PDB-6wqy: GH5-4 broad specificity endoglucanase from Bacteroides salanitronis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6wqy

タイトル

GH5-4 broad specificity endoglucanase from Bacteroides salanitronis

要素

Cellulase

キーワード

HYDROLASE / Cellulase / xylanase / GH5 / endoglucanase

機能・相同性

機能・相同性情報

cellulase / cellulase activity / polysaccharide catabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacteroides salanitronis

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.05 Å

データ登録者

Bingman, C.A. / Smith, R.W. / Glasgow, E.M. / Fox, B.G.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
Department of Energy (DOE, United States)	DEFC0207ER64494	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	NIH 5 T32 GM008349 Biotechnology Training Program	米国

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: A structural and kinetic survey of GH5_4 endoglucanases reveals determinants of broad substrate specificity and opportunities for biomass hydrolysis.
著者: Glasgow, E.M. / Kemna, E.I. / Bingman, C.A. / Ing, N. / Deng, K. / Bianchetti, C.M. / Takasuka, T.E. / Northen, T.R. / Fox, B.G.

履歴

登録	2020年4月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年11月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年2月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6wqy.cif.gz	235.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6wqy.ent.gz	191.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6wqy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6wqy_validation.pdf.gz	420.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6wqy_full_validation.pdf.gz	420.6 KB	表示
XML形式データ	6wqy_validation.xml.gz	20.5 KB	表示
CIF形式データ	6wqy_validation.cif.gz	32.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wq/6wqy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wq/6wqy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4im4C 6mq4C 6pz7C 6q1iC 6ui3C 6wqpC 6wqvC 6xrkC 6xsoC 6xsuC 4yheS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4ad4-d 5wgl-1 6f2b-3 6zdf-3 6z1m-3 6j4t-d 6ft0-4 5n3f-d 4lm3-1 5a7o-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Cellulase

ヘテロ分子

42.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.480, 92.310, 95.150
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Cellulase 分子量: 42668.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroides salanitronis (strain DSM 18170 / JCM 13567 / BL78) (バクテリア) 株: DSM 18170 / JCM 13567 / BL78 / 遺伝子: Bacsa_0886 / プラスミド: pVP67K / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: F0R2T3, cellulase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 548 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.96 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: 200 nL of a solution containing 59 mg/mL protein, 50 nM NaCl, 5 mM MOPS buffer pH 7 was mixed with 130 nL reservoir solution containing 16% PEG3350, 0.2 M MgCl2, and 0.1 M sodium acetate ...詳細: 200 nL of a solution containing 59 mg/mL protein, 50 nM NaCl, 5 mM MOPS buffer pH 7 was mixed with 130 nL reservoir solution containing 16% PEG3350, 0.2 M MgCl2, and 0.1 M sodium acetate buffer at pH 5. Vapor diffusion in MRC plates. Crystals appeared within a few days, and were cryo-protected using a reservoir solution supplemented to 35% PEG3350.

結晶

マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.96 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 200 nL of a solution containing 59 mg/mL protein, 50 nM NaCl, 5 mM MOPS buffer pH 7 was mixed with 130 nL reservoir solution containing 16% PEG3350, 0.2 M MgCl2, and 0.1 M sodium acetate ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.7749 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.7749 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.05→29.24 Å / Num. obs: 165260 / % possible obs: 99.19 % / 冗長度: 12.1 % / B_iso Wilson estimate: 11.23 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.05084 / R_pim(I) all: 0.01479 / R_rim(I) all: 0.053 / Net I/σ(I): 22.62
反射シェル	解像度: 1.05→1.088 Å / 冗長度: 6.1 % / R_merge(I) obs: 0.832 / Mean I/σ(I) obs: 1.68 / Num. unique obs: 15327 / CC_1/2: 0.621 / R_pim(I) all: 0.3576 / R_rim(I) all: 0.9114 / % possible all: 93

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3211	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4yhe

4yhe

解像度: 1.05→29.24 Å / SU ML: 0.09 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 14.21

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1453	3534	2.14 %
R_work	0.1387	-	-
obs	0.1389	165248	99.19 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.57 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.05→29.24 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2966	0	6	548	3520

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	3185
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.882	4371
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.067	1103
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.075	458
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	593

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.05-1.0643	0.305	123	0.2715	5791	X-RAY DIFFRACTION	90
1.0643-1.0796	0.2787	142	0.249	6056	X-RAY DIFFRACTION	94
1.0796-1.0957	0.2669	131	0.224	6324	X-RAY DIFFRACTION	97
1.0957-1.1128	0.2116	142	0.204	6314	X-RAY DIFFRACTION	99
1.1128-1.131	0.2084	136	0.1839	6451	X-RAY DIFFRACTION	100
1.131-1.1505	0.1757	147	0.167	6461	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1505-1.1715	0.152	145	0.1605	6442	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1715-1.194	0.1546	137	0.1525	6484	X-RAY DIFFRACTION	100
1.194-1.2184	0.1544	140	0.1539	6462	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2184-1.2449	0.1768	133	0.1519	6505	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2449-1.2738	0.1414	136	0.1577	6498	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2738-1.3057	0.1703	148	0.1519	6481	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3057-1.341	0.1672	143	0.1467	6471	X-RAY DIFFRACTION	100
1.341-1.3804	0.1508	142	0.1441	6482	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3804-1.425	0.1462	144	0.1415	6476	X-RAY DIFFRACTION	100
1.425-1.4759	0.1407	142	0.1367	6496	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4759-1.535	0.1358	142	0.1304	6527	X-RAY DIFFRACTION	100
1.535-1.6049	0.1441	142	0.1295	6534	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6049-1.6895	0.1536	142	0.1292	6538	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6895-1.7953	0.1478	142	0.1318	6539	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7953-1.9339	0.1265	146	0.1291	6562	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9339-2.1285	0.1323	143	0.1273	6589	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1285-2.4363	0.1281	143	0.1244	6605	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4363-3.069	0.1305	148	0.1306	6698	X-RAY DIFFRACTION	100
3.069-29.24	0.1379	155	0.1328	6928	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1092	0.4155	0.4969	0.1073	-0.0228	0.5241	-0.0762	0.0746	-0.0102	0.0189	0.0098	-0.1343	-0.0278	0.2233	0.0429	0.099	-0.017	-0.0085	0.1298	0.0107	0.1326	57.1146	52.5695	31.8108
2	0.3292	0.007	-0.0716	0.5992	-0.1531	0.8385	-0.0396	-0.0028	-0.0374	-0.0249	0.0104	-0.0055	0.0955	-0.0222	0.0267	0.0695	-0.005	0.0108	0.0628	-0.005	0.0684	37.8421	37.5015	31.4527
3	0.8142	0.1728	-0.3282	0.476	-0.2614	0.975	-0.0211	-0.0552	0.013	0.0596	0.0243	-0.0006	-0.02	-0.0145	-0.0214	0.0762	-0.0048	-0.0009	0.0771	-0.0004	0.0669	37.0666	45.5495	40.6621
4	0.7302	-0.0741	-0.311	0.9103	-0.0652	0.9564	-0.0317	-0.0877	-0.037	0.0707	0	-0.0893	-0.0011	0.1032	0.0354	0.0819	-0.0042	-0.0101	0.0928	0.0002	0.0783	44.8211	45.1895	45.1974
5	0.4433	-0.1335	-0.1407	1.6974	-0.2414	0.5919	-0.0035	0.0223	0.0846	-0.0609	0.0387	0.0787	-0.1058	-0.0338	-0.0191	0.0872	-0.0099	-0.0032	0.0731	0.0035	0.0878	35.6566	62.7967	30.9646
6	0.5368	0.2182	-0.4117	2.4474	-0.0583	0.7814	0.0204	0.0414	0.0534	-0.0708	-0.0056	-0.1735	-0.1058	0.0905	-0.0294	0.115	-0.0295	-0.0131	0.1111	0.013	0.0922	41.6557	58.4827	17.9213

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 7 through 37 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 38 through 159 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 160 through 190 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 191 through 245 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 246 through 356 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 357 through 385 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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