome coronavirus (ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: R9UQ53
#2: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.23 %
結晶化温度: 289 K / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES-NaOH, 25% (w/v) PEG3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年4月2日
放射モノクロメーター: MAX-FLUX / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→36.18 Å / Num. obs: 6795 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 2.3→2.37 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHENIX(phenix.phaser)モデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1WYY

1wyy


解像度: 2.3→36.18 Å / SU ML: 0.27 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.71 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.261 336 4.94 %
Rwork0.22 --
obs0.223 6795 99.3 %
all-6843 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→36.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数975 0 10 101 1086
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003997
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5371344
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.166370
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.036162
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.001176
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3001-2.89770.34831590.25773165X-RAY DIFFRACTION100
2.8977-36.18760.23611770.20853294X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.36250.07850.55810.49911.01318.9530.0759-0.08310.02110.04850.03270.00360.4238-0.5257-0.09690.14790.0193-0.00840.15890.0150.192719.25189.169835.0257
23.9693-0.4584-4.56723.5137-0.02488.0622-0.0369-0.5848-0.26070.4104-0.28310.1697-0.8656-0.23990.3770.33230.0516-0.05720.48980.02860.367815.743421.363671.1244
31.5819-1.343-1.70713.47743.65494.5944-0.12630.016-0.0849-0.0776-0.24080.38160.0409-1.19440.47220.2114-0.0755-0.04460.32730.0040.283412.34298.000514.208
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 985 through 1062)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 1063 through 1257)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 1258 through 1288)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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