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万見
- PDB-6irc: C-terminal domain of Drosophila phospholipase b NORPA, methylated -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6irc
タイトルC-terminal domain of Drosophila phospholipase b NORPA, methylated
要素1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase
キーワードHYDROLASE / phospholipase beta / coiled coil / drosophila
機能・相同性
機能・相同性情報


PLC beta mediated events / Synthesis of IP3 and IP4 in the cytosol / phospholipase C-activating opsin-mediated signaling pathway / G alpha (q) signalling events / inaD signaling complex / negative regulation of compound eye retinal cell programmed cell death / diacylglycerol biosynthetic process / rhabdomere / positive regulation of clathrin-dependent endocytosis / mucosal immune response ...PLC beta mediated events / Synthesis of IP3 and IP4 in the cytosol / phospholipase C-activating opsin-mediated signaling pathway / G alpha (q) signalling events / inaD signaling complex / negative regulation of compound eye retinal cell programmed cell death / diacylglycerol biosynthetic process / rhabdomere / positive regulation of clathrin-dependent endocytosis / mucosal immune response / phosphoinositide phospholipase C / cellular response to light stimulus / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of bitter taste / phosphatidylinositol metabolic process / entrainment of circadian clock / thermotaxis / phospholipid biosynthetic process / phospholipase C activity / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate phospholipase C activity / photoreceptor cell maintenance / phosphatidylinositol-mediated signaling / entrainment of circadian clock by photoperiod / phototransduction / lipid catabolic process / phospholipid metabolic process / release of sequestered calcium ion into cytosol / visual perception / GTPase activator activity / adult locomotory behavior / calcium-mediated signaling / circadian rhythm / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
Phospholipase C Beta; Chain: A / Phospholipase C beta, distal C-terminal domain / : / PLC-beta, PH domain / Phospholipase C-beta, C-terminal domain superfamily / : / PH domain / Phosphoinositide phospholipase C beta1-4-like EF-hand domain / Phosphatidylinositol-4, 5-bisphosphate phosphodiesterase beta / Phosphoinositide phospholipase C family ...Phospholipase C Beta; Chain: A / Phospholipase C beta, distal C-terminal domain / : / PLC-beta, PH domain / Phospholipase C-beta, C-terminal domain superfamily / : / PH domain / Phosphoinositide phospholipase C beta1-4-like EF-hand domain / Phosphatidylinositol-4, 5-bisphosphate phosphodiesterase beta / Phosphoinositide phospholipase C family / Phospholipase C, phosphatidylinositol-specific, Y domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, Y domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase Y-box domain profile. / Phospholipase C, catalytic domain (part); domain Y / Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, X domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, X domain / Phospholipase C, catalytic domain (part); domain X / Phosphatidylinositol-specific phospholipase X-box domain profile. / PLC-like phosphodiesterase, TIM beta/alpha-barrel domain superfamily / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain / C2 domain profile. / C2 domain superfamily / EF-hand domain pair / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.538 Å
データ登録者Ye, F. / Li, J. / Huang, Y. / Liu, W. / Zhang, M.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2018
タイトル: An unexpected INAD PDZ tandem-mediated plc beta binding in Drosophila photo receptors.
著者: Ye, F. / Huang, Y. / Li, J. / Ma, Y. / Xie, C. / Liu, Z. / Deng, X. / Wan, J. / Xue, T. / Liu, W. / Zhang, M.
履歴
登録2018年11月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年1月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年10月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.32025年4月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5341
ポリマ－27,5341
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)119.209, 119.209, 116.059
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase / 1-phosphatidylinositol 4 / 5-bisphosphate phosphodiesterase beta / No receptor potential A protein ...1-phosphatidylinositol 4 / 5-bisphosphate phosphodiesterase beta / No receptor potential A protein / Phosphoinositide phospholipase C / Phosphoinositide phospholipase C-beta


分子量: 27533.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: norpA, PLC-beta, CG3620 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P13217, phosphoinositide phospholipase C
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.63 %
結晶化温度: 289 K / 手法: liquid diffusion / 詳細: 3.8M Sodium Formate, 100mM Bis-tris Propane

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→50 Å / Num. obs: 5961 / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 11.4 % / Biso Wilson estimate: 89.66 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.127 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.133 / Χ2: 2.08 / Net I/σ(I): 8.2 / Num. measured all: 68157
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
3.5-3.5611.40.6123000.7020.2030.6481.70294.9
3.56-3.6311.50.3922750.8730.130.4152.05996.5
3.63-3.6911.10.3243000.8890.1110.3452.01796.2
3.69-3.7711.40.2982910.8810.10.3171.9395.7
3.77-3.8511.80.2412920.9780.0760.2541.79195.7
3.85-3.9411.50.243010.9580.0770.2541.98595.9
3.94-4.0411.90.2382850.9560.0750.2511.95895.6
4.04-4.1511.40.2322910.9690.0740.2451.9995.4
4.15-4.2711.60.1532970.980.0480.1622.06195.5
4.27-4.4111.50.1372950.990.0420.1442.17494.6
4.41-4.5711.60.1472970.990.0440.1542.20894.9
4.57-4.7511.80.1492900.9910.0450.1572.3394.5
4.75-4.9711.80.1263050.9940.0370.1322.21395.3
4.97-5.23120.1312880.9950.0380.1371.96794.4
5.23-5.5511.80.1513030.9930.0440.1581.8494.7
5.55-5.9811.70.1733000.9860.0510.1811.82994
5.98-6.5811.70.1363040.9940.040.1431.90793.8
6.58-7.5311.40.1153050.9960.0350.1212.18593.3
7.53-9.4811.10.063110.9980.0180.0632.44692
9.48-509.20.0513310.9980.0170.0543.14387.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHASER位相決定
精密化解像度: 3.538→30.957 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.16 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2955 319 5.38 %
Rwork0.2442 --
obs0.2467 5933 93.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 208.62 Å2 / Biso mean: 103.7332 Å2 / Biso min: 54.46 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.538→30.957 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1521 0 0 0 1521
残基数----211
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.2201-5.7252-1.59174.6075-1.32056.5778-0.42420.29291.416-1.71920.3417-0.72040.2091-0.8515-0.11980.74680.0177-0.17760.6206-0.25190.941370.3756.42120.98
24.9027-3.40462.31846.5848-3.49324.13090.67570.1482-0.0399-1.5501-0.65960.00320.6439-0.1603-0.12510.82060.01180.02920.6712-0.08540.697885.64229.5488121.9021
39.6051-5.6371-5.42174.07744.41445.0125-0.67370.4394-2.01531.2534-1.8217-1.6666-1.02391.7885-1.23021.24680.2179-0.35271.00310.4481.2479109.20818.9879133.3322
410.0362-6.38033.59088.6472-4.03863.42090.42630.24850.6371-0.9072-0.4065-0.70940.31360.10570.27320.93230.05470.03720.56-0.00151.220392.156537.2628120.9892
54.9752-0.0830.88984.17231.21791.06620.1788-2.2604-1.18390.0730.11291.7253-0.0782-0.2943-0.25150.95760.10110.0640.99260.06641.357344.643277.663115.1854
66.591-5.6289-2.25735.00741.9590.6991-1.2025-2.16943.33050.53490.5392-0.787-0.1589-0.05130.75940.85820.0302-0.4310.9297-0.2521.752341.568692.1602112.8504
78.8972-2.85240.88675.2529-0.71371.02530.25431.1627-1.2521-1.0547-0.51591.07940.59150.03590.3120.84380.0952-0.12370.72050.09450.860776.457663.5849116.346
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 865 through 879 )A865 - 879
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 880 through 912 )A880 - 912
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 913 through 930 )A913 - 930
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 931 through 978 )A931 - 978
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 979 through 1019 )A979 - 1019
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 1020 through 1044 )A1020 - 1044
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 1045 through 1080 )A1045 - 1080

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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