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- PDB-6xsu: GH5-4 broad specificity endoglucanase from Ruminococcus flavefaciens -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6xsu | |||||||||
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Title | GH5-4 broad specificity endoglucanase from Ruminococcus flavefaciens | |||||||||
![]() | GH5-4 broad specificity endoglucanase | |||||||||
![]() | HYDROLASE / Cellulase / xylanase / manganese / GH5 / endoglucanase | |||||||||
Function / homology | ETHANOL![]() | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Bingman, C.A. / Smith, R.W. / Glasgow, E.M. / Fox, B.G. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: A structural and kinetic survey of GH5_4 endoglucanases reveals determinants of broad substrate specificity and opportunities for biomass hydrolysis. Authors: Glasgow, E.M. / Kemna, E.I. / Bingman, C.A. / Ing, N. / Deng, K. / Bianchetti, C.M. / Takasuka, T.E. / Northen, T.R. / Fox, B.G. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDB format | ![]() | 343.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 439 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 34.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 53.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4im4C ![]() 6mq4C ![]() 6pz7C ![]() 6q1iC ![]() 6ui3C ![]() 6wqpC ![]() 6wqvC ![]() 6wqyC ![]() 6xrkC ![]() 6xsoC ![]() 1edgS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 39939.617 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-EOH / #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.03 Å3/Da / Density % sol: 39.34 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 1 microliter of protein at XXXX was combined with 1 microliter of reservoir solution consisting of 31%w/v PEG3350, 0.2 M NaCl, 0.1M bistris pH 5.5. Sample was cryoproected by brief exposure to ethanol vapor. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Aug 15, 2015 |
Radiation | Monochromator: diamond (111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97856 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.41→56.75 Å / Num. obs: 118191 / % possible obs: 96.23 % / Redundancy: 4 % / Biso Wilson estimate: 10.83 Å2 / CC1/2: 0.991 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.1235 / Rpim(I) all: 0.06651 / Rrim(I) all: 0.1409 / Net I/σ(I): 5.38 |
Reflection shell | Resolution: 1.41→1.46 Å / Redundancy: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.4048 / Mean I/σ(I) obs: 0.93 / Num. unique obs: 9774 / CC1/2: 0.729 / CC star: 0.918 / Rpim(I) all: 0.2843 / Rrim(I) all: 0.4987 / % possible all: 79.24 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1EDG Resolution: 1.41→56.75 Å / SU ML: 0.1523 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 18.8697 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 13.41 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.41→56.75 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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