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- PDB-6x89: Vigna radiata mitochondrial complex I* -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6x89
タイトルVigna radiata mitochondrial complex I*
要素
  • (NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit ...) x 8
  • (NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein ...) x 2
  • (NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein ...) x 5
  • (Unknown Peptide) x 3
  • (gamma carbonic anhydrase 1, ...) x 2
  • NDUA7
  • NDUC2
  • NDUS2
  • NDUS3
  • NDUX1
  • NU1M
  • NU2M
  • NU3M
  • NU4L
  • NU6M
  • Protein At2g27730, mitochondrial
  • gamma carbonic anhydrase-like 2, mitochondrial
  • serine/arginine-rich-splicing factor SR34 isoform X2
  • uncharacterized protein LOC106754061
キーワードMEMBRANE PROTEIN / respiration / mitochondria / electron transport chain / complex I
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / : / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / catalytic activity / quinone binding / ATP synthesis coupled electron transport / respiratory electron transport chain ...oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / : / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / catalytic activity / quinone binding / ATP synthesis coupled electron transport / respiratory electron transport chain / electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / NAD binding / FMN binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / mitochondrial inner membrane / membrane => GO:0016020 / oxidoreductase activity / mitochondrion / RNA binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
NADH-ubiquinone oxidoreductase, 21kDa subunit, N-terminal / NADH-ubiquinone oxidoreductase complex I, 21 kDa subunit / Hexapeptide repeat of succinyl-transferase / Hexapeptide repeat / Soluble ligand binding domain / SLBB domain / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex subunit 1 / NADH-ubiquinone oxidoreductase MWFE subunit / Bacterial transferase hexapeptide (six repeats) / Zinc finger, CHCC-type ...NADH-ubiquinone oxidoreductase, 21kDa subunit, N-terminal / NADH-ubiquinone oxidoreductase complex I, 21 kDa subunit / Hexapeptide repeat of succinyl-transferase / Hexapeptide repeat / Soluble ligand binding domain / SLBB domain / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex subunit 1 / NADH-ubiquinone oxidoreductase MWFE subunit / Bacterial transferase hexapeptide (six repeats) / Zinc finger, CHCC-type / Zinc-finger domain / GRIM-19 / GRIM-19 protein / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4-like superfamily / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 2 / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12 / ETC complex I subunit conserved region / NADH ubiquinone oxidoreductase subunit NDUFA12 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 6 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 8 / NADH-quinone oxidoreductase, chain G, C-terminal / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit G, C-terminal / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 20 Kd subunit signature. / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 20 Kd subunit / NADH-quinone oxidoreductase, chain I / Trimeric LpxA-like superfamily / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit G / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 75 Kd subunit signature 3. / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 75 Kd subunit signature 2. / NADH ubiquinone oxidoreductase, F subunit / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 75 Kd subunit signature 1. / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 75kDa subunit, conserved site / NADH-ubiquinone oxidoreductase-G iron-sulfur binding region / NADH-ubiquinone oxidoreductase-G iron-sulfur binding region / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 51 Kd subunit signature 1. / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 24 Kd subunit signature. / CHCH / CHCH domain / NuoE domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit G, iron-sulphur binding / His(Cys)3-ligated-type [4Fe-4S] domain profile. / NADH-quinone oxidoreductase subunit E-like / Thioredoxin-like [2Fe-2S] ferredoxin / NADH-quinone oxidoreductase subunit E, N-terminal / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 51kDa subunit, conserved site / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 51 Kd subunit signature 2. / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, iron-sulphur binding domain / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, iron-sulphur binding domain superfamily / NADH-ubiquinone oxidoreductase-F iron-sulfur binding region / NADH-ubiquinone oxidoreductase-F iron-sulfur binding region / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, FMN-binding domain / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, FMN-binding domain superfamily / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 51 Kd subunit / NAD-dependent epimerase/dehydratase / Molybdopterin oxidoreductase, 4Fe-4S domain / Prokaryotic molybdopterin oxidoreductases 4Fe-4S domain profile. / NAD dependent epimerase/dehydratase family / NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit / NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 Kd subunit / Molybdopterin oxidoreductase / Molybdopterin oxidoreductase / Ribosomal protein/NADH dehydrogenase domain / Mitochondrial ribosomal protein L51 / S25 / CI-B8 domain / Mitochondrial ribosomal protein L51 / S25 / CI-B8 domain / 4Fe-4S dicluster domain / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Thioredoxin-like superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / IRON/SULFUR CLUSTER / uncharacterized protein LOC106754061 / uncharacterized protein At2g27730, mitochondrial / serine/arginine-rich-splicing factor SR34 isoform X2 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 1, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1 ...FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / IRON/SULFUR CLUSTER / uncharacterized protein LOC106754061 / uncharacterized protein At2g27730, mitochondrial / serine/arginine-rich-splicing factor SR34 isoform X2 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 1, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2 / probable NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5, mitochondrial / gamma carbonic anhydrase 1, mitochondrial-like / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 7, mitochondrial / gamma carbonic anhydrase-like 2, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial / uncharacterized protein LOC106767534 / uncharacterized protein LOC106768957 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13-A / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 9, mitochondrial isoform X1 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 8, mitochondrial / uncharacterized protein LOC106775330 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12 / gamma carbonic anhydrase 1, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8-B / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 6
類似検索 - 構成要素
生物種Vigna radiata (リョクトウ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Letts, J.A. / Maldonado, M. / Padavannil, A. / Zhou, L. / Guo, F.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: Atomic structure of a mitochondrial complex I intermediate from vascular plants.
著者: Maria Maldonado / Abhilash Padavannil / Long Zhou / Fei Guo / James A Letts /
要旨: Respiration, an essential metabolic process, provides cells with chemical energy. In eukaryotes, respiration occurs via the mitochondrial electron transport chain (mETC) composed of several large ...Respiration, an essential metabolic process, provides cells with chemical energy. In eukaryotes, respiration occurs via the mitochondrial electron transport chain (mETC) composed of several large membrane-protein complexes. Complex I (CI) is the main entry point for electrons into the mETC. For plants, limited availability of mitochondrial material has curbed detailed biochemical and structural studies of their mETC. Here, we present the cryoEM structure of the known CI assembly intermediate CI* from at 3.9 Å resolution. CI* contains CI's NADH-binding and CoQ-binding modules, the proximal-pumping module and the plant-specific γ-carbonic-anhydrase domain (γCA). Our structure reveals significant differences in core and accessory subunits of the plant complex compared to yeast, mammals and bacteria, as well as the details of the γCA domain subunit composition and membrane anchoring. The structure sheds light on differences in CI assembly across lineages and suggests potential physiological roles for CI* beyond assembly.
履歴
登録2020年6月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-22090
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Unknown Peptide
A2: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2
A5: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5, mitochondrial
A6: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 6
A7: NDUA7
A9: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 9, mitochondrial isoform X1
AL: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12
S1: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 1, mitochondrial
S2: NDUS2
S3: NDUS3
S4: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial
S6: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial
S7: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 7, mitochondrial
S8: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 8, mitochondrial
V1: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial
V2: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial
1M: NU1M
2M: NU2M
3M: NU3M
4L: NU4L
6M: NU6M
A1: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1
A3: uncharacterized protein LOC106754061
A8: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8-B
AM: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13-A
B: Unknown Peptide
C: Unknown Peptide
C2: NDUC2
P2: Protein At2g27730, mitochondrial
S5: serine/arginine-rich-splicing factor SR34 isoform X2
X1: NDUX1
G1: gamma carbonic anhydrase 1, mitochondrial
G2: gamma carbonic anhydrase 1, mitochondrial-like
L2: gamma carbonic anhydrase-like 2, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)790,32452
ポリマ－781,79134
非ポリマー8,53318
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質・ペプチド , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質・ペプチド Unknown Peptide


分子量: 1549.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata (リョクトウ)
#26: タンパク質・ペプチド Unknown Peptide


分子量: 2145.636 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata (リョクトウ)
#27: タンパク質・ペプチド Unknown Peptide


分子量: 3677.524 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata (リョクトウ)

-
NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit ... , 8種, 8分子 A2A5A6A9ALA1A8AM

#2: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2


分子量: 10884.632 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata / 参照: UniProt: A0A1S3TVC7
#3: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5, mitochondrial


分子量: 18977.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata / 参照: UniProt: A0A1S3U023
#4: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 6


分子量: 14920.034 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata (リョクトウ) / 参照: UniProt: A0A1S3W1K8
#6: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 9, mitochondrial isoform X1


分子量: 43781.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata / 参照: UniProt: A0A1S3V8W7
#7: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12


分子量: 18192.482 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata / 参照: UniProt: A0A1S3VNK7
#22: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1


分子量: 7357.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata / 参照: UniProt: A0A1S3TU57
#24: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8-B


分子量: 12022.893 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata / 参照: UniProt: A0A1S3VVN6
#25: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13-A


分子量: 16189.600 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata / 参照: UniProt: A0A1S3UYW0

-
タンパク質 , 14種, 14分子 A7S2S31M2M3M4L6MA3C2P2S5X1L2

#5: タンパク質 NDUA7


分子量: 14356.376 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata / 参照: UniProt: A0A1S3UVC7
#9: タンパク質 NDUS2


分子量: 44813.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata (リョクトウ)
#10: タンパク質 NDUS3


分子量: 22806.779 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata (リョクトウ)
#17: タンパク質 NU1M


分子量: 35651.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata (リョクトウ)
#18: タンパク質 NU2M


分子量: 53900.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata (リョクトウ)
#19: タンパク質 NU3M


分子量: 13507.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata (リョクトウ)
#20: タンパク質 NU4L


分子量: 11082.356 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata (リョクトウ)
#21: タンパク質 NU6M


分子量: 23484.178 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata (リョクトウ)
#23: タンパク質 uncharacterized protein LOC106754061


分子量: 6695.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata / 参照: UniProt: A0A1S3TCK0
#28: タンパク質 NDUC2


分子量: 9130.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata / 参照: UniProt: A0A1S3UPL8
#29: タンパク質 Protein At2g27730, mitochondrial


分子量: 12172.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata / 参照: UniProt: A0A1S3TGE7
#30: タンパク質 serine/arginine-rich-splicing factor SR34 isoform X2


分子量: 45640.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata (リョクトウ) / 参照: UniProt: A0A1S3TQ33
#31: タンパク質 NDUX1


分子量: 10949.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata / 参照: UniProt: A0A1S3VI15
#34: タンパク質 gamma carbonic anhydrase-like 2, mitochondrial


分子量: 28268.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata (リョクトウ) / 参照: UniProt: A0A1S3UI49

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NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein ... , 5種, 5分子 S1S4S6S7S8

#8: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 1, mitochondrial


分子量: 81434.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata (リョクトウ) / 参照: UniProt: A0A1S3TQ85
#11: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial


分子量: 16435.736 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata / 参照: UniProt: A0A1S3UIW7
#12: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial


分子量: 11582.296 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata / 参照: UniProt: A0A1S3VYF3
#13: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 7, mitochondrial


分子量: 23710.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata / 参照: UniProt: A0A1S3U8J5
#14: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 8, mitochondrial


分子量: 25545.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata (リョクトウ) / 参照: UniProt: A0A1S3VGS8

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NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein ... , 2種, 2分子 V1V2

#15: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial


分子量: 53817.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata
参照: UniProt: A0A1S3V7V2, NADH dehydrogenase, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#16: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial


分子量: 27992.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata (リョクトウ) / 参照: UniProt: A0A1S3U769

-
Gamma carbonic anhydrase 1, ... , 2種, 2分子 G1G2

#32: タンパク質 gamma carbonic anhydrase 1, mitochondrial


分子量: 29333.197 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata (リョクトウ) / 参照: UniProt: A0A1S3VT00
#33: タンパク質 gamma carbonic anhydrase 1, mitochondrial-like


分子量: 29780.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata / 参照: UniProt: A0A1S3U544

-
非ポリマー , 6種, 18分子

#35: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#36: 化合物
ChemComp-PC1 / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / 3-SN-PHOSPHATIDYLCHOLINE


分子量: 790.145 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H88NO8P / コメント: リン脂質*YM
#37: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#38: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#39: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#40: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Vigna radiata complex I* / タイプ: COMPLEX
詳細: Complex I 800 kDa assembly intermediate (complex I*)
Entity ID: #1-#34 / 由来: NATURAL
分子量値: 0.8 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Vigna radiata (リョクトウ)
緩衝液pH: 7.8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMHEPESHEPES1
2150 mMsodium chlorideNaCl1
30.1 %digitonindigitonin1
41 mMEDTAedta1
試料濃度: 6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Extracted from V. radiata mitochondrial membranes with digitonin, exchanged into amphipole A8-35, purified on sucrose gradient.
試料支持詳細: 30 mA / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE
詳細: Blotted for 9 seconds at 100% humidity, 15 degrees C.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影平均露光時間: 3 sec. / 電子線照射量: 86.4 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9816

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
2SerialEM画像取得
4CTFFINDCTF補正
7Cootモデルフィッティング
9RELION初期オイラー角割当
10RELION最終オイラー角割当
11RELION分類
12RELION３次元再構成
13PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 190951
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 34407 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 空間: REAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.01146141
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.58762663
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d16.7776531
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0676934
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0088024

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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