[日本語] English
- PDB-6x7w: Vaccine-elicited mouse FP-targeting neutralizing antibody vFP49.0... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6x7w
タイトルVaccine-elicited mouse FP-targeting neutralizing antibody vFP49.02 in complex with HIV fusion peptide (residue 512-519)
要素
  • HIV fusion peptide 512-519
  • antibody vFP49.02 heavy chain
  • antibody vFP49.02 light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM/VIRAL PROTEIN / HIV / fusion peptide / antibody / IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN complex
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Xu, K. / Kwong, P.D.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Distinct Classes of HIV-1 Cross-Clade Neutralizing Antibodies Targeting Fusion Peptide Elicited in Mice by Diverse Immunization Regimens
著者: Xu, K. / Kwong, P.D.
履歴
登録2020年5月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年6月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: antibody vFP49.02 heavy chain
G: HIV fusion peptide 512-519
H: antibody vFP49.02 heavy chain
L: antibody vFP49.02 light chain
C: antibody vFP49.02 light chain
D: HIV fusion peptide 512-519
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,9928
ポリマ-98,8006
非ポリマー1922
14,700816
1
A: antibody vFP49.02 heavy chain
C: antibody vFP49.02 light chain
D: HIV fusion peptide 512-519
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,4964
ポリマ-49,4003
非ポリマー961
543
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4920 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area19900 Å2
手法PISA
2
G: HIV fusion peptide 512-519
H: antibody vFP49.02 heavy chain
L: antibody vFP49.02 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,4964
ポリマ-49,4003
非ポリマー961
543
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5150 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area19790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.881, 99.229, 137.900
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11L-442-

HOH

21L-496-

HOH

31C-443-

HOH

41C-491-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 1 through 129 or resid 133 through 214))
21chain H
12(chain C and (resid 1 through 99 or (resid 100...
22(chain L and (resid 1 through 99 or (resid 100...
13chain D
23(chain G and resid 512 through 519)

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111GLUGLUALAALA(chain A and (resid 1 through 129 or resid 133 through 214))AA1 - 1291 - 139
121ASNASNASPASP(chain A and (resid 1 through 129 or resid 133 through 214))AA133 - 214143 - 224
211GLUGLUASPASPchain HHC1 - 2141 - 224
112ASPASPGLYGLY(chain C and (resid 1 through 99 or (resid 100...CE1 - 991 - 99
122ALAALAGLYGLY(chain C and (resid 1 through 99 or (resid 100...CE100 - 101100 - 101
212ASPASPGLYGLY(chain L and (resid 1 through 99 or (resid 100...LD1 - 991 - 99
222ALAALAGLYGLY(chain L and (resid 1 through 99 or (resid 100...LD100 - 101100 - 101
232ASPASPGLUGLU(chain L and (resid 1 through 99 or (resid 100...LD1 - 2131 - 213
242ASPASPGLUGLU(chain L and (resid 1 through 99 or (resid 100...LD1 - 2131 - 213
252ASPASPGLUGLU(chain L and (resid 1 through 99 or (resid 100...LD1 - 2131 - 213
113ALAALAPHEPHEchain DDF512 - 5192 - 9
213ALAALAPHEPHE(chain G and resid 512 through 519)GB512 - 5192 - 9

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: 抗体 antibody vFP49.02 heavy chain


分子量: 25020.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: タンパク質・ペプチド HIV fusion peptide 512-519


分子量: 758.905 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
#3: 抗体 antibody vFP49.02 light chain


分子量: 23620.969 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 816 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.18 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M ammonium sulfate , 0.1 M HEPES, pH 7.5, 20% w/v PEG8000, 10% w/v isopropanol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月15日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 102556 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.106 / Rpim(I) all: 0.051 / Rrim(I) all: 0.118 / Χ2: 1.755 / Net I/σ(I): 5.8 / Num. measured all: 622325
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.7-1.736.60.97751780.7970.4121.0630.66799.8
1.73-1.766.60.81351400.8740.340.8840.72899.7
1.76-1.796.60.69251900.8820.2940.7540.79399.5
1.79-1.836.50.59351730.8990.2550.6470.86899.4
1.83-1.876.40.49951010.9340.2160.5461.00399
1.87-1.916.20.43451060.9390.1930.4761.09198.3
1.91-1.9660.3750920.9520.1690.4081.24297.9
1.96-2.025.40.30650260.9650.1460.3411.37696.1
2.02-2.076.30.27150780.9780.120.2981.45397.9
2.07-2.146.40.23151290.9830.1030.2541.55298.2
2.14-2.226.40.250980.9850.090.2211.67797.6
2.22-2.316.20.17451030.9870.0810.1931.74597.4
2.31-2.416.10.15450950.9910.0720.171.76697
2.41-2.545.90.13450530.9910.0650.151.88996.8
2.54-2.75.70.11550590.9920.0580.131.9896.1
2.7-2.915.20.09650090.9930.0510.112.22894.7
2.91-3.26.20.08351130.9940.0410.0932.66496.7
3.2-3.6660.06951940.9950.0340.0783.30997.3
3.66-4.615.50.06151750.9950.0320.073.97696.6
4.61-505.40.05954440.9960.0290.0664.08997.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.18_3845精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 6CDO
解像度: 1.7→34.94 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 41.93 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2483 5139 5.03 %
Rwork0.2144 96979 -
obs0.2161 102118 96.43 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 98.9 Å2 / Biso mean: 27.5416 Å2 / Biso min: 12.3 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→34.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6724 0 10 816 7550
Biso mean--37.12 36.56 -
残基数----886
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDRmsタイプ
11A1328X-RAY DIFFRACTION0.299TORSIONAL
12H1328X-RAY DIFFRACTION0.299TORSIONAL
21C1285X-RAY DIFFRACTION0.299TORSIONAL
22L1285X-RAY DIFFRACTION0.299TORSIONAL
31D42X-RAY DIFFRACTION0.299TORSIONAL
32G42X-RAY DIFFRACTION0.299TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7-1.720.31811130.30372409252273
1.72-1.740.33231740.298333103484100
1.74-1.760.2781580.28213296345499
1.76-1.780.31271950.27543313350899
1.78-1.810.27611620.27163274343699
1.81-1.830.29821850.25823279346499
1.83-1.860.24481830.24713268345199
1.86-1.890.3061910.24143280347199
1.89-1.920.28611500.23393265341598
1.92-1.950.25611650.22483267343298
1.95-1.980.24991810.22423208338997
1.98-2.020.25831680.22013170333896
2.02-2.050.2311680.2183253342197
2.05-2.10.24931980.21183233343198
2.1-2.140.23371720.20693251342398
2.14-2.190.2391600.20623285344597
2.19-2.250.27741650.20663269343498
2.25-2.310.22921580.21333247340597
2.31-2.380.28071820.21613201338396
2.38-2.450.2621770.21663235341297
2.45-2.540.2931840.21473225340996
2.54-2.640.2491740.21293221339596
2.64-2.760.26631660.21653229339595
2.76-2.910.27561600.21653166332694
2.91-3.090.2681750.20843237341296
3.09-3.330.24421740.20393290346497
3.33-3.660.26171920.19553276346897
3.66-4.190.19511770.19093331350897
4.19-5.280.20621520.18963323347596
5.28-34.940.23361800.22293368354893
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5246-0.8614-0.38450.93880.43861.8374-0.03290.0523-0.00870.04450.0167-0.018-0.079-0.0642-0.00370.1026-0.0060.01010.0920.00460.1257-10.5518-22.0002-65.613
20.5814-0.2252-0.42290.23090.43590.57950.0188-0.0298-0.0036-0.0051-0.09030.1-0.1552-0.228-0.01520.23040.0147-0.00030.1604-0.00090.1596-14.3425-14.6226-41.5073
30.9112-0.1488-0.67452.8563-0.09251.47240.034-0.0154-0.08810.00690.0182-0.0597-0.01470.097500.20090.0292-0.01880.1892-0.01620.1783-11.7289-11.1223-31.0111
40.0547-0.0208-0.03410.0349-0.05080.1539-0.047-0.33680.04170.10960.14860.0875-0.31070.21860.00390.2866-0.025-0.05980.2941-0.070.2756-4.354634.67095.5682
51.32480.4448-0.23351.40380.27853.2828-0.0334-0.0416-0.02390.09970.0453-0.0350.5066-0.1725-0.00710.2832-0.03880.00280.2535-0.01990.1967-10.562922-3.3382
60.81850.27580.26980.64890.59430.48750.0786-0.09090.07360.0449-0.20350.0959-0.0152-0.0505-0.00780.2398-0.01990.00210.19150.01980.1718-14.293414.5917-26.7829
70.62290.05590.34691.9237-0.5311.58960.00180.16810.0527-0.0427-0.00590.00360.0519-0.0581-0.00030.18720.0280.01590.16430.02480.1634-11.71811.1179-37.9414
80.59880.6419-0.30121.3247-1.05791.9605-0.01910.0520.1485-0.04770.15560.0322-0.1715-0.3148-00.27280.01350.01220.288-0.00770.2763-9.906740.4961-14.3663
91.76230.176-0.9860.1148-0.42111.59480.2827-0.39620.42920.43150.04470.2414-0.39160.02190.40410.2544-0.0144-0.03570.06960.08730.1653-10.716637.1855-35.4943
101.1880.65440.34132.30570.25960.36630.2532-0.1251-0.2020.7907-0.1977-0.47290.16460.03290.0310.1079-0.01640.04620.19790.02830.1146-22.955919.9635-44.4546
110.92690.19470.42831.2993-0.00041.30090.1488-0.11380.06310.4565-0.10880.06810.1099-0.13710.00570.09840.02740.0340.18110.04290.143-23.180221.7944-44.9549
120.7795-0.4347-0.05841.0911-0.65691.9309-0.0103-0.063-0.03820.03720.01670.02770.0859-0.19890.010.1153-0.0195-0.00410.0946-0.01480.1543-9.9106-40.4968-54.587
130.26040.21590.27291.33320.32330.2774-0.3045-0.13290.05750.7297-0.01150.14060.1452-0.5434-0.05340.31490.0822-0.02550.2767-0.06350.261-10.7185-37.1862-33.4561
140.9312-0.4197-0.1190.46310.24130.2698-0.14410.069-0.08560.41810.06810.35480.2601-0.23540.00210.3145-0.01670.07240.2224-0.02190.2512-22.9667-19.9646-24.4992
150.7530.13040.05351.24620.83581.2358-0.2640.0873-0.31360.4538-0.06390.37760.3532-0.1612-0.02160.29950.00820.10210.2130.01260.2829-23.1906-21.7928-23.9928
160.00860.0105-0.02920.0254-0.04380.1270.06120.49030.14740.12640.1303-0.14230.19250.28250.00450.13870.0022-0.00150.2212-0.01550.1691-4.3565-34.6664-74.5159
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 100C)A1 - 100
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 100D through 134 )A100
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 135 through 214 )A135 - 214
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'G' and (resid 512 through 519 )G512 - 519
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'H' and (resid 1 through 100C)H1 - 100
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'H' and (resid 100D through 134 )H100
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'H' and (resid 135 through 214 )H135 - 214
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'L' and (resid 1 through 101 )L1 - 101
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'L' and (resid 102 through 113 )L102 - 113
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'L' and (resid 114 through 155 )L114 - 155
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'L' and (resid 156 through 213 )L156 - 213
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 1 through 101 )C1 - 101
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 102 through 113 )C102 - 113
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 114 through 155 )C114 - 155
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 156 through 213 )C156 - 213
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 512 through 519 )D512 - 519

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る