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- PDB-6xrk: GH5-4 broad specificity endoglucanase from an uncultured bovine r... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6xrk | |||||||||
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Title | GH5-4 broad specificity endoglucanase from an uncultured bovine rumen ciliate | |||||||||
![]() | Glycoside hydrolase type 1 | |||||||||
![]() | HYDROLASE / Cellulase / xylanase / GH5 / endoglucanase | |||||||||
Function / homology | : / Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / Glycoside hydrolase superfamily / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Glycoside hydrolase type 1![]() | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Bingman, C.A. / Smith, R.W. / Glasgow, E.M. / Fox, B.G. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: A structural and kinetic survey of GH5_4 endoglucanases reveals determinants of broad substrate specificity and opportunities for biomass hydrolysis. Authors: Glasgow, E.M. / Kemna, E.I. / Bingman, C.A. / Ing, N. / Deng, K. / Bianchetti, C.M. / Takasuka, T.E. / Northen, T.R. / Fox, B.G. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 441.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 369 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 458.5 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 37.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 59.4 KB | Display | |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 4im4C ![]() 6mq4C ![]() 6pz7C ![]() 6q1iC ![]() 6ui3C ![]() 6wqpC ![]() 6wqvC ![]() 6wqyC ![]() 6xsoC ![]() 6xsuC ![]() 2jepS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 42883.750 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: uncultured ciliate from bovine rumen Source: (gene. exp.) ![]() Plasmid: pVP67K Details (production host): Expression plasmid developed at the Center for Eukaryotic Structural Genomics Production host: ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 5 types, 1037 molecules ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/BTB.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/BTB.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-MG / #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-CL / | #5: Chemical | ChemComp-PEG / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.17 Å3/Da / Density % sol: 43.41 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 200 nL 37 mg/mL protein, 50 mM sodium chloride, 10 mM MOPS, pH 7 + 200 nL reservoir solution (200 mM ammonium acetate, 100 mM Bis-Tris methane, pH 6.5, 25% PEG3350), MRC SD2 plate, ...Details: 200 nL 37 mg/mL protein, 50 mM sodium chloride, 10 mM MOPS, pH 7 + 200 nL reservoir solution (200 mM ammonium acetate, 100 mM Bis-Tris methane, pH 6.5, 25% PEG3350), MRC SD2 plate, cryoprotectant: reservoir solution + 35% PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Mar 5, 2017 |
Radiation | Monochromator: Double crystal cryo-cooled Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.774901 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.419→36.64 Å / Num. obs: 141292 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 13.7 % / Rmerge(I) obs: 0.07724 / Net I/σ(I): 18.36 |
Reflection shell | Resolution: 1.42→1.47 Å / Redundancy: 14.1 % / Rmerge(I) obs: 1.415 / Mean I/σ(I) obs: 1.28 / Num. unique obs: 13953 / % possible all: 99.9 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB entry 2JEP Resolution: 1.419→36.64 Å / SU ML: 0.18 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 16.98
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.419→36.64 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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