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- PDB-6fls: Pentapeptide repeat family protein from Clostridium botulinum -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fls
タイトルPentapeptide repeat family protein from Clostridium botulinum
要素Pentapeptide repeat family protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Pentapeptide repeat protein Clostridium botulinum
機能・相同性Pentapeptide repeat region / Pentapeptide repeats (8 copies) / Pentapeptide repeat / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Martinez-Carranza, M. / Stenmark, P.
引用ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2018
タイトル: Cotranslational Folding of a Pentarepeat beta-Helix Protein.
著者: Notari, L. / Martinez-Carranza, M. / Farias-Rico, J.A. / Stenmark, P. / von Heijne, G.
履歴
登録2018年1月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年8月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pentapeptide repeat family protein
B: Pentapeptide repeat family protein
D: Pentapeptide repeat family protein
C: Pentapeptide repeat family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,86119
ポリマ－109,4804
非ポリマー1,38115
水3,117173
1
A: Pentapeptide repeat family protein
B: Pentapeptide repeat family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,75313
ポリマ－54,7402
非ポリマー1,01311
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4390 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area19470 Å2
手法PISA
2
D: Pentapeptide repeat family protein
C: Pentapeptide repeat family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,1086
ポリマ－54,7402
非ポリマー3684
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2880 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area19790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.751, 108.475, 112.890
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.600, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Pentapeptide repeat family protein


分子量: 27369.889 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
遺伝子: ACP52_06880 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0M0A2X5
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 173 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 5.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 78.79 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 25% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9282 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9282 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→112.53 Å / Num. obs: 63384 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.8 % / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 2.8→2.87 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0222精密化
DIALSデータ削減
DIALSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→112.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.232 / ESU R Free: 0.202 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.205 3079 4.9 %RANDOM
Rwork0.1699 ---
obs0.1716 60286 99.03 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 149 Å2 / Biso mean: 59.071 Å2 / Biso min: 28 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.26 Å20 Å21.42 Å2
2---1.88 Å20 Å2
3---0.39 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→112.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6941 0 90 173 7204
Biso mean--87.02 51.04 -
残基数----865
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0157172
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0186380
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3571.7439655
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.71.75714929
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8565861
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.91623.657309
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.691151118
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.2041516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.060.2988
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.027911
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.021461
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.6225.7153456
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.6215.7163457
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.4838.5684313
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.371 185 -
Rwork0.351 4458 -
all-4643 -
obs--99.19 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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