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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wqv
タイトルGH5-4 broad specificity endoglucanase from Ruminococcus champanellensis with bound cellotriose
要素Endoglucanase
キーワードHYDROLASE / Cellulase / xylanase / GH5 / endoglucanase
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-glucosidase activity / cellulose catabolic process / cell surface / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Glycoside hydrolase, family 5, conserved site / Glycosyl hydrolases family 5 signature. / Dockerin domain superfamily / Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-cellotriose / NITRATE ION / Endoglucanase
類似検索 - 構成要素
生物種Ruminococcus champanellensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Bianchetti, C.M. / Bingman, C.A. / Smith, R.W. / Glasgow, E.M. / Fox, B.G.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
Department of Energy (DOE, United States)DEFC0207ER64494 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)NIH 5 T32 GM008349 Biotechnology Training Program 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: A structural and kinetic survey of GH5_4 endoglucanases reveals determinants of broad substrate specificity and opportunities for biomass hydrolysis.
著者: Glasgow, E.M. / Kemna, E.I. / Bingman, C.A. / Ing, N. / Deng, K. / Bianchetti, C.M. / Takasuka, T.E. / Northen, T.R. / Fox, B.G.
履歴
登録2020年4月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endoglucanase
B: Endoglucanase
C: Endoglucanase
D: Endoglucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,61713
ポリマ－159,2894
非ポリマー2,3289
水26,1761453
1
A: Endoglucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3893
ポリマ－39,8221
非ポリマー5672
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Endoglucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,4514
ポリマ－39,8221
非ポリマー6293
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Endoglucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,4514
ポリマ－39,8221
非ポリマー6283
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Endoglucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3272
ポリマ－39,8221
非ポリマー5041
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.610, 83.170, 85.210
Angle α, β, γ (deg.)93.982, 93.359, 89.274
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

-
要素

#1: タンパク質
Endoglucanase


分子量: 39822.309 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ruminococcus champanellensis (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: D4LAX7
#2: 多糖
beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-cellotriose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 代謝 / 分子量: 504.438 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-cellotriose
記述子タイププログラム
DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1a_1-5][a2122h-1b_1-5]/1-2-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1453 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 20% PEG3350, BisTris Propane pH 7.0 and 200 mM Sodium Nitrate, 1 mM cellotriose, cryoprotected in above supplemented with 15% ethylene glycol.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月2日
放射モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→36.89 Å / Num. obs: 224235 / % possible obs: 93.2 % / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 15.41 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.0463 / Rpim(I) all: 0.02554 / Rrim(I) all: 0.05299 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル解像度: 1.45→1.502 Å / Rmerge(I) obs: 0.4333 / Mean I/σ(I) obs: 2.79 / Num. unique obs: 16603 / CC1/2: 0.872 / CC star: 0.965 / Rpim(I) all: 0.2622 / Rrim(I) all: 0.5093 / % possible all: 68.84

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6WQP

6wqp


解像度: 1.45→36.89 Å / SU ML: 0.1038 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 18.0453
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.169 2075 0.93 %
Rwork0.151 222126 -
obs0.1512 224201 93.19 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 24.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→36.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10944 0 156 1453 12553
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.004611637
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.818515956
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06681788
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00482074
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.31394106
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.45-1.480.24511040.223510239X-RAY DIFFRACTION64.55
1.48-1.520.22791190.205913406X-RAY DIFFRACTION84.37
1.52-1.560.21951310.191214988X-RAY DIFFRACTION94.18
1.56-1.610.22971380.178415107X-RAY DIFFRACTION94.69
1.61-1.660.19471410.168615087X-RAY DIFFRACTION95.1
1.66-1.720.18361450.169415141X-RAY DIFFRACTION95.42
1.72-1.790.18741400.164115197X-RAY DIFFRACTION95.75
1.79-1.870.19381340.157815262X-RAY DIFFRACTION95.97
1.87-1.970.17071550.157715276X-RAY DIFFRACTION96.27
1.97-2.090.18691520.154215344X-RAY DIFFRACTION96.52
2.09-2.250.15061440.144915454X-RAY DIFFRACTION96.94
2.25-2.480.18321310.141415435X-RAY DIFFRACTION97.22
2.48-2.840.14361120.147715488X-RAY DIFFRACTION97.46
2.84-3.570.16162140.14715399X-RAY DIFFRACTION97.28
3.57-36.890.14281150.134815303X-RAY DIFFRACTION96.15
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.34776047362-0.05463409794370.3260905583041.19181571243-0.3433119101731.19065610850.001893672960920.05138448148560.0549437599217-0.045540524092-0.0375545813936-0.0644790661873-0.05225974690910.07348500280990.03585171119560.0965732398458-0.02926679460070.01338610201520.0846903069625-0.007985340190260.0799139555888-2.1552091098-15.977955473-20.0127260375
20.8072762892820.0747517469493-0.1967360658980.449413992184-0.2694909793131.419874807790.01390401887490.1008216709250.0359162365844-0.0236008289776-0.0182361787210.0817881165045-0.0433404683124-0.123464965166-0.0001987529493450.0995200742288-0.0232910765211-0.005256913974380.0846102611083-0.009663750420710.106091991699-14.380455175-16.6029447183-26.7331588322
31.731933722280.227257531201-0.2742865370191.51343464043-0.02788536136131.739889261060.0200443830324-0.0320792725479-0.07077397586460.02169685295430.0236047063220.1574926942470.0762545098951-0.128178659744-0.02095722180150.0788894413748-0.02298281548180.00153689116470.077441687970.01082634843030.112702281058-20.0641369002-24.9457472583-10.4605744082
43.10199844974-1.35921430090.2021974339242.80439972129-0.0981479752913.638757184850.00508685034512-0.25112248434-0.1600311794060.208050235523-0.0688081943250.1132795363410.176808758778-0.07799009145670.0521106754420.107763619397-0.02857417038760.01553875547640.1171759097310.01093483984760.0693392860056-7.75677511742-24.9446519418-1.69459406299
51.66160223719-0.574984141160.6865630216212.22481388815-0.2146477291341.20883731877-0.0154022884536-0.0156138079941-0.01878241577210.05442310515450.0130384515390.002859849536150.11234680808-0.002752315497660.006854477215920.09776490164820.001304678273960.03254179914710.1225632669370.0165932293520.04379992750549.6751961883-21.9597972924-55.7965930972
60.767913642036-0.0425396158022-0.08208053748570.548994824380.1308233712471.86603067916-0.0352839401747-0.0146868359746-0.05325235317420.01303505979480.02839049422360.01144064568160.1133099913890.02632431855960.01024048553950.08929540421470.0039604629550.008266636425740.099738979563-0.003453238137370.10310453460410.2366886942-23.462013678-63.2670230102
71.299107295660.7383646963171.146925383181.735899795571.038063219062.13857580141-0.06515946713770.1673795828450.0296223412419-0.07204643721990.0645994224647-0.0845204097763-0.08204767553380.228760256002-0.01245105160630.09121562427970.007501964919740.02082806444980.1481558168670.02175303302770.09830403326613.6966200013-8.45645544531-64.5174685666
82.29860185578-0.3745595583770.5979787962372.47709246196-0.2858612409741.91174769215-0.0019229278635-0.04176418107750.170106727898-0.0192326930366-0.0314870190157-0.0738556930035-0.1549542474050.1302638031280.04362732104280.0871801821393-0.01032459431230.0264838714760.11541504211-0.009556529564130.09834658924715.137070489-2.98727487854-57.3455415778
93.003747201090.629570460314-0.3754053897884.59878316312-1.083858294094.37834252464-0.0761420608489-0.2634408518280.2554644699490.3878476094190.103439655911-0.131859006171-0.2028189299450.143950637909-0.001807471977950.08670533070260.00497352151958-0.01842212836260.186116415029-0.03526714464160.09266297472517.253666633-8.97013700375-43.5769412923
100.185127276443-0.3921891956070.1247144014341.22342159430.156774335950.8084124279780.0534042701422-0.015955868525-0.124149807084-0.124143887096-0.0460889975906-0.02021032676650.2757679408950.06977704926790.03265447283660.224909028495-0.056662231149-0.01257748037160.140518541175-0.009588711058990.18251753654819.3180920775-65.1975945136-11.5265586353
116.996658930362.80516675925-2.577649106655.00872292712-0.5767498366934.20877998043-0.1115666598420.627009321709-0.37807868659-0.4318415333910.214490337111-0.02097023591240.4146580630760.0601193563802-0.08972635287460.283530845323-0.0094391934467-0.05152854794530.208622671846-0.0583041175910.17491083433516.0666130508-65.2529660862-22.8507063448
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 7 through 131 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 132 through 259 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 260 through 332 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 333 through 354 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 10 through 50 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 51 through 223 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 224 through 259 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 260 through 332 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 333 through 354 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 11 through 50 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 51 through 68 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 69 through 131 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 132 through 149 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 150 through 178 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 179 through 259 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 260 through 332 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 333 through 354 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 11 through 50 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 51 through 68 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 69 through 131 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 132 through 149 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 150 through 178 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 179 through 223 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 224 through 259 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 260 through 296 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 297 through 314 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 315 through 354 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る