PDB-6xsu: GH5-4 broad specificity endoglucanase from Ruminococcus flavefaciens

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6xsu

タイトル

GH5-4 broad specificity endoglucanase from Ruminococcus flavefaciens

要素

GH5-4 broad specificity endoglucanase

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) /

Cellulase (セルラーゼ) /

xylanase (キシラナーゼ) /

manganese (マンガン) / GH5 /

endoglucanase (セルラーゼ)

機能・相同性

エタノール

機能・相同性情報

生物種

Ruminococcus flavefaciens (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.41 Å

データ登録者

Bingman, C.A. / Smith, R.W. / Glasgow, E.M. / Fox, B.G.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
Department of Energy (DOE, United States)	DEFC0207ER64494	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	NIH 5 T32 GM008349 Biotechnology Training Program	米国

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: A structural and kinetic survey of GH5_4 endoglucanases reveals determinants of broad substrate specificity and opportunities for biomass hydrolysis.
著者: Glasgow, E.M. / Kemna, E.I. / Bingman, C.A. / Ing, N. / Deng, K. / Bianchetti, C.M. / Takasuka, T.E. / Northen, T.R. / Fox, B.G.

履歴

登録	2020年7月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年11月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年2月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6xsu.cif.gz	464.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6xsu.ent.gz	343.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6xsu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xs/6xsu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xs/6xsu	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4im4C 6mq4C 6pz7C 6q1iC 6ui3C 6wqpC 6wqvC 6wqyC 6xrkC 6xsoC 1edgS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6g00-d 3ays-d 1ndw-d 5d9n-2 6mq4-d 6g09-d 1hgw-1 6ui3-d 3vgz-2 2vx5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#13 - 2001年1月アルコール脱水素酵素 (Alcohol Dehydrogenase) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

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PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#13 - 2001年1月
アルコール脱水素酵素 (Alcohol Dehydrogenase)
類似性 (1)
#191 - 2015年11月
グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors)
類似性 (1)
#233 - 2019年5月
S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin)
類似性 (1)
#44 - 2003年8月
カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: GH5-4 broad specificity endoglucanase

B: GH5-4 broad specificity endoglucanase

ヘテロ分子

80.1 kDa, 2 ポリマー
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1

A: GH5-4 broad specificity endoglucanase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40 kDa, 1 ポリマー
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2

B: GH5-4 broad specificity endoglucanase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40.1 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	50.232, 78.303, 82.415
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 92.075, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	GH5-4 broad specificity endoglucanase 分子量: 39939.617 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Ruminococcus flavefaciens (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-EOH / ETHANOL / エタノ-ル / エタノール分子量: 46.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 901 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.34 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 1 microliter of protein at XXXX was combined with 1 microliter of reservoir solution consisting of 31%w/v PEG3350, 0.2 M NaCl, 0.1M bistris pH 5.5. Sample was cryoproected by brief exposure to ethanol vapor.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97856 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月15日
放射	モノクロメーター: diamond (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.41→56.75 Å / Num. obs: 118191 / % possible obs: 96.23 % / 冗長度: 4 % / B_iso Wilson estimate: 10.83 Å² / CC_1/2: 0.991 / CC star: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.1235 / R_pim(I) all: 0.06651 / R_rim(I) all: 0.1409 / Net I/σ(I): 5.38
反射シェル	解像度: 1.41→1.46 Å / 冗長度: 2.4 % / R_merge(I) obs: 0.4048 / Mean I/σ(I) obs: 0.93 / Num. unique obs: 9774 / CC_1/2: 0.729 / CC star: 0.918 / R_pim(I) all: 0.2843 / R_rim(I) all: 0.4987 / % possible all: 79.24

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
DIALS		データ削減
DIALS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1EDG

1edg

解像度: 1.41→56.75 Å / SU ML: 0.1523 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.8697
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1705	1918	1.62 %
R_work	0.1491	116236	-
obs	0.1495	118154	95.81 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.41 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.41→56.75 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5486	0	12	901	6399

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0068	5833
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9038	7964
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0769	866
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0049	1038
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.11	2134

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.41-1.44	0.3192	96	0.3024	6204	X-RAY DIFFRACTION	71.81
1.44-1.48	0.2921	117	0.2712	7467	X-RAY DIFFRACTION	86.11
1.48-1.53	0.2636	143	0.2536	7820	X-RAY DIFFRACTION	90.79
1.53-1.57	0.2173	132	0.2284	8240	X-RAY DIFFRACTION	95.46
1.57-1.63	0.2436	146	0.2024	8479	X-RAY DIFFRACTION	98.19
1.63-1.7	0.2141	139	0.1898	8580	X-RAY DIFFRACTION	99.45
1.7-1.77	0.2053	145	0.174	8607	X-RAY DIFFRACTION	99.87
1.77-1.87	0.1829	143	0.1605	8683	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.87-1.98	0.1596	118	0.138	8642	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.98-2.14	0.1456	164	0.1239	8617	X-RAY DIFFRACTION	100
2.14-2.35	0.1691	151	0.1177	8674	X-RAY DIFFRACTION	100
2.35-2.69	0.1625	113	0.1228	8724	X-RAY DIFFRACTION	100
2.69-3.39	0.1398	179	0.1245	8694	X-RAY DIFFRACTION	100
3.39-56.75	0.1298	132	0.1261	8805	X-RAY DIFFRACTION	99.64

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.540014349028	-0.186565624121	0.0768716686085	0.394674356706	-0.0429374560315	0.493624230019	0.00893352808626	0.0398738294534	0.0164780040669	-0.0666201459204	-0.00992533113725	0.030966536186	-0.0410067683235	-0.0368920994877	-0.00598398482403	0.0412972637961	-0.00749625174146	0.00756024616168	0.049173099342	0.00694957771431	0.037003166582	25.2049478738	6.15044613257	22.5676268373
2	0.07339794128	-0.0592951145565	0.0187979451812	0.056064014827	-0.00486437801406	0.0977652813823	-0.0113962730575	-0.00731995759537	-0.00906683670285	-0.000727086033796	0.0125710208295	-0.0814335216542	-0.015523677284	0.073165392521	-2.06893670154E-7	0.0840254115655	-0.00486594221392	0.00634043997804	0.0876196293852	-0.00137523979173	0.107454005567	38.4490737396	8.05083609182	28.0831675695
3	0.399267885301	-0.00180346301232	-0.167347249673	0.0797868420991	0.135021812413	0.296062686218	0.0457803147064	0.0228884952366	0.0449912244744	-0.114910660897	-0.0259733619992	-0.0733521870648	-0.0680311041657	0.0140118964969	-1.48730570299E-9	0.085939536237	0.00143713556738	0.00866122489443	0.0755564040087	0.0011640115144	0.0756598142045	29.0542694479	16.2712249362	21.641915039
4	0.0613886336059	0.015184134066	-0.00537216696173	0.0302654401179	0.00779785860051	-0.00831755682886	0.0665355933587	0.0111529282904	0.136202967361	-0.133585142277	-0.0601459493642	-0.0970204279007	-0.107033153547	0.00741571653874	3.21281443777E-7	0.133383962603	0.020588645227	0.0163492696073	0.10636380264	0.00679923723411	0.107670083257	21.7251795387	24.7401145634	15.1728789642
5	0.198064929308	0.0587785155108	0.111244951791	0.30823840742	-0.0847830102096	0.18166303832	-0.0124485857434	-0.0387232293995	0.00772635431896	0.0132645299553	0.0102134677821	0.0163504782525	-0.00690414169818	0.0102551316507	-6.41659446938E-8	0.0990109943513	0.000758950109929	-0.000719108123537	0.0798986396549	0.00137223859919	0.0839137885851	19.0542338861	16.9417356376	25.6910012967
6	0.225165509224	0.0608337962274	0.0742712577816	0.185419178603	-0.0731871526995	0.106814200264	0.0252992158813	0.0883774502312	-0.0104683530922	-0.107238300457	-0.0497573533074	0.0537375900384	-0.0697670213714	-0.0138111261084	-8.98810002588E-8	0.118579395623	0.0130341639802	-0.0047262139292	0.102161143653	-0.00369622638002	0.0868708025656	14.5064990947	16.9251573603	15.8084508354
7	0.0839429809076	-0.138522485265	-0.0745170558181	0.258129035074	0.0779372235438	0.143009817944	-0.0124910030824	-0.036379862469	0.00631443277774	0.0388419018863	0.0104513369298	0.0466172408344	-0.0458943687515	-0.0505053969436	-0.0036227015641	0.0659972929427	-0.00136254420745	0.0101098867784	0.0850097769333	-0.00377035388816	0.069853561871	13.8107882055	10.9229892101	35.8213607991
8	0.143402552953	0.0109101269807	-0.154282062305	0.289294631945	-0.0853780473102	0.183195826788	-0.0189034427344	-0.009446550886	-0.00598924675326	-0.00219627697243	-0.000742179869025	0.092817495275	-0.00784676969262	-0.115235899669	-9.38940350699E-8	0.0898588549319	-0.00180251991076	0.000689788301727	0.110622805838	-0.00366165114632	0.0978961290085	12.1293100958	4.06411786607	37.0536471482
9	0.102386607542	-0.00887310284225	-0.00185293387562	0.0474521137414	0.0440098844171	0.0603792883548	0.0251891915251	-0.022070407866	-0.096892595049	0.00450362093633	-0.0343528444519	0.0327971520769	0.11062448147	-0.0447105322599	0.000854295662477	0.100012771272	-0.00635811226779	0.00323201782761	0.106376029179	-0.000350095440759	0.102599693576	17.3872778045	-3.5324750247	39.7979978746
10	0.406779141004	-0.151177819945	-0.10669244267	0.34465707378	-0.255047322176	0.328243761567	0.00979199552311	-0.0610776551484	-0.0331096421057	0.0634566099179	-0.0440473686843	-0.0706995705781	0.0259853300219	0.077283865995	1.35645297933E-7	0.0890241912878	0.0051468939197	-0.0055613768816	0.103723499538	0.0104188328275	0.0988279371621	31.1632902805	2.27513855972	37.8742448507
11	0.892279544103	0.410037991698	0.347898590593	1.57845296538	0.543300238889	0.709838983428	-0.0412698066802	0.0594791729057	-0.0140717843176	-0.188168908285	0.031348750173	-0.0222242019012	-0.0607049427322	0.0037606179531	-0.0400887280193	0.051468836506	-0.00231737643093	0.0109091012976	0.0485964827543	0.0032481244385	0.0340294233394	4.04001146596	5.47236836253	-16.4823885082
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13	0.455234037021	0.00689678897475	0.0998306842385	0.341783408614	-0.0882856948641	0.589522532465	0.0160806539749	-0.0196457600227	0.0038212530615	0.0133650736876	-0.0157706433874	0.0378596730862	0.0307606103685	-0.0521042414245	0.000712186718877	0.0721026369534	-0.002775388411	0.00450977087991	0.0825239767861	-0.00248662631297	0.0803297855988	-2.39527325747	2.38491651455	-1.77342714185

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 34 through 65 )	A	A	34 - 65	1 - 36
2	2	chain 'A' and (resid 66 through 89 )	A	A	66 - 89	37 - 60
3	3	chain 'A' and (resid 90 through 150 )	A	A	90 - 150	61 - 125
4	4	chain 'A' and (resid 151 through 168 )	A	A	151 - 168	126 - 145
5	5	chain 'A' and (resid 169 through 197 )	A	A	169 - 197	146 - 176
6	6	chain 'A' and (resid 198 through 231 )	A	A	198 - 231	177 - 212
7	7	chain 'A' and (resid 232 through 278 )	A	A	232 - 278	213 - 260
8	8	chain 'A' and (resid 279 through 315 )	A	A	279 - 315	261 - 301
9	9	chain 'A' and (resid 316 through 333 )	A	A	316 - 333	302 - 321
10	10	chain 'A' and (resid 334 through 381 )	A	A	334 - 381	322 - 376
11	11	chain 'B' and (resid 35 through 65 )	B	B	35 - 65	1 - 32
12	12	chain 'B' and (resid 66 through 252 )	B	B	66 - 252	33 - 230
13	13	chain 'B' and (resid 253 through 382 )	B	B	253 - 382	231 - 373

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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