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- PDB-6xrj: Crystal structure of the disulfide linked DH717.1 Fab dimer, deri... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xrj
タイトルCrystal structure of the disulfide linked DH717.1 Fab dimer, derived from a macaque HIV-1 vaccine-induced Env glycan-reactive neutralizing antibody B cell lineage
要素
  • DH717.1 heavy chain Fab fragment
  • DH717.1 light chain Fab fragment
キーワードIMMUNE SYSTEM / Fab-dimerized / glycan-reactive / antibodies / HIV
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Manne, K. / Nicely, N.I. / Acharya, P.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI145687 米国
引用
ジャーナル: Cell / 年: 2021
タイトル: Fab-dimerized glycan-reactive antibodies are a structural category of natural antibodies.
著者: Wilton B Williams / R Ryan Meyerhoff / R J Edwards / Hui Li / Kartik Manne / Nathan I Nicely / Rory Henderson / Ye Zhou / Katarzyna Janowska / Katayoun Mansouri / Sophie Gobeil / Tyler ...著者: Wilton B Williams / R Ryan Meyerhoff / R J Edwards / Hui Li / Kartik Manne / Nathan I Nicely / Rory Henderson / Ye Zhou / Katarzyna Janowska / Katayoun Mansouri / Sophie Gobeil / Tyler Evangelous / Bhavna Hora / Madison Berry / A Yousef Abuahmad / Jordan Sprenz / Margaret Deyton / Victoria Stalls / Megan Kopp / Allen L Hsu / Mario J Borgnia / Guillaume B E Stewart-Jones / Matthew S Lee / Naomi Bronkema / M Anthony Moody / Kevin Wiehe / Todd Bradley / S Munir Alam / Robert J Parks / Andrew Foulger / Thomas Oguin / Gregory D Sempowski / Mattia Bonsignori / Celia C LaBranche / David C Montefiori / Michael Seaman / Sampa Santra / John Perfect / Joseph R Francica / Geoffrey M Lynn / Baptiste Aussedat / William E Walkowicz / Richard Laga / Garnett Kelsoe / Kevin O Saunders / Daniela Fera / Peter D Kwong / Robert A Seder / Alberto Bartesaghi / George M Shaw / Priyamvada Acharya / Barton F Haynes /
要旨: Natural antibodies (Abs) can target host glycans on the surface of pathogens. We studied the evolution of glycan-reactive B cells of rhesus macaques and humans using glycosylated HIV-1 envelope (Env) ...Natural antibodies (Abs) can target host glycans on the surface of pathogens. We studied the evolution of glycan-reactive B cells of rhesus macaques and humans using glycosylated HIV-1 envelope (Env) as a model antigen. 2G12 is a broadly neutralizing Ab (bnAb) that targets a conserved glycan patch on Env of geographically diverse HIV-1 strains using a unique heavy-chain (V) domain-swapped architecture that results in fragment antigen-binding (Fab) dimerization. Here, we describe HIV-1 Env Fab-dimerized glycan (FDG)-reactive bnAbs without V-swapped domains from simian-human immunodeficiency virus (SHIV)-infected macaques. FDG Abs also recognized cell-surface glycans on diverse pathogens, including yeast and severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) spike. FDG precursors were expanded by glycan-bearing immunogens in macaques and were abundant in HIV-1-naive humans. Moreover, FDG precursors were predominately mutated IgMIgDCD27, thus suggesting that they originated from a pool of antigen-experienced IgM or marginal zone B cells.
#1: ジャーナル: bioRxiv / 年: 2020
タイトル: Fab-dimerized glycan-reactive antibodies neutralize HIV and are prevalent in humans and rhesus macaques
著者: Acharya, P. / Williams, W. / Henderson, R. / Janowska, K. / Manne, K. / Parks, R. / Deyton, M. / Sprenz, J. / Stalls, V. / Kopp, M. / Mansouri, K. / Edwards, R.J. / Meyerhoff, R.R. / Oguin, T. ...著者: Acharya, P. / Williams, W. / Henderson, R. / Janowska, K. / Manne, K. / Parks, R. / Deyton, M. / Sprenz, J. / Stalls, V. / Kopp, M. / Mansouri, K. / Edwards, R.J. / Meyerhoff, R.R. / Oguin, T. / Sempowski, G. / Saunders, K. / Haynes, B.F.
履歴
登録2020年7月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.22021年6月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DH717.1 heavy chain Fab fragment
B: DH717.1 light chain Fab fragment
C: DH717.1 heavy chain Fab fragment
D: DH717.1 light chain Fab fragment
E: DH717.1 heavy chain Fab fragment
F: DH717.1 light chain Fab fragment
H: DH717.1 heavy chain Fab fragment
L: DH717.1 light chain Fab fragment


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)185,3028
ポリマ－185,3028
非ポリマー00
水00
1
A: DH717.1 heavy chain Fab fragment
B: DH717.1 light chain Fab fragment


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,3252
ポリマ－46,3252
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3670 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area19320 Å2
手法PISA
2
C: DH717.1 heavy chain Fab fragment
D: DH717.1 light chain Fab fragment


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,3252
ポリマ－46,3252
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3540 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area20800 Å2
手法PISA
3
E: DH717.1 heavy chain Fab fragment
F: DH717.1 light chain Fab fragment


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,3252
ポリマ－46,3252
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3690 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area20720 Å2
手法PISA
4
H: DH717.1 heavy chain Fab fragment
L: DH717.1 light chain Fab fragment


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,3252
ポリマ－46,3252
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3840 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area20700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)201.587, 201.587, 154.327
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number95
Space group name H-MP4322
Space group name HallP4cw2c
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z+3/4
#3: y,-x,z+1/4
#4: x,-y,-z+1/2
#5: -x,y,-z
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z+1/4
#8: -y,-x,-z+3/4
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41
12
22
32
42

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111GLNGLNSERSERchain 'A'AA1 - 1381 - 138
121GLUGLUILEILEchain 'A'AA144 - 224144 - 224
211GLNGLNSERSER(chain 'C' and (resid 1 through 138 or resid 144 through 224))CC1 - 1381 - 138
221GLUGLUILEILE(chain 'C' and (resid 1 through 138 or resid 144 through 224))CC144 - 224144 - 224
311GLNGLNSERSER(chain 'E' and (resid 1 through 138 or resid 144 through 224))EE1 - 1381 - 138
321GLUGLUILEILE(chain 'E' and (resid 1 through 138 or resid 144 through 224))EE144 - 224144 - 224
411GLNGLNSERSER(chain 'H' and (resid 1 through 138 or resid 144 through 224))HG1 - 1381 - 138
421GLUGLUILEILE(chain 'H' and (resid 1 through 138 or resid 144 through 224))HG144 - 224144 - 224
112ALAALAPROPROchain 'B'BB3 - 2121 - 210
212ALAALAPROPROchain 'D'DD3 - 2121 - 210
312ALAALAPROPROchain 'F'FF3 - 2121 - 210
412ALAALAPROPROchain 'L'LH3 - 2121 - 210

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: 抗体
DH717.1 heavy chain Fab fragment


分子量: 24092.014 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体
DH717.1 light chain Fab fragment


分子量: 22233.449 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.93 %
結晶化温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3.5 / 詳細: 0.1M Citric acid pH3.5, 14% PEG 1000

-
データ収集

回折平均測定温度: 193.15 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.147→41.71 Å / Num. obs: 55412 / % possible obs: 99.72 % / 冗長度: 9 % / Biso Wilson estimate: 82.54 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.166 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル解像度: 3.147→3.26 Å / 冗長度: 9.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 5393 / CC1/2: 0.525 / % possible all: 98.94

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ukn

5ukn


解像度: 3.15→41.71 Å / SU ML: 0.305 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.5962
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2822 1999 3.61 %1999
Rwork0.245 53413 --
obs0.2464 55412 99.79 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 113.53 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.15→41.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12965 0 0 0 12965
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012113260
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.033818086
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.11192077
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01262322
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.66044680
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.15-3.230.34981380.32123683X-RAY DIFFRACTION98.53
3.23-3.310.29961400.29773776X-RAY DIFFRACTION99.95
3.31-3.410.33031410.28023769X-RAY DIFFRACTION100
3.41-3.520.29331420.26593772X-RAY DIFFRACTION99.95
3.52-3.650.30261400.2723767X-RAY DIFFRACTION100
3.65-3.790.29441430.26453790X-RAY DIFFRACTION99.9
3.79-3.960.27351410.25323783X-RAY DIFFRACTION99.7
3.97-4.170.31681420.23273792X-RAY DIFFRACTION99.97
4.17-4.440.25211410.2183789X-RAY DIFFRACTION99.97
4.44-4.780.24741430.20933820X-RAY DIFFRACTION100
4.78-5.260.22441440.22093836X-RAY DIFFRACTION99.92
5.26-6.010.32421450.24033866X-RAY DIFFRACTION100
6.02-7.570.26771450.26483895X-RAY DIFFRACTION99.7
7.57-41.710.29251540.2384075X-RAY DIFFRACTION99.41

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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