+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4osd | ||||||
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Title | Dimer of a C-terminal fragment of phage T4 gp5 beta-helix | ||||||
Components | Tail-associated lysozyme | ||||||
Keywords | HYDROLASE / membrane piercing / T4 gp5 / triple beta-helix / SDS resistant / donor strand exchange / fragment / membrane piercing complex / gp5.4 / gp27-gp5 complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information symbiont entry into host cell via disruption of host cell wall peptidoglycan / virus tail, baseplate / viral tail assembly / symbiont entry into host cell via disruption of host cell envelope / virus tail / symbiont entry into host / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity ...symbiont entry into host cell via disruption of host cell wall peptidoglycan / virus tail, baseplate / viral tail assembly / symbiont entry into host cell via disruption of host cell envelope / virus tail / symbiont entry into host / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / symbiont entry into host cell / identical protein binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Enterobacteria phage T4 (virus) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.96 Å | ||||||
Authors | Buth, S.A. / Leiman, P.G. / Shneider, M.M. | ||||||
Citation | Journal: Viruses / Year: 2015 Title: Structure and Biophysical Properties of a Triple-Stranded Beta-Helix Comprising the Central Spike of Bacteriophage T4. Authors: Buth, S.A. / Menin, L. / Shneider, M.M. / Engel, J. / Boudko, S.P. / Leiman, P.G. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4osd.cif.gz | 641.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4osd.ent.gz | 542.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4osd.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4osd_validation.pdf.gz | 2.2 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4osd_full_validation.pdf.gz | 2.3 MB | Display | |
Data in XML | 4osd_validation.xml.gz | 70.6 KB | Display | |
Data in CIF | 4osd_validation.cif.gz | 95.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/os/4osd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/os/4osd | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4jj2SC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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3 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS oper:
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-Components
-Protein , 1 types, 18 molecules ABCDEFGHIJKLMNOPQR
#1: Protein | Mass: 9799.627 Da / Num. of mol.: 18 / Fragment: C-terminal fragment, UNP RESIDUES 484-575 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Enterobacteria phage T4 (virus) / Gene: 5 / Plasmid: pEEva2, a pET23a derivative / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): B834 / References: UniProt: P16009, lysozyme |
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-Non-polymers , 5 types, 662 molecules
#2: Chemical | ChemComp-ELA / #3: Chemical | ChemComp-MG / #4: Chemical | ChemComp-STE / #5: Chemical | ChemComp-PLM / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.36 Å3/Da / Density % sol: 47.94 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: 22% PEG 4000, 200mM Li2SO4, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06SA / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 19, 2012 / Details: dynamically bendable mirror |
Radiation | Monochromator: Si(111) monochromator / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.96→92.7 Å / Num. obs: 116357 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 34.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 6.8 |
Reflection shell | Resolution: 1.96→2.08 Å / Redundancy: 2.44 % / Rmerge(I) obs: 0.347 / Mean I/σ(I) obs: 2.52 / Num. unique all: 35910 / % possible all: 96.3 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDBID 4JJ2 Resolution: 1.96→59.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 11.144 / SU ML: 0.151 / Isotropic thermal model: Isotropic / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.21 / ESU R Free: 0.193 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 36.086 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.96→59.87 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.965→2.016 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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