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- PDB-5mw0: Complex between the Leucine Zipper (LZ) and Centrosomin-motif 2 (... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mw0
タイトルComplex between the Leucine Zipper (LZ) and Centrosomin-motif 2 (CM2) domains of Drosophila melanogaster Centrosomin (Cnn) - L535E mutant form
要素(Centrosomin) x 2
キーワードCELL CYCLE / Centrosome / Centriole / Coiled-coil / Mitosis
機能・相同性
機能・相同性情報


photoreceptor cell morphogenesis / pole cell formation / regulation of Golgi organization / asymmetric cell division / regulation of centriole-centriole cohesion / asymmetric neuroblast division / peripheral nervous system development / embryonic cleavage / centrosome cycle / motile cilium ...photoreceptor cell morphogenesis / pole cell formation / regulation of Golgi organization / asymmetric cell division / regulation of centriole-centriole cohesion / asymmetric neuroblast division / peripheral nervous system development / embryonic cleavage / centrosome cycle / motile cilium / midgut development / pericentriolar material / centriole replication / centriole / central nervous system development / mitotic spindle organization / meiotic cell cycle / spindle pole / molecular adaptor activity / ciliary basal body / centrosome / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus
類似検索 - 分子機能
: / Centrosomin, N-terminal motif 1 / Centrosomin N-terminal motif 1
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Feng, Z. / Johnson, S. / Raff, J.W. / Lea, S.M.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Wellcome Trust10457 英国
Wellcome Trust100298 英国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2017
タイトル: Structural Basis for Mitotic Centrosome Assembly in Flies.
著者: Feng, Z. / Caballe, A. / Wainman, A. / Johnson, S. / Haensele, A.F.M. / Cottee, M.A. / Conduit, P.T. / Lea, S.M. / Raff, J.W.
履歴
登録2017年1月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Centrosomin
C: Centrosomin
D: Centrosomin
B: Centrosomin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5955
ポリマ－29,5304
非ポリマー651
水2,558142
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6570 Å2
ΔGint-112 kcal/mol
Surface area15500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.769, 43.930, 68.640
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.28, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Centrosomin / Protein arrow


分子量: 8198.428 Da / 分子数: 2 / 断片: CM2 domain, UNP Residues 1082-1148 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Centrosomin CM2 domain residues 1082-1148
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: cnn, Arr, CG4832 / プラスミド: pLip / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: P54623
#2: タンパク質 Centrosomin / Protein arrow


分子量: 6566.411 Da / 分子数: 2 / 断片: LZ domain, UNP Residues 490-544 / Mutation: L535E / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Centrosomin LZ domain residues 490-544 (L535E mutant)
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: cnn, Arr, CG4832 / プラスミド: pETM44 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: P54623
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.8 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 15%(w/v) PEG4K, 0.2M imidazole malate pH7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.97623 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97623 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→31.19 Å / Num. obs: 17198 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 3 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rpim(I) all: 0.046 / Net I/σ(I): 6.1
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.317 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 1246 / CC1/2: 0.521 / Rpim(I) all: 0.222 / % possible all: 97.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5mvw

5mvw


解像度: 2→31.187 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 32.96
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2641 883 5.16 %
Rwork0.2374 --
obs0.2389 17103 96.47 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→31.187 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1797 0 1 142 1940
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051812
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5742419
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.3781148
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.035284
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003310
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.12530.33581460.29782656X-RAY DIFFRACTION97
2.1253-2.28940.32421240.25382736X-RAY DIFFRACTION96
2.2894-2.51970.27041650.24032658X-RAY DIFFRACTION97
2.5197-2.8840.2791610.23232661X-RAY DIFFRACTION96
2.884-3.63270.23391510.22742733X-RAY DIFFRACTION98
3.6327-31.19040.2561360.23142776X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.29471.69727.50571.4291.55128.95130.2074-0.4401-0.0181-0.0891-0.18270.03270.4235-0.6054-0.03490.36480.03150.00440.3171-0.04050.3705-30.69483.4693-6.6415
23.17190.95192.14363.33171.60625.342-0.1515-0.41211.0460.8949-0.4270.0134-0.9516-0.24740.39470.5334-0.0464-0.01280.3094-0.03720.3802-6.616613.259929.7673
36.5416-1.19236.46340.6123-1.37226.7015-0.15250.370.29690.0067-0.11560.0178-0.16020.55280.29050.32870.03530.02530.3370.00550.3194-27.30356.958-9.9544
45.4455-1.1522.67645.5528-2.21445.6316-0.10850.22610.17660.6644-0.3762-0.6610.21631.14560.10620.24920.04230.01120.28210.01640.35870.0782-2.613323.3318
56.9671-2.03726.70160.9451-1.89376.3701-1.4894-0.30071.57750.2691-0.0603-0.6527-2.5080.51951.26460.9935-0.1808-0.02311.4422-0.08730.900720.904211.423161.0754
67.86552.51786.37384.10032.3466.34210.0463-0.521-0.17190.27510.0070.0735-0.14490.09580.00330.3486-0.00470.06270.41540.04090.2808-2.86073.350634.9527
77.77251.6582.7971.32771.82913.60760.86380.31030.15970.5063-0.86170.50561.7613-0.39520.02470.85170.07820.0621.25240.11520.977724.13970.714760.3388
84.9724-2.95944.45281.7526-2.5216.77210.04990.0879-0.4730.1160.02170.0464-0.59661.26580.07340.3661-0.0642-0.02920.55120.07590.47044.44196.919229.7064
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1079 through 1122 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 1123 through 1140 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 1081 through 1120 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 1121 through 1140 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 496 through 517 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 518 through 544 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'D' and (resid 494 through 517)
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and (resid 518 through 544 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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