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- PDB-6ewy: RipA Peptidoglycan hydrolase (Rv1477, Mycobacterium tuberculosis)... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ewy
タイトルRipA Peptidoglycan hydrolase (Rv1477, Mycobacterium tuberculosis) N-terminal domain
要素Peptidoglycan endopeptidase RipA
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Periplasmic protein
機能・相同性
機能・相同性情報


cell wall organization or biogenesis / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / cysteine-type peptidase activity / peptidoglycan-based cell wall / cell wall organization / proteolysis / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / : / NlpC/P60 family / NlpC/P60 domain profile. / Endopeptidase, NLPC/P60 domain / Papain-like cysteine peptidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Peptidoglycan endopeptidase RipA
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Schnell, R. / Steiner, E.M. / Schneider, G. / Guy, J. / Bourenkov, G.
資金援助 スウェーデン, 1件
組織認可番号国
RAC-VR スウェーデン
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2018
タイトル: The structure of the N-terminal module of the cell wall hydrolase RipA and its role in regulating catalytic activity.
著者: Steiner, E.M. / Lyngso, J. / Guy, J.E. / Bourenkov, G. / Lindqvist, Y. / Schneider, T.R. / Pedersen, J.S. / Schneider, G. / Schnell, R.
履歴
登録2017年11月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年10月24日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidoglycan endopeptidase RipA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,2751
ポリマ－23,2751
非ポリマー00
水1,76598
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, approximately a dimer size derived, SAXS, Monomer at pH 5, dimer at higher pH values, pH 6-8
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area13950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.916, 93.960, 138.672
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number21
Space group name H-MC222

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要素

#1: タンパク質 Peptidoglycan endopeptidase RipA / Macrophage invasion and intracellular persistence protein A / Resuscitation-promoting factor ...Macrophage invasion and intracellular persistence protein A / Resuscitation-promoting factor interaction partner A / Rpf-interacting protein A


分子量: 23274.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: RipA-N-terminal domain
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
遺伝子: ripA, Rv1477 / プラスミド: pNIC28Bsa4
詳細 (発現宿主): N-terminal His6-tag, removable by TEV cleavage
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: O53168, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 0.61 % / 解説: rod
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.75 / 詳細: 42% MPD, 0.1M MES pH 5.75

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月13日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si (1 1 1) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.191→34.987 Å / Num. obs: 12284 / % possible obs: 90.5 % / Observed criterion σ(I): 4 / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 67.94 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.062 / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル解像度: 2.191→2.27 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.381 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique obs: 614 / CC1/2: 0.946 / Rpim(I) all: 0.174 / Rrim(I) all: 0.42 / % possible all: 87.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
autoPROCデータスケーリング
SHELXDE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.2→34.987 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 28.51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2667 627 5.13 %
Rwork0.2283 --
obs0.2303 12226 79.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 32.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→34.987 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1498 0 0 98 1596
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081508
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9132043
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.139556
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.032243
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004278
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2001-2.42140.3139890.251641X-RAY DIFFRACTION46
2.4214-2.77170.30891410.25552715X-RAY DIFFRACTION75

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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