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Yorodumi- PDB-6xsu: GH5-4 broad specificity endoglucanase from Ruminococcus flavefaciens -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6xsu | |||||||||
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Title | GH5-4 broad specificity endoglucanase from Ruminococcus flavefaciens | |||||||||
Components | GH5-4 broad specificity endoglucanase | |||||||||
Keywords | HYDROLASE / Cellulase / xylanase / manganese / GH5 / endoglucanase | |||||||||
Function / homology | ETHANOL Function and homology information | |||||||||
Biological species | Ruminococcus flavefaciens (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.41 Å | |||||||||
Authors | Bingman, C.A. / Smith, R.W. / Glasgow, E.M. / Fox, B.G. | |||||||||
Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2020 Title: A structural and kinetic survey of GH5_4 endoglucanases reveals determinants of broad substrate specificity and opportunities for biomass hydrolysis. Authors: Glasgow, E.M. / Kemna, E.I. / Bingman, C.A. / Ing, N. / Deng, K. / Bianchetti, C.M. / Takasuka, T.E. / Northen, T.R. / Fox, B.G. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6xsu.cif.gz | 464.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6xsu.ent.gz | 343.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6xsu.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xs/6xsu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xs/6xsu | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4im4C 6mq4C 6pz7C 6q1iC 6ui3C 6wqpC 6wqvC 6wqyC 6xrkC 6xsoC 1edgS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 39939.617 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Ruminococcus flavefaciens (bacteria) / Production host: Escherichia coli (E. coli) #2: Chemical | ChemComp-EOH / #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.03 Å3/Da / Density % sol: 39.34 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 1 microliter of protein at XXXX was combined with 1 microliter of reservoir solution consisting of 31%w/v PEG3350, 0.2 M NaCl, 0.1M bistris pH 5.5. Sample was cryoproected by brief exposure to ethanol vapor. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-F / Wavelength: 0.97856 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Aug 15, 2015 |
Radiation | Monochromator: diamond (111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97856 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.41→56.75 Å / Num. obs: 118191 / % possible obs: 96.23 % / Redundancy: 4 % / Biso Wilson estimate: 10.83 Å2 / CC1/2: 0.991 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.1235 / Rpim(I) all: 0.06651 / Rrim(I) all: 0.1409 / Net I/σ(I): 5.38 |
Reflection shell | Resolution: 1.41→1.46 Å / Redundancy: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.4048 / Mean I/σ(I) obs: 0.93 / Num. unique obs: 9774 / CC1/2: 0.729 / CC star: 0.918 / Rpim(I) all: 0.2843 / Rrim(I) all: 0.4987 / % possible all: 79.24 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1EDG Resolution: 1.41→56.75 Å / SU ML: 0.1523 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 18.8697 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 13.41 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.41→56.75 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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