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万見
- PDB-5mwe: Complex between the Leucine Zipper (LZ, residues 490-567) and Cen... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mwe
タイトルComplex between the Leucine Zipper (LZ, residues 490-567) and Centrosomin-motif 2 (CM2) domains of Drosophila melanogaster Centrosomin (Cnn)
要素(Centrosomin) x 2
キーワードCELL CYCLE / Centrosome / Centriole / Coiled-coil / Mitosis
機能・相同性
機能・相同性情報


photoreceptor cell morphogenesis / pole cell formation / regulation of Golgi organization / asymmetric cell division / regulation of centriole-centriole cohesion / midgut development / asymmetric neuroblast division / peripheral nervous system development / embryonic cleavage / centrosome cycle ...photoreceptor cell morphogenesis / pole cell formation / regulation of Golgi organization / asymmetric cell division / regulation of centriole-centriole cohesion / midgut development / asymmetric neuroblast division / peripheral nervous system development / embryonic cleavage / centrosome cycle / motile cilium / pericentriolar material / centriole replication / centriole / central nervous system development / mitotic spindle organization / meiotic cell cycle / spindle pole / molecular adaptor activity / ciliary basal body / centrosome / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus
類似検索 - 分子機能
: / Centrosomin, N-terminal motif 1 / Centrosomin N-terminal motif 1
類似検索 - ドメイン・相同性
3,3',3''-phosphanetriyltripropanoic acid / Centrosomin
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.02 Å
データ登録者Feng, Z. / Johnson, S. / Raff, J.W. / Lea, S.M.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Wellcome Trust10457 英国
Wellcome Trust100298 英国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2017
タイトル: Structural Basis for Mitotic Centrosome Assembly in Flies.
著者: Feng, Z. / Caballe, A. / Wainman, A. / Johnson, S. / Haensele, A.F.M. / Cottee, M.A. / Conduit, P.T. / Lea, S.M. / Raff, J.W.
履歴
登録2017年1月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Centrosomin
C: Centrosomin
D: Centrosomin
B: Centrosomin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,0738
ポリマ－34,6344
非ポリマー4404
水46826
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6270 Å2
ΔGint-103 kcal/mol
Surface area11750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)195.990, 36.500, 43.780
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.84, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Centrosomin / Protein arrow


分子量: 8198.428 Da / 分子数: 2 / 断片: CM2 domain, UNP Residues 1082-1148 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Centrosomin CM2 domain residues 1082-1148
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: cnn, Arr, CG4832 / プラスミド: pLip / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: P54623
#2: タンパク質 Centrosomin / Protein arrow


分子量: 9118.447 Da / 分子数: 2 / 断片: LZ domain, UNP residues 490-567 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Centrosomin LZ domain residues 490-567
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: cnn, Arr, CG4832 / プラスミド: pETM44 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: P54623

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非ポリマー , 4種, 30分子

#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-TCE / 3,3',3''-phosphanetriyltripropanoic acid / 3-[bis(2-carboxyethyl)phosphanyl]propanoic acid / トリス(2-カルボキシエチル)ホスフィン


分子量: 250.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H15O6P
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 20% (w/v) PEG 3350, 0.2M potassium/sodium tartrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.02→36.1 Å / Num. obs: 19929 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.031 / Rpim(I) all: 0.02 / Net I/σ(I): 18.2
反射 シェル解像度: 2.02→2.07 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.616 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 1450 / CC1/2: 0.677 / Rpim(I) all: 0.398 / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.02→36.099 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.39
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2689 941 4.72 %
Rwork0.2277 --
obs0.2296 19926 98.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.02→36.099 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1419 0 25 26 1470
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051481
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5681968
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.511954
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.034230
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003251
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.02-2.12650.45781320.3562696X-RAY DIFFRACTION99
2.1265-2.25970.32631510.28072651X-RAY DIFFRACTION99
2.2597-2.43410.26891330.24652716X-RAY DIFFRACTION99
2.4341-2.6790.25131190.24132707X-RAY DIFFRACTION99
2.679-3.06650.29891470.23312688X-RAY DIFFRACTION99
3.0665-3.86280.28951380.22122734X-RAY DIFFRACTION99
3.8628-36.10510.22881210.2092793X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.76886.5583-1.3965.3183-1.38285.7151-0.02870.6991-0.6017-0.2750.2290.04590.5476-0.3258-0.12250.4049-0.0134-0.00441.3075-0.09650.6594-27.5461-0.05259.1218
24.03814.13021.04654.8236-0.80713.14010.42780.7421.72590.18180.0329-0.18380.1951-0.4312-0.44780.43810.064-0.12851.2921-0.18171.0281-0.39655.382911.0638
35.649-2.99895.03329.4160.87256.19090.41531.50311.4399-0.3549-0.7096-0.1308-0.2016-0.04090.20760.45270.04770.00650.59490.15170.5130.61314.757510.1863
47.54361.3142.4923.3384-4.23797.88210.1581-0.99911.38360.36990.32030.1995-0.4489-0.7634-0.22420.50780.0884-0.08191.3506-0.08740.5898-26.24680.79411.2602
59.2338-5.53893.41064.9951-4.33663.8350.7403-0.6406-0.5064-0.0031-0.0673-0.43930.7451-0.9556-0.55180.446-0.0198-0.15851.2233-0.15830.8918-0.503-4.746411.1064
64.35931.6056-1.66226.75554.41936.43940.6635-1.9949-1.15330.7207-0.42340.14360.7013-0.9677-0.23380.5309-0.1129-0.03250.6220.15820.543427.164-4.23525.5469
74.22213.1743-3.73434.5486-5.67088.11740.78710.31840.3936-0.8658-0.1725-0.85270.49921.6636-0.2350.77140.02250.01550.54010.04850.931550.17795.972817.9212
86.1801-3.044-4.56111.8313.0125.12320.1323-0.96840.01490.4454-0.2991-0.91160.16530.0393-0.07240.5558-0.0061-0.12980.32070.02850.819642.22374.378721.2304
96.53044.7789-3.91714.9465-1.05524.78030.3717-0.85592.09380.33180.5790.0757-0.6231-0.2138-0.44460.45960.0289-0.04480.3154-0.09370.666932.81885.213320.3969
104.6994.5622-2.85814.7554-3.14932.4110.6147-1.1621.18420.78860.23310.4618-1.0506-1.3923-0.61230.41390.00520.06160.7123-0.04260.61121.93464.34521.8524
113.55353.4414-3.3115.0434-4.79125.62230.1509-1.46890.35611.0241-0.4209-0.3709-1.33961.29770.49150.7628-0.0105-0.09740.59820.12970.87648.3171-5.17427.6396
127.06162.53374.03847.03246.15236.1397-0.12890.66510.7418-0.19620.0327-2.1046-0.24590.9276-0.19810.5279-0.0249-0.08570.35590.01090.954444.0222-3.762822.0411
136.3734-5.06063.70084.8617-3.39172.65550.7389-0.2594-1.55260.0710.12960.16571.27610.5545-0.45120.50120.0245-0.08340.3784-0.07030.670435.7206-5.278517.4243
143.3857-1.56190.84836.4151-4.9934.03030.3531.2308-0.7551-0.5090.258-0.07951.1884-0.6139-0.60130.4816-0.0113-0.08920.5845-0.04660.48825.0039-3.724611.8492
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 1082:1099)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 1100:1120)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 1121:1140)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain B and resid 1081:1099)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain B and resid 1100:1120)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 1121:1140)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain C and resid 518:523)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain C and resid 524:530)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain C and resid 531:535)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain C and resid 536:544)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain D and resid 518:522)
12X-RAY DIFFRACTION12(chain D and resid 523:528)
13X-RAY DIFFRACTION13(chain D and resid 529:534)
14X-RAY DIFFRACTION14(chain D and resid 535:544)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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