PDB-5apz: Thermosinus carboxydivorans Nor1 Tcar0761 residues 68-101 and 191...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5apz

タイトル

Thermosinus carboxydivorans Nor1 Tcar0761 residues 68-101 and 191-211 fused to GCN4 adaptors

要素

GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4, NOR1 TCAR0761, GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / ALPHA/BETA COILED COIL / BETA LAYER / TRIMER

機能・相同性

機能・相同性情報

FCERI mediated MAPK activation / protein localization to nuclear periphery / Activation of the AP-1 family of transcription factors / response to amino acid starvation / negative regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / positive regulation of cellular response to amino acid starvation / mediator complex binding / Oxidative Stress Induced Senescence / TFIID-class transcription factor complex binding / positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly ...
類似検索 - 分子機能

生物種

SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)

THERMOSINUS CARBOXYDIVORANS NOR1 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Hartmann, M.D. / Deiss, S. / Lupas, A.N. / Hernandez Alvarez, B.

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2016
タイトル: alpha / beta coiled coils.
著者: Hartmann, M.D. / Mendler, C.T. / Bassler, J. / Karamichali, I. / Ridderbusch, O. / Lupas, A.N. / Hernandez Alvarez, B.

履歴

登録	2015年9月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年1月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年3月15日	Group: Database references / Source and taxonomy
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5apz.cif.gz	59.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5apz.ent.gz	45.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5apz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5apz_validation.pdf.gz	415.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5apz_full_validation.pdf.gz	415.2 KB	表示
XML形式データ	5apz_validation.xml.gz	7.4 KB	表示
CIF形式データ	5apz_validation.cif.gz	9.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ap/5apz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ap/5apz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5appC 5apqC 5apsC 5aptC 5apuC 5apvC 5apwC 5apxC 5apyC 2wpqS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4zxq-2 4zxq-1 2e7s-1 3uf1-2 2xzr-1 4xa3-d 6uui-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (9) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (4)

登録構造単位

A: GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4, NOR1 TCAR0761, GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4

13.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4, NOR1 TCAR0761, GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
41.8 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	37.920, 37.920, 179.150
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

#1: タンパク質	GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4, NOR1 TCAR0761, GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4 分子量: 13925.276 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 250-279,68-101,191-211,250-279 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母), (組換発現) THERMOSINUS CARBOXYDIVORANS NOR1 (バクテリア) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P03069, UniProt: A1HT30
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4, NOR1 TCAR0761, GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4

分子量: 13925.276 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 250-279,68-101,191-211,250-279 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母), (組換発現)

THERMOSINUS CARBOXYDIVORANS NOR1 (バクテリア)
発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P03069, UniProt: A1HT30

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 55 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 0.1 M TRI-SODIUM CITRATE PH 4.0, 30 %(V/V) MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年8月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→32.3 Å / Num. obs: 19111 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.69 % / R_merge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 20.3
反射シェル	解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 3.65 % / R_merge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 2.23 / % possible all: 96.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0049	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2WPQ

2wpq

解像度: 1.6→30.83 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.965 / SU B: 4.204 / SU ML: 0.068 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.077 / ESU R Free: 0.082 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21312	993	5.2 %	RANDOM
R_work	0.17694	-	-	-
obs	0.17872	18113	99.23 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.659 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.05 Å²	0.53 Å²	0 Å²
2-	-	1.05 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.42 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→30.83 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	888	0	0	104	992

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.019	916
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	950
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.918	1.996	1232
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.879	3	2202
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.737	5	118
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.39	27.179	39
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.987	15	207
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	7.829	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.107	0.2	149
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	1002
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	169
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.274	2.674	455
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.265	2.671	454
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.88	4.002	569
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.669	3.375	461
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.598→1.64 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.285	68	-
R_work	0.317	1293	-
obs	-	-	94.51 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.609	0.0026	-1.3584	4.5232	-1.313	1.2246	0.1131	-0.1854	0.1357	0.2739	-0.0617	0.0431	-0.1676	0.0152	-0.0514	0.1325	-0.0153	0.0131	0.1259	-0.0206	0.0922	-6.3276	24.1842	127.7372
2	0.3758	0.5154	-0.182	1.9441	-0.7172	12.1282	-0.019	-0.011	0.1214	0.1562	-0.0208	0.2037	-0.1316	-0.0304	0.0398	0.0672	-0.0132	-0.0083	0.0942	-0.0085	0.063	-5.7396	20.5594	119.41
3	0.464	-0.4041	-1.3246	0.8085	-0.1938	10.0287	0.0114	-0.0309	0.0333	-0.0101	-0.0102	-0.027	0.0625	0.0442	-0.0012	0.0193	-0.0155	-0.0052	0.0354	0.0077	0.0388	-3.3336	16.4057	101.2718
4	0.7041	-0.1425	-0.2257	0.5915	1.079	7.2909	-0.0302	-0.11	-0.078	0.0845	-0.0809	-0.0649	0.3036	-0.2836	0.111	0.0326	-0.0182	0.0006	0.0407	0.0207	0.0308	0.5931	21.413	59.1197
5	0.1839	0.2892	-1.4389	0.6665	-2.0804	11.7491	0.0018	0.0036	0.015	0.0184	-0.0055	0.04	-0.0259	-0.0812	0.0037	0.0177	0.0095	0.0007	0.0248	-0.0057	0.0438	3.7073	17.7979	5.9464
6	2.7152	0.3919	-1.2783	4.5636	1.8406	10.0161	-0.0135	0.0938	0.0143	-0.0658	0.0299	-0.1442	-0.028	0.1415	-0.0164	0.0013	-0.0032	0.0002	0.0251	0.0148	0.0156	5.2534	24.4924	-22.7728
7	8.7923	-4.7448	10.39	7.2477	-5.7386	12.6347	0.1356	0.5741	0.3649	-0.8	-0.4924	0.1339	0.2221	0.4864	0.3567	0.1542	0.0373	-0.0309	0.1682	0.0595	0.0626	2.4788	26.8956	-31.8061

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-10 - 7
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	8 - 14
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	15 - 32
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	33 - 69
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	70 - 100
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	101 - 108
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	109 - 999

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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