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- PDB-6r2f: Crystal structure of TEX12 F102A F109E V116A in an alternative co... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6r2f | |||||||||
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Title | Crystal structure of TEX12 F102A F109E V116A in an alternative conformation | |||||||||
![]() | Testis-expressed protein 12 | |||||||||
![]() | STRUCTURAL PROTEIN / Synaptonemal complex / meiosis / recombination / coiled-coil / self-assembly / TEX12 | |||||||||
Function / homology | Testis-expressed sequence 12 protein / Testis-expressed 12 / meiotic DNA repair synthesis / central element / synaptonemal complex assembly / Meiotic synapsis / chromosome / Testis-expressed protein 12![]() | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Dunce, J.M. / Davies, O.R. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Meiotic synaptonemal complex extension through fibrous assembly of SYCE2-TEX12 Authors: Dunce, J.M. / Salmon, L.J. / Davies, O.R. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 121.5 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 96.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 8981.099 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-MPD / ( #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.78 Å3/Da / Density % sol: 55.69 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 0.2 M lithum nitrate, 40 % MPD |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Jan 25, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9786 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.29→40.41 Å / Num. obs: 18314 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.134 / Rpim(I) all: 0.053 / Rrim(I) all: 0.144 / Net I/σ(I): 8.7 |
Reflection shell | Resolution: 2.29→2.37 Å / Rmerge(I) obs: 1.419 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 1770 / Rpim(I) all: 0.552 / Rrim(I) all: 1.525 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: Ab initio models Resolution: 2.29→40.41 Å / SU ML: 0.33 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / Phase error: 31.02
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.6 Å / VDW probe radii: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.29→40.41 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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