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Yorodumi- PDB-6wqv: GH5-4 broad specificity endoglucanase from Ruminococcus champanel... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6wqv | |||||||||
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Title | GH5-4 broad specificity endoglucanase from Ruminococcus champanellensis with bound cellotriose | |||||||||
Components | EndoglucanaseCellulase | |||||||||
Keywords | HYDROLASE / Cellulase / xylanase / GH5 / endoglucanase | |||||||||
Function / homology | Function and homology information cellulose catabolic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Ruminococcus champanellensis (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.45 Å | |||||||||
Authors | Bianchetti, C.M. / Bingman, C.A. / Smith, R.W. / Glasgow, E.M. / Fox, B.G. | |||||||||
Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2020 Title: A structural and kinetic survey of GH5_4 endoglucanases reveals determinants of broad substrate specificity and opportunities for biomass hydrolysis. Authors: Glasgow, E.M. / Kemna, E.I. / Bingman, C.A. / Ing, N. / Deng, K. / Bianchetti, C.M. / Takasuka, T.E. / Northen, T.R. / Fox, B.G. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6wqv.cif.gz | 996.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6wqv.ent.gz | 693.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6wqv.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wq/6wqv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wq/6wqv | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4im4C 6mq4C 6pz7C 6q1iC 6ui3C 6wqpSC 6wqyC 6xrkC 6xsoC 6xsuC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 39822.309 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Ruminococcus champanellensis (bacteria) Production host: Escherichia coli BL21 (bacteria) / References: UniProt: D4LAX7 #2: Polysaccharide | beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-cellotriose #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.2 Å3/Da / Density % sol: 44.04 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 20% PEG3350, BisTris Propane pH 7.0 and 200 mM Sodium Nitrate, 1 mM cellotriose, cryoprotected in above supplemented with 15% ethylene glycol. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-G / Wavelength: 0.97856 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Apr 2, 2014 |
Radiation | Monochromator: Diamond / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97856 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.45→36.89 Å / Num. obs: 224235 / % possible obs: 93.2 % / Redundancy: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 15.41 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.0463 / Rpim(I) all: 0.02554 / Rrim(I) all: 0.05299 / Net I/σ(I): 17 |
Reflection shell | Resolution: 1.45→1.502 Å / Rmerge(I) obs: 0.4333 / Mean I/σ(I) obs: 2.79 / Num. unique obs: 16603 / CC1/2: 0.872 / CC star: 0.965 / Rpim(I) all: 0.2622 / Rrim(I) all: 0.5093 / % possible all: 68.84 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6WQP Resolution: 1.45→36.89 Å / SU ML: 0.1038 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / Phase error: 18.0453 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 24.06 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.45→36.89 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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