PDB-5apv: Sequence IANKEDKAD inserted between GCN4 adaptors - Structure A9b grey

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5apv

タイトル

Sequence IANKEDKAD inserted between GCN4 adaptors - Structure A9b grey

要素

GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / ALPHA/BETA COILED COIL / BETA LAYER / TRIMER

機能・相同性

機能・相同性情報

FCERI mediated MAPK activation / protein localization to nuclear periphery / Activation of the AP-1 family of transcription factors / response to amino acid starvation / negative regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / positive regulation of cellular response to amino acid starvation / mediator complex binding / Oxidative Stress Induced Senescence / TFIID-class transcription factor complex binding / amino acid biosynthetic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Hartmann, M.D. / Mendler, C.T. / Lupas, A.N. / Hernandez Alvarez, B.

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2016
タイトル: alpha / beta coiled coils.
著者: Hartmann, M.D. / Mendler, C.T. / Bassler, J. / Karamichali, I. / Ridderbusch, O. / Lupas, A.N. / Hernandez Alvarez, B.

履歴

登録	2015年9月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年1月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年3月22日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5apv.cif.gz	185.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5apv.ent.gz	151 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5apv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ap/5apv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ap/5apv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5appC 5apqC 5apsC 5aptC 5apuC 5apwC 5apxC 5apyC 5apzC 2wpqS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2wcp-d 4uy3-d 6bwn-d 2wd0-2 6y1y-d 2d1b-d 3pdy-2 5mwe-d 364d-d 2wd0-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (9) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (4)

登録構造単位

A: GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4

B: GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4

C: GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4

D: GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4

E: GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4

F: GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4

68.4 kDa, 6 ポリマー
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1

D: GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4

E: GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4

F: GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
34.2 kDa, 3 ポリマー
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2

A: GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4

B: GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4

C: GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
34.2 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	71.090, 34.990, 106.190
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 101.71, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	D
1	2	B
2	2	E
1	3	C
2	3	F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 5

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	HIS	HIS	ARG	ARG	A	A	0 - 69	26 - 95
2	1	HIS	HIS	GLY	GLY	D	D	0 - 67	26 - 93
1	2	MET	MET	GLY	GLY	B	B	1 - 67	27 - 93
2	2	MET	MET	GLY	GLY	E	E	1 - 67	27 - 93
1	3	MET	MET	ARG	ARG	C	C	1 - 69	27 - 95
2	3	MET	MET	GLY	GLY	F	F	1 - 67	27 - 93

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1), (1), (1)
2	given	(-0.999866, 0.012769, -0.010239), (0.012558, 0.999713, 0.02042), (0.010497, 0.020289, -0.999739)	14.45858, 1.41261, 103.93977

#1: タンパク質	GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4 / AMINO ACID BIOSYNTHESIS REGULATORY PROTEIN / ARTIFICIAL CONSTRUCT 分子量: 11394.077 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP RESIDUES 250-277,250-281 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P03069
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 270 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 54 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 0.2 M SODIUM CITRATE, 0.1 M BIS TRIS PROPANE PH 6.5, 20%(W/V) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年4月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→38.1 Å / Num. obs: 32657 / % possible obs: 92.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.29 % / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 13.9
反射シェル	解像度: 2→2.12 Å / 冗長度: 3.31 % / R_merge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 2.43 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0049	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2WPQ

2wpq

解像度: 2→38.11 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / SU B: 10.542 / SU ML: 0.145 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.2 / ESU R Free: 0.18 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25271	1631	5 %	RANDOM
R_work	0.20646	-	-	-
obs	0.20884	31012	92.45 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.939 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.67 Å²	0 Å²	-2.33 Å²
2-	-	1.39 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.85 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→38.11 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3312	0	0	270	3582

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.019	3342
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3464
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.963	2.014	4460
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.674	3	8015
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.704	5	404
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.116	26.667	156
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.664	15	759
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.358	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.048	0.2	523
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	3603
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	614
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.11	10.109	1631
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.11	10.103	1630
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.944	16.897	2030
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	7.209	13.447	1711
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	401	medium positional	0.17	0.5
2	1	B	394	medium positional	0.22	0.5
3	1	C	400	medium positional	0.2	0.5
1	1	A	700	loose positional	0.35	5
2	1	B	686	loose positional	0.31	5
3	1	C	692	loose positional	0.48	5
1	2	D	401	medium thermal	3.41	2
2	2	E	394	medium thermal	2.07	2
3	2	F	400	medium thermal	3.14	2
1	2	D	700	loose thermal	4.91	10
2	2	E	686	loose thermal	3.7	10
3	2	F	692	loose thermal	4.98	10

LS精密化シェル

解像度: 2.001→2.053 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.321	129	-
R_work	0.31	2445	-
obs	-	-	98.55 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.1455	-1.1463	-0.2224	3.4024	3.6211	4.0537	0.0898	0.3459	-0.0881	-0.1109	-0.2189	0.1549	-0.056	-0.2311	0.129	0.1595	-0.0383	-0.0659	0.1348	0.0208	0.2058	-17.542	0.5978	42.6711
2	4.632	0.5389	5.6134	1.0471	0.5586	9.9167	-0.0097	-0.1711	-0.0289	0.1452	-0.0462	0.0397	0.0458	-0.1759	0.0559	0.053	0.0202	0.0157	0.027	0.0183	0.0954	-6.0828	5.9662	61.2945
3	3.6808	-0.6449	2.2865	8.6888	-2.5969	11.8957	-0.0728	-0.1517	0.5496	-0.0257	-0.1112	0.2342	-0.1643	-0.1703	0.184	0.0697	-0.0205	-0.017	0.1079	0.0178	0.1165	5.0292	5.9811	78.723
4	3.4055	-0.4902	7.6941	0.3772	-1.7853	18.9241	-0.0579	0.0705	0.1582	-0.0347	-0.1057	0.0542	0.0276	0.3102	0.1636	0.1743	-0.0279	0.0146	0.1489	0.0422	0.1429	16.7056	-0.0918	85.4768
5	1.7251	0.7055	-3.0523	2.1653	-2.6659	12.3836	0.0459	0.0096	0.0669	0.0357	0.0603	-0.0719	-0.2178	0.1938	-0.1063	0.0073	-0.0025	-0.0116	0.0139	-0.0138	0.0651	14.1614	-2.8061	105.9766
6	2.3988	1.6219	-3.4388	4.25	1.8131	11.5092	-0.0413	-0.2337	-0.1024	0.0989	0.0017	-0.0149	0.1794	0.0869	0.0396	0.1256	0.0483	-0.0068	0.2182	0.0677	0.1307	7.9574	-6.755	125.4026
7	5.5978	-0.0511	0.9658	3.5831	-0.599	8.0767	0.0038	0.8204	0.2489	-0.4587	-0.1582	0.1127	0.0736	-0.0138	0.1544	0.1264	0.0049	0.0142	0.1344	0.017	0.1295	-7.5871	-2.6086	37.62
8	2.2432	-0.033	3.4975	0.8741	0.3027	14.5834	0.0515	-0.021	-0.0586	0.0904	0.006	-0.0713	0.1049	0.1245	-0.0574	0.0361	-0.0049	0.0001	0.0041	0.0048	0.0955	-3.2093	-3.46	59.6397
9	8.2271	-1.0097	1.5154	1.1734	-0.8987	0.765	0.0194	0.4265	-0.0667	0.0011	-0.0433	-0.032	0.0091	0.0652	0.0239	0.1394	-0.0311	-0.0297	0.1252	-0.0013	0.0987	3.614	-2.0496	78.9135
10	2.4373	0.7557	1.4028	4.2532	-2.3074	19.8318	0.0465	0.1929	0.2023	-0.2706	-0.056	0.0646	-0.3051	-0.37	0.0096	0.0604	0.0188	-0.0138	0.0486	0.0053	0.1115	4.3577	6.3771	86.9195
11	1.0623	0.4773	3.1573	0.786	1.5599	17.2324	0.0845	-0.0483	0.0467	-0.0141	0.0346	0.0825	0.0683	-0.2746	-0.1191	0.0224	-0.0058	0.0209	0.0104	0.0089	0.0572	8.4369	5.0932	105.5333
12	6.2365	-0.8606	-0.7745	2.6699	-2.1792	7.9553	-0.1435	-0.3899	-0.0503	0.1614	-0.0963	-0.158	0.0315	-0.0252	0.2397	0.1179	-0.0045	0.003	0.1071	0.001	0.0795	11.8512	3.9083	125.0902
13	3.59	0.3219	5.8947	3.8243	-2.738	12.7542	-0.2236	0.0003	0.1028	-0.4505	0.0186	-0.1082	-0.0047	-0.3054	0.205	0.1368	0.0085	-0.0203	0.3206	0.0562	0.1473	-8.6022	7.9745	39.5844
14	3.8011	-1.4726	6.3336	2.0827	-2.3276	11.1959	-0.1135	-0.1115	0.0328	0.0592	0.0612	-0.0767	-0.1846	0.0672	0.0523	0.026	-0.0051	0.0339	0.1238	0.009	0.0992	2.7166	3.8877	57.163
15	5.9964	1.925	-2.9458	13.1281	4.2411	5.8738	0.1449	0.157	0.0886	-0.7349	-0.1287	-1.4272	-0.0498	1.21	-0.0162	0.2108	0.1987	0.1474	0.8288	0.4051	0.3551	10.818	0.63	76.2702
16	4.7743	1.6915	0.879	3.0183	-1.9122	9.0587	0.097	0.2846	-0.2585	-0.0304	-0.0802	0.1986	0.3857	-0.1078	-0.0167	0.1288	-0.0066	0.019	0.0655	-0.0259	0.0992	6.616	-6.2352	86.5638
17	1.9928	-0.0049	-2.2733	0.9578	1.7042	9.5501	-0.0256	0.0037	-0.0427	-0.0611	0.0151	0.0458	0.1483	-0.1471	0.0104	0.0328	-0.0084	0.0103	0.0106	0.0183	0.0653	4.4006	-3.3639	105.0253
18	2.9291	0.3033	0.5571	2.0868	3.7363	9.8406	0.1331	-0.1192	0.089	0.2934	0.0172	0.0394	0.0257	0.0186	-0.1504	0.1338	0.0188	0.035	0.1141	0.0036	0.1195	1.1897	2.0543	126.0648
19	6.8008	2.5268	4.5322	9.3623	-3.2839	9.369	0.0034	-0.4903	-0.2874	0.5775	-0.2182	-0.2932	0.0268	0.2488	0.2148	0.2384	0.0812	-0.1012	0.1646	-0.0003	0.2759	31.6265	-2.2245	61.2657
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21	7.048	-0.4097	4.1881	5.0969	6.0923	10.4015	-0.0777	0.2912	0.457	0.0496	-0.0447	-0.1453	0.0114	0.1353	0.1224	0.0896	-0.0139	-0.0221	0.1051	0.0034	0.0814	8.8536	3.9886	25.5167
22	2.1717	-0.3264	4.4717	0.7289	0.9695	13.1749	0.0443	0.0038	0.0152	-0.0206	-0.0974	0.0107	0.0418	-0.2368	0.0531	0.1345	-0.0025	0.0296	0.159	-0.0045	0.153	-2.7702	-1.262	17.8274
23	1.2646	-0.4923	-1.7078	1.7057	1.0394	7.9682	0.0231	0.0381	0.0256	-0.113	0.0097	0.0599	-0.1932	0.0094	-0.0328	0.0587	-0.0229	-0.0107	0.0553	-0.0006	0.0819	0.2488	-4.0466	-2.0535
24	6.128	-0.7565	-1.8866	6.7343	-3.0677	2.4987	-0.149	0.4456	-0.1098	-0.2116	-0.0213	-0.2961	0.359	-0.0309	0.1703	0.238	-0.01	0.0362	0.1754	-0.0526	0.1076	6.5487	-7.8756	-20.4896
25	5.6573	0.184	-7.4725	6.4313	-3.0304	11.7916	0.0509	-0.7412	0.1911	0.7715	-0.0931	0.0573	-0.2894	0.5506	0.0422	0.3452	0.003	0.0606	0.4671	-0.1605	0.2629	21.9323	-5.0807	65.5388
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30	3.4135	-1.956	-3.0144	7.7203	0.3976	9.6788	-0.213	0.2762	-0.3651	-0.689	-0.0579	0.3395	-0.3607	0.237	0.2708	0.2195	-0.0378	0.0347	0.2677	-0.0207	0.0672	2.5857	2.6393	-21.0103
31	6.9337	0.7484	5.0351	2.4264	-3.59	10.9956	0.5648	-0.3059	0.1058	0.2147	-0.4414	0.0901	0.1995	0.561	-0.1234	0.1554	0.0301	-0.0153	0.1769	-0.0592	0.1358	23.4332	5.3314	63.5945
32	4.3721	1.792	5.8753	2.5151	3.2317	11.3198	-0.1254	0.1844	0.027	-0.0072	0.0848	0.0546	-0.1616	0.0883	0.0407	0.0235	0.0122	0.0384	0.0829	0.0115	0.0898	11.1185	1.1552	46.7907
33	2.9972	-3.2171	0.761	6.3642	0.4164	8.8566	0.0331	-0.2009	0.041	0.3488	-0.115	0.4335	0.2736	-0.1463	0.0819	0.1012	-0.0458	0.0414	0.132	-0.0206	0.1065	3.0488	-1.4144	27.6724
34	4.5637	-1.4207	-0.5159	2.1309	0.2669	12.3545	0.0971	-0.1522	-0.2772	0.1252	-0.119	-0.0689	0.4214	0.172	0.0219	0.0872	-0.0133	-0.0154	0.1088	0.0317	0.0907	7.6829	-7.7964	17.223
35	1.9833	0.5951	-2.3341	0.5268	-2.2607	9.9456	-0.037	0.0881	-0.0745	-0.0315	0.002	-0.0202	0.2174	-0.0387	0.0351	0.087	0.0221	0.0044	0.057	-0.0049	0.0797	10.1488	-4.1789	-0.947
36	3.4584	-1.4206	1.4958	2.9534	-2.1727	7.2934	0.0121	0.1264	-0.009	-0.5255	-0.1121	-0.1559	0.1199	0.1822	0.1	0.1339	-0.0334	0.0322	0.1908	0.0173	0.0984	13.6283	1.0782	-20.114

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 7
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	8 - 29
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	30 - 33
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	34 - 40
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	41 - 59
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	60 - 69
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	1 - 7
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	8 - 29
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	30 - 33
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	34 - 40
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	41 - 59
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	60 - 67
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	1 - 7
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	8 - 29
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	30 - 33
16	X-RAY DIFFRACTION	16	C	34 - 40
17	X-RAY DIFFRACTION	17	C	41 - 59
18	X-RAY DIFFRACTION	18	C	60 - 69
19	X-RAY DIFFRACTION	19	D	0 - 7
20	X-RAY DIFFRACTION	20	D	8 - 29
21	X-RAY DIFFRACTION	21	D	30 - 33
22	X-RAY DIFFRACTION	22	D	34 - 40
23	X-RAY DIFFRACTION	23	D	41 - 59
24	X-RAY DIFFRACTION	24	D	60 - 67
25	X-RAY DIFFRACTION	25	E	1 - 7
26	X-RAY DIFFRACTION	26	E	8 - 29
27	X-RAY DIFFRACTION	27	E	30 - 33
28	X-RAY DIFFRACTION	28	E	34 - 40
29	X-RAY DIFFRACTION	29	E	41 - 59
30	X-RAY DIFFRACTION	30	E	60 - 67
31	X-RAY DIFFRACTION	31	F	1 - 7
32	X-RAY DIFFRACTION	32	F	8 - 29
33	X-RAY DIFFRACTION	33	F	30 - 33
34	X-RAY DIFFRACTION	34	F	34 - 40
35	X-RAY DIFFRACTION	35	F	41 - 59
36	X-RAY DIFFRACTION	36	F	60 - 67

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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