PDB-5apq: Sequence IENKAD inserted between GCN4 adaptors - Structure A6

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5apq

タイトル

Sequence IENKAD inserted between GCN4 adaptors - Structure A6

要素

GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / ALPHA/BETA COILED COIL / BETA LAYER / TRIMER

機能・相同性

機能・相同性情報

FCERI mediated MAPK activation / protein localization to nuclear periphery / Activation of the AP-1 family of transcription factors / response to amino acid starvation / negative regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / positive regulation of cellular response to amino acid starvation / mediator complex binding / Oxidative Stress Induced Senescence / TFIID-class transcription factor complex binding / amino acid biosynthetic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Hartmann, M.D. / Mendler, C.T. / Lupas, A.N. / Hernandez Alvarez, B.

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2016
タイトル: alpha / beta coiled coils.
著者: Hartmann, M.D. / Mendler, C.T. / Bassler, J. / Karamichali, I. / Ridderbusch, O. / Lupas, A.N. / Hernandez Alvarez, B.

履歴

登録	2015年9月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年1月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年3月22日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5apq.cif.gz	88.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5apq.ent.gz	68.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5apq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ap/5apq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ap/5apq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5appC 5apsC 5aptC 5apuC 5apvC 5apwC 5apxC 5apyC 5apzC 2wpqS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3h7z-1 5apy-d 6r2f-2 3m06-1 5wj8-d 5aps-1 5apx-d 3m06-2 6htl-1 2xdj-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (9) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (4)

登録構造単位

A: GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4

B: GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4

C: GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4

33.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.370, 34.810, 104.160
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 101.09, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 3 - 63 / Label seq-ID: 29 - 89

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B
3	C	C

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1), (1), (1)
2	given	(-0.491022, 0.87113, 0.005498), (-0.871135, -0.491038, 0.002196), (0.004613, -0.003711, 0.999982)	-14.89676, -8.69944, 0.03639
3	given	(-0.502919, -0.86432, 0.004741), (0.864333, -0.502917, 0.001675), (0.000936, 0.00494, 0.999987)	-15.08488, 8.76671, 0.01717

#1: タンパク質	GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4 / AMINO ACID BIOSYNTHESIS REGULATORY PROTEIN 分子量: 11078.732 Da / 分子数: 3 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P03069
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 47 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 95 MM TRI-SODIUM CITRATE PH 5.6, 19 %(V/V) ISOPROPANOL, 19 %(W/V) PEG 4000, 5 %(V/V) GLYCEROL

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X10SA / 波長: 1

検出器

タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月6日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.422
1	1	1/2H-3/2K, -1/2H-1/2K, -1/2H+1/2K-L	2	0.31
1	1	1/2H+3/2K, 1/2H-1/2K, -1/2H-1/2K-L	3	0.269

反射

解像度: 2.1→30 Å / Num. obs: 12389 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.71 % / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 15.5

反射シェル

解像度: 2.1→2.23 Å / 冗長度: 3.71 % / R_merge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 2.28 / % possible all: 96.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0049	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2WPQ

2wpq

解像度: 2.1→30.04 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.924 / SU B: 9.491 / SU ML: 0.126 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.049 / ESU R Free: 0.041 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25143	634	5.1 %	RANDOM
R_work	0.20773	-	-	-
obs	0.20996	11754	97.17 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 56.214 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	32.37 Å²	0 Å²	-0.34 Å²
2-	-	8.56 Å²	0 Å²
3-	-	-	-40.94 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→30.04 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1467	0	0	46	1513

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.019	1476
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1495
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.809	2.011	1980
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.673	3	3454
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.415	5	180
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.707	27.391	69
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.944	15	318
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	9.933	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.043	0.2	240
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	1599
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	264
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.509	13.405	729
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.5	13.391	728
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.07	22.537	906
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	10.296	19.11	747
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 958 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: tight thermal / Weight position: 0.5

Dom-ID	Auth asym-ID	Rms dev position (Å)
1	A	5.93
1	A	6.15
1	A	5.61
2	B	5.93
2	B	6.15
2	B	5.61
3	C	5.93
3	C	6.15
3	C	5.61

LS精密化シェル

解像度: 2.098→2.152 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.319	28	-
R_work	0.23	832	-
obs	-	-	92.18 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	17.1474	-4.1871	8.8389	1.2633	-3.4321	11.3001	-0.1757	0.2514	0.3166	0.0072	0.0323	-0.0766	0.0816	-0.3907	0.1434	0.2339	0.0161	-0.0146	0.1609	-0.0039	0.1831	-13.306	-6.1205	-60.7469
2	4.6097	1.3528	-0.2953	1.7953	2.0054	12.4894	-0.2004	0.2434	-0.2932	0.1263	-0.1701	0.0777	0.4318	-0.0451	0.3705	0.2318	-0.0029	-0.0087	0.0764	-0.022	0.2106	-15.604	-1.72	-40.767
3	6.9599	5.0007	-0.14	5.9954	5.2217	11.8243	-0.0413	-0.0884	-0.0575	-0.0508	-0.193	0.0546	-0.0704	-0.3401	0.2343	0.2774	0.0914	-0.0216	0.0971	-0.0641	0.3467	-11.468	3.8838	-18.652
4	3.5064	-0.3456	3.4469	0.3161	-1.8361	11.6315	0.0232	-0.2462	-0.022	0.1055	0.0128	-0.0006	-0.3199	-0.1531	-0.036	0.2291	0.014	0.0091	0.0219	-0.0149	0.1527	-5.2255	3.0461	6.5041
5	3.5477	-5.0061	-5.3161	7.1447	6.9368	11.9988	0.0184	0.0625	-0.0498	-0.0325	-0.1088	0.0556	0.0853	0.1212	0.0904	0.2047	-0.0322	-0.0207	0.3148	-0.0041	0.1837	-3.2539	0.3299	-60.7693
6	1.9487	0.1618	-0.9134	0.9089	-1.7458	8.4025	-0.0038	0.097	-0.018	0.0331	-0.0784	-0.0488	-0.1237	0.0955	0.0821	0.1558	0.0143	0.0028	0.0193	-0.0215	0.1652	-5.9212	-3.8866	-40.7848
7	6.5357	-3.2239	-4.3601	1.7296	1.3761	7.2572	-0.0949	0.1493	0.1298	0.0219	-0.0417	-0.1049	0.281	-0.3017	0.1366	0.1938	-0.0176	0.0045	0.0799	-0.0158	0.2489	-13.6245	-2.8433	-18.1818
8	1.5066	0.2211	0.4592	0.6123	1.8235	11.9398	-0.065	-0.1654	-0.0101	0.0445	-0.0388	-0.023	0.0744	-0.198	0.1037	0.1566	0.0076	0.0037	0.0204	0.0034	0.1357	-14.9528	2.7896	6.9097
9	2.7571	1.6529	-5.6647	6.5264	-3.2914	11.6466	0.2174	-0.0156	-0.0381	0.0233	-0.2647	-0.2971	-0.4561	0.0436	0.0473	0.1711	0.0005	-0.0166	0.3245	0.0159	0.167	-13.8194	5.7175	-60.7969
10	2.1365	-0.2397	2.6286	0.8175	0.022	8.9068	-0.035	-0.0406	0.0701	-0.0108	-0.0025	0.0876	0.099	-0.337	0.0375	0.1605	-0.0082	0.0004	0.0191	0.0057	0.149	-8.951	5.4272	-40.9762
11	0.3347	-0.5046	1.3258	4.7643	-2.1009	5.2812	-0.0098	0.0662	0.0247	0.0797	-0.1032	-0.1513	-0.094	0.2894	0.113	0.1384	-0.0082	0.0172	0.1706	0.0052	0.25	-5.7425	-1.5966	-18.254
12	1.5115	0.0286	-1.011	0.4676	-0.23	10.2649	0.0275	-0.1535	0.0418	0.0369	-0.0085	-0.0133	-0.0614	0.3023	-0.019	0.1659	-0.0064	-0.0097	0.0198	-0.0036	0.1618	-9.665	-5.4065	6.0189

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-6 - 7
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	8 - 29
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	30 - 37
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	38 - 80
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	-6 - 7
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	8 - 29
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	30 - 37
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	38 - 80
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	-6 - 7
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	8 - 29
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	30 - 37
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	38 - 80

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)