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- PDB-6xoz: Structure of human PYCR1 complexed with L-tetrahydro-2-furoic acid -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xoz
タイトルStructure of human PYCR1 complexed with L-tetrahydro-2-furoic acid
要素Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial
キーワードOXIDOREDUCTASE / AMINO-ACID BIOSYNTHESIS / PROLINE BIOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


pyrroline-5-carboxylate reductase / pyrroline-5-carboxylate reductase activity / L-proline biosynthetic process / Glutamate and glutamine metabolism / proline biosynthetic process / negative regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of mitochondrial membrane potential / cellular response to oxidative stress / mitochondrial matrix / mitochondrion / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Delta 1-pyrroline-5-carboxylate reductase signature. / Pyrroline-5-carboxylate reductase / Pyrroline-5-carboxylate reductase, dimerisation domain / Pyrroline-5-carboxylate reductase dimerisation / Pyrroline-5-carboxylate reductase, catalytic, N-terminal / NADP oxidoreductase coenzyme F420-dependent / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
TETRAHYDROFURAN-2-CARBOXYLIC ACID / Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Tanner, J.J. / Christensen, E.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM065546 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: In crystallo screening for proline analog inhibitors of the proline cycle enzyme PYCR1.
著者: Christensen, E.M. / Bogner, A.N. / Vandekeere, A. / Tam, G.S. / Patel, S.M. / Becker, D.F. / Fendt, S.M. / Tanner, J.J.
履歴
登録2020年7月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22021年1月13日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial
B: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial
C: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial
D: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial
E: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)170,83211
ポリマ－170,2165
非ポリマー6166
水5,116284
1
A: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial
B: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial
C: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial
D: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial
E: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial
ヘテロ分子

A: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial
B: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial
C: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial
D: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial
E: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)341,66422
ポリマ－340,43210
非ポリマー1,23212
水18010
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area58100 Å2
ΔGint-545 kcal/mol
Surface area87570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)184.028, 120.170, 87.868
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.920, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial / P5CR 1


分子量: 34043.156 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PYCR1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P32322, pyrroline-5-carboxylate reductase
#2: 化合物
ChemComp-TFB / TETRAHYDROFURAN-2-CARBOXYLIC ACID / (S)-テトラヒドロフラン-2-カルボン酸


分子量: 116.115 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 284 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.44 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Crystallization reservoir contained 3 M NaCl and 0.1 M HEPES at pH 7.5-8.0. Crystal was soaked in cryobuffer containing 50 mM L-tetrahydro-2-furoic acid and 30% glycerol.
PH範囲: 7.5-8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2015年10月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→60.085 Å / Num. obs: 72417 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rpim(I) all: 0.051 / Rrim(I) all: 0.096 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.35-2.43.10.5791092234940.7160.3790.694275.2
11.51-60.083.60.02224356680.9990.0130.02543.597.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.15データスケーリング
PHENIX1.14精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 5UAX

5uax


解像度: 2.35→60.085 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.89 / 位相誤差: 23.9 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2237 3593 4.97 %
Rwork0.1768 68686 -
obs0.1792 72279 96.04 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 136.74 Å2 / Biso mean: 46.4378 Å2 / Biso min: 14.82 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.35→60.085 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9814 0 41 284 10139
Biso mean--42.28 36.72 -
残基数----1373
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.35-2.38090.34970.2445201173
2.3809-2.41360.33551150.2411216579
2.4136-2.4480.28221120.2334240386
2.448-2.48460.27241480.2263256295
2.4846-2.52340.2881480.2188270499
2.5234-2.56480.26241240.2147277599
2.5648-2.6090.26891720.2217267799
2.609-2.65650.29641470.2475269699
2.6565-2.70750.31231380.2402262197
2.7075-2.76280.3011300.2377272999
2.7628-2.82290.24461290.1981272699
2.8229-2.88860.25941450.196269999
2.8886-2.96080.25481320.2015272699
2.9608-3.04080.24651340.2115275699
3.0408-3.13030.26751350.2003271799
3.1303-3.23130.27171190.1975277899
3.2313-3.34680.27051520.1974270899
3.3468-3.48080.27471190.1746256994
3.4808-3.63920.20031420.1717275599
3.6392-3.8310.19491260.1567262995
3.831-4.0710.20951330.1553259994
4.071-4.38530.17681560.1311272899
4.3853-4.82640.1841540.1193270899
4.8264-5.52440.16821620.1405272899
5.5244-6.95850.20481690.17332737100
6.9585-60.0850.16111550.1453278098
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.95510.5913-0.61091.1771-0.88092.22050.03390.16660.111-0.09890.0243-0.0583-0.21030.2311-0.050.2077-0.01220.02530.2744-0.0280.26819.8984163.4471-8.7899
20.64980.0990.16160.79710.17543.25670.0468-0.23050.12810.23620.0489-0.0516-0.14680.3182-0.08550.2183-0.01910.01280.2765-0.06960.280616.4512156.258622.3496
32.0386-0.3128-0.77180.6543-0.14661.38580.10940.078-0.0241-0.2092-0.0859-0.20850.15670.3837-0.01770.37710.15130.00250.3585-0.01440.30836.3998127.7693-2.8726
40.649-0.13130.07980.942-0.93382.6463-0.0149-0.2712-0.1490.0755-0.0248-0.03950.28860.10760.04580.31210.0912-0.01660.33150.020.30222.732118.935924.6281
50.8964-0.00330.0271.3211-0.15341.6768-0.06570.2101-0.5138-0.2783-0.0637-0.22390.88580.35550.1260.78020.13510.0040.3398-0.07330.56599.1314100.8109-12.2537
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and peptide)A0
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and peptide)B0
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and peptide)C0
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'D' and peptide)D0
5X-RAY DIFFRACTION5(chain 'E' and peptide)E0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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