PDB-2xzr: Escherichia coli Immunoglobulin-binding protein EibD 391-438 FUSE...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2xzr

タイトル

Escherichia coli Immunoglobulin-binding protein EibD 391-438 FUSED TO GCN4 ADAPTORS

要素

IMMUNOGLOBULIN-BINDING PROTEIN EIBD

キーワード

CELL ADHESION / TRIMERIC AUTOTRANSPORTER ADHESIN / TAA / PROTEIN EXPORT

機能・相同性

機能・相同性情報

protein secretion by the type V secretion system / cell outer membrane / cell surface / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

ENTEROBACTERIA PHAGE P-EIBD (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Hartmann, M.D. / Hernandez Alvarez, B. / Ridderbusch, O. / Deiss, S. / Lupas, A.N.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2011
タイトル: The Structure of E. Coli Igg-Binding Protein D Suggests a General Model for Bending and Binding in Trimeric Autotransporter Adhesins.
著者: Leo, J.C. / Lyskowski, A. / Hattula, K. / Hartmann, M.D. / Schwarz, H. / Butcher, S.J. / Linke, D. / Lupas, A.N. / Goldman, A.

履歴

登録	2010年11月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年7月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2xzr.cif.gz	58.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2xzr.ent.gz	44.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2xzr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xz/2xzr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xz/2xzr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2xqhC 2wpqS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6uui-d 6f62-d 3uf1-2 5cti-d 5ctd-d 5apz-1 2e7s-6 2a2t-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: IMMUNOGLOBULIN-BINDING PROTEIN EIBD

ヘテロ分子

13.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: IMMUNOGLOBULIN-BINDING PROTEIN EIBD

ヘテロ分子

A: IMMUNOGLOBULIN-BINDING PROTEIN EIBD

ヘテロ分子

A: IMMUNOGLOBULIN-BINDING PROTEIN EIBD

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
41.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	36.670, 36.670, 228.580
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	150
Space group name H-M	P321

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1001- CL
2	1	A-1002- CL
3	1	A-1003- CL
4	1	A-1004- CL
5	1	A-2005- HOH

#1: タンパク質	IMMUNOGLOBULIN-BINDING PROTEIN EIBD 分子量: 13552.596 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 391-438 / 由来タイプ: 組換発現詳細: N- AND C-TERMINAL IN-REGISTER FUSION TO GCN4 ADAPTORS 由来: (組換発現) ENTEROBACTERIA PHAGE P-EIBD (ファージ) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9MCI8
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	MKQIEDKIEEILSKIYHIENEIARIKKLI IS AN N-TERMINAL TAG BASED ON THE SEQUENCE OF A GCN4 ADAPTOR DOMAIN. ...MKQIEDKIEEILSKIYHIENEIARIKKLI IS AN N-TERMINAL TAG BASED ON THE SEQUENCE OF A GCN4 ADAPTOR DOMAIN. QIEDKIEEILSKIYHIENEIARIKKLIKL IS A C-TERMINAL TAG BASED ON THE SEQUENCE OF A GCN4 ADAPTOR DOMAIN. THERE IS AN ADDITIONAL ENGINEED HEXAHISTIDINE C-TERMINAL TAG.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 64 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.5 詳細: 20% (V/V) 2-PROPANOL, 200 MM SODIUM CITRATE, 100 MM HEPES PH 7.5.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→38.1 Å / Num. obs: 4931 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.81 % / B_iso Wilson estimate: 49.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 9.77
反射シェル	解像度: 2.8→2.97 Å / 冗長度: 2.92 % / R_merge(I) obs: 0.25 / Mean I/σ(I) obs: 4.09 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2WPQ

2wpq

解像度: 2.8→38.1 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.937 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.913 / SU B: 36.008 / SU ML: 0.308 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.765 / ESU R Free: 0.402 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.30775	541	11 %	RANDOM
R_work	0.25967	-	-	-
obs	0.26509	4374	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.006 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	6.51 Å²	3.26 Å²	0 Å²
2-	-	6.51 Å²	0 Å²
3-	-	-	-9.77 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→38.1 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	869	0	4	6	879

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	875
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	605
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.06	1.952	1172
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.791	3	1492
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	2.905	5	107
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.714	25.682	44
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	22.194	15	187
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.557	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.051	0.2	138
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	949
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	149
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.751	1.5	537
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.091	1.5	217
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.489	2	870
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.969	3	338
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.608	4.5	302
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.872 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.318	37	-
R_work	0.312	304	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	43.3434	-5.6304	6.8335	15.9842	-13.6053	58.6296	-0.2691	2.3824	2.1038	-1.26	-0.8426	-0.4455	-1.9441	1.1971	1.1118	0.5732	0.029	-0.0172	0.4106	0.0606	0.3917	24.666	-7.357	-7.669
2	17.9558	-14.046	5.3	11.0695	-5.9284	40.3969	-0.1501	0.0575	0.6791	0.1627	-0.1176	-0.5358	-0.2359	2.6033	0.2677	0.1947	-0.0988	-0.0421	0.3185	-0.0042	0.3044	24.837	-11.5	5.762
3	9.4119	-9.0231	4.1721	9.0245	-0.8346	40.5251	-0.5516	0.3858	-0.1925	0.7368	-0.0373	-0.0046	0.7842	2.9743	0.5889	0.221	0.0963	-0.109	0.4131	-0.0806	0.5375	23.633	-14.392	19.755
4	12.187	-1.2867	-2.0814	3.6937	-12.5022	45.9213	-1.274	0.5554	-0.7952	-0.1201	-0.7539	-0.4734	1.2055	1.8659	2.0278	0.661	0.0421	0.0701	0.6115	-0.0169	0.2114	21.058	-15.894	35.413
5	0.8827	-0.3292	-6.7826	15.4305	-1.8291	53.9161	-0.2788	0.0069	-0.0593	-1.2316	-0.3634	0.4878	3.2508	-0.439	0.6421	0.5112	-0.0627	-0.0434	0.6354	-0.1102	0.2974	16.761	-16.366	49.183
6	6.1669	2.3301	1.4265	1.0332	-2.1521	63.9326	-0.8979	-0.183	0.1545	-0.3989	-0.0287	0.1495	1.9274	-2.7274	0.9265	0.4053	-0.0894	-0.0314	0.4161	-0.0345	0.5117	13.456	-14.099	65.128
7	12.1727	10.1711	19.0311	12.6484	12.8092	32.0608	0.2419	-1.5178	0.4554	-0.7092	-0.9979	0.1737	1.2625	-2.6691	0.7561	0.2878	-0.0927	-0.0175	0.5243	-0.0018	0.2453	12.089	-11.442	79.322
8	9.0382	-8.1694	-1.7821	10.3943	14.6151	56.5517	-0.4021	0.1544	-0.0685	-0.1085	-0.6389	0.3024	-1.7271	-1.8417	1.041	0.2836	-0.0258	-0.1011	0.3045	-0.0333	0.4154	12.212	-7.389	93.89
9	7.0522	-3.8232	8.9127	7.1899	7.5396	41.2027	-0.1949	-0.2195	-0.3154	-0.111	-0.2709	0.5487	-0.8984	-1.2864	0.4659	0.3465	-0.0214	0.0099	0.2026	0.095	0.3607	14.1	-5.818	108.272
10	5.9379	-1.7038	13.6927	14.0316	7.1797	40.7094	-0.4958	-0.0861	0.1451	-0.4237	-0.4754	0.7873	-1.6506	-0.6668	0.9712	0.2347	0.0364	-0.0167	0.1388	0.021	0.4285	16.923	-4.405	122.756
11	24.0852	5.8216	6.9702	19.3559	2.7615	31.7277	0.123	-1.1518	-0.0007	1.1543	-0.2037	-0.3298	-2.0825	-0.3461	0.0808	0.33	0.0356	-0.0214	0.2066	-0.0179	0.2888	19.643	-3.651	136.513

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	360 - 371
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	372 - 381
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	382 - 391
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	392 - 401
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	402 - 411
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	412 - 421
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	422 - 431
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	432 - 441
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	442 - 451
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	452 - 461
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	462 - 471

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)