PDB-6x78: Vaccine-elicited mouse FP-targeting neutralizing antibody vFP48.0...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6x78

タイトル

Vaccine-elicited mouse FP-targeting neutralizing antibody vFP48.03 in complex with HIV fusion peptide (residue 512-519)

要素

HIV fusion peptide 512-519 V2
antibody vFP48.03 heavy chain
antibody vFP48.03 light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM/VIRAL PROTEIN / HIV / fusion peptide / antibody / IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN complex

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.359 Å

データ登録者

Xu, K. / Kwong, P.D.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Distinct Classes of HIV-1 Cross-Clade Neutralizing Antibodies Targeting Fusion Peptide Elicited in Mice by Diverse Immunization Regimens
著者: Xu, K. / Kwong, P.D.

履歴

登録	2020年5月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年6月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6x78.cif.gz	194.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6x78.ent.gz	152.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6x78.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x7/6x78 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x7/6x78	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6x7wC 6cdoS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1t2q-d 4yhl-d 5ggu-2 1ynl-d 1dqq-2 5bk5-4 5y2m-3 3j93-d 6pxr-d 4jfx-1 4yhy-2 6w5d-1 5ggu-1 5ihz-2 1y18-1 2c1o-1 1y0l-4 4kvc-d 5tgb-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

登録構造単位

A: antibody vFP48.03 light chain

B: antibody vFP48.03 heavy chain

H: antibody vFP48.03 heavy chain

L: antibody vFP48.03 light chain

G: HIV fusion peptide 512-519 V2

I: HIV fusion peptide 512-519 V2

ヘテロ分子

100 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: antibody vFP48.03 light chain

B: antibody vFP48.03 heavy chain

I: HIV fusion peptide 512-519 V2

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
49.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

H: antibody vFP48.03 heavy chain

L: antibody vFP48.03 light chain

G: HIV fusion peptide 512-519 V2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
50 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.993, 92.733, 143.424
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain L
1	2	(chain B and (resid 1 through 158 or resid 160 through 221))
2	2	(chain H and (resid 1 through 127 or resid 133 through 158 or resid 160 through 220))
1	3	chain G
2	3	chain I

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	ASP	ASP	GLU	GLU	chain A	A	A	1 - 213	1 - 218
2	1	1	ASP	ASP	GLU	GLU	chain L	L	D	1 - 213	1 - 218
1	1	2	GLN	GLN	GLY	GLY	(chain B and (resid 1 through 158 or resid 160 through 221))	B	B	1 - 158	1 - 166
1	2	2	LEU	LEU	ASP	ASP	(chain B and (resid 1 through 158 or resid 160 through 221))	B	B	160 - 221	168 - 223
2	1	2	GLN	GLN	GLY	GLY	(chain H and (resid 1 through 127 or resid 133 through 158 or resid 160 through 220))	H	C	1 - 127	1 - 136
2	2	2	ASN	ASN	GLY	GLY	(chain H and (resid 1 through 127 or resid 133 through 158 or resid 160 through 220))	H	C	133 - 158	142 - 166
2	3	2	LEU	LEU	ASP	ASP	(chain H and (resid 1 through 127 or resid 133 through 158 or resid 160 through 220))	H	C	160 - 220	168 - 223
1	1	3	ALA	ALA	GLY	GLY	chain G	G	E	512 - 516	1 - 5
2	1	3	ALA	ALA	GLY	GLY	chain I	I	F	512 - 516	1 - 5

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: 抗体	antibody vFP48.03 light chain 分子量: 24189.879 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	antibody vFP48.03 heavy chain 分子量: 25027.008 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質・ペプチド	HIV fusion peptide 512-519 V2 分子量: 732.868 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 496 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.53 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M Tris, pH 8.5, 25% w/v PEG3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月20日

放射

モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.359→50 Å / Num. obs: 45627 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 0.145 / R_pim(I) all: 0.061 / R_rim(I) all: 0.157 / Χ²: 1.016 / Net I/σ(I): 5.5

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.36-2.4	6.1	0.746	2243	0.81	0.327	0.817	0.454	100
2.4-2.44	6.2	0.693	2262	0.811	0.302	0.758	0.467	99.9
2.44-2.49	6.3	0.629	2249	0.86	0.272	0.687	0.474	100
2.49-2.54	5.9	0.546	2245	0.88	0.239	0.598	0.486	100
2.54-2.6	6.2	0.522	2234	0.877	0.223	0.57	0.499	99
2.6-2.66	7	0.454	2266	0.918	0.184	0.491	0.534	99.8
2.66-2.72	7.4	0.422	2252	0.927	0.167	0.455	0.57	99.8
2.72-2.8	7.4	0.358	2251	0.949	0.142	0.386	0.606	99.9
2.8-2.88	7.3	0.3	2259	0.953	0.12	0.324	0.698	99.8
2.88-2.97	7.1	0.258	2251	0.963	0.106	0.279	0.82	99.9
2.97-3.08	7	0.224	2281	0.972	0.092	0.243	0.862	100
3.08-3.2	6.9	0.189	2276	0.975	0.079	0.205	1.051	100
3.2-3.35	6.6	0.16	2278	0.982	0.068	0.174	1.23	99.9
3.35-3.53	6.4	0.127	2264	0.99	0.055	0.138	1.439	99.8
3.53-3.75	5.6	0.109	2274	0.991	0.049	0.12	1.578	99
3.75-4.03	6.6	0.098	2301	0.991	0.042	0.108	1.694	99.6
4.03-4.44	6.8	0.081	2287	0.995	0.035	0.088	1.875	99.6
4.44-5.08	6.6	0.069	2317	0.995	0.03	0.075	1.892	99.8
5.08-6.4	6.7	0.064	2358	0.997	0.026	0.069	1.52	99.8
6.4-50	6.1	0.049	2479	0.998	0.021	0.054	1.56	99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3260	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 6CDO

6cdo

解像度: 2.359→38.937 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 22.94 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.226	2295	5.04 %
R_work	0.1778	43247	-
obs	0.1802	45542	99.58 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 106.78 Å² / B_iso mean: 36.406 Å² / B_iso min: 13.49 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.359→38.937 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6763	0	5	496	7264
B_iso mean	-	-	69.18	39.72	-
残基数	-	-	-	-	887

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	1314	X-RAY DIFFRACTION	7.005	TORSIONAL
1	2	L	1314	X-RAY DIFFRACTION	7.005	TORSIONAL
2	1	B	1294	X-RAY DIFFRACTION	7.005	TORSIONAL
2	2	H	1294	X-RAY DIFFRACTION	7.005	TORSIONAL
3	1	G	24	X-RAY DIFFRACTION	7.005	TORSIONAL
3	2	I	24	X-RAY DIFFRACTION	7.005	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.3594-2.4107	0.2938	153	0.2343	2589	98
2.4107-2.4667	0.3095	147	0.2256	2675	100
2.4667-2.5284	0.2719	134	0.2224	2680	100
2.5284-2.5968	0.2545	138	0.2136	2649	99
2.5968-2.6731	0.2863	152	0.2087	2672	100
2.6731-2.7594	0.2793	136	0.2079	2703	100
2.7594-2.858	0.2592	129	0.1959	2686	100
2.858-2.9724	0.2402	137	0.1884	2670	100
2.9724-3.1076	0.2359	132	0.1898	2742	100
3.1076-3.2714	0.2469	155	0.188	2674	100
3.2714-3.4762	0.2252	143	0.1842	2701	100
3.4762-3.7444	0.227	148	0.1675	2686	99
3.7444-4.1209	0.2189	148	0.161	2718	100
4.1209-4.7163	0.1547	141	0.1283	2737	100
4.7163-5.9386	0.1741	144	0.1511	2776	100
5.9386-38.937	0.2242	158	0.1834	2889	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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