PDB-6woz: Plasmodium vivax reticulocyte binding protein 2b (PvRBP2b) bound ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6woz

タイトル

Plasmodium vivax reticulocyte binding protein 2b (PvRBP2b) bound to human monoclonal antibody 251249

要素

251249 Fab heavy chain
251249 Fab light chain
reticulocyte binding protein 2b

キーワード

CELL INVASION / invasion / plasmodium vivax / malaria / antibody complex

機能・相同性

NBD94 domain / Nucleotide-Binding Domain 94 of RH / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Reticulocyte binding protein 2, putative

機能・相同性情報

生物種

Plasmodium vivax (マラリア病原虫)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Chan, L.J. / Dietrich, M.H. / Tham, W.H.

資金援助

オーストラリア, 4件

組織	認可番号	国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)	APP1160042	オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)	APP1143187	オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)	APP1154937	オーストラリア
Wellcome Trust	208693/Z/17/Z	オーストラリア

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Naturally acquired blocking human monoclonal antibodies to Plasmodium vivax reticulocyte binding protein 2b.
著者: Chan, L.J. / Gandhirajan, A. / Carias, L.L. / Dietrich, M.H. / Vadas, O. / Visentin, R. / Franca, C.T. / Menant, S. / Soldati-Favre, D. / Mueller, I. / King, C.L. / Tham, W.H.

履歴

登録	2020年4月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年1月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年4月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6woz.cif.gz	561 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6woz.ent.gz	455.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6woz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wo/6woz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wo/6woz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6wm9C 6wn1C 6wnoC 6wqoC 6wtuC 6wtvC 6wtyC 5w53S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6al5-d 5ecm-2 4idj-d 5ztf-d 6i3z-d 2jix-1 6s3t-4 3v6o-1 3sua-3 2va0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

J: reticulocyte binding protein 2b

E: 251249 Fab heavy chain

F: 251249 Fab light chain

B: 251249 Fab heavy chain

C: 251249 Fab light chain

D: reticulocyte binding protein 2b

A: reticulocyte binding protein 2b

H: 251249 Fab heavy chain

I: 251249 Fab light chain

K: 251249 Fab heavy chain

L: 251249 Fab light chain

G: reticulocyte binding protein 2b

344 kDa, 12 ポリマー
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1

J: reticulocyte binding protein 2b

K: 251249 Fab heavy chain

L: 251249 Fab light chain

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
86.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: 251249 Fab heavy chain

F: 251249 Fab light chain

D: reticulocyte binding protein 2b

登録者が定義した集合体
86.1 kDa, 3 ポリマー
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3

B: 251249 Fab heavy chain

C: 251249 Fab light chain

A: reticulocyte binding protein 2b

登録者が定義した集合体
86.1 kDa, 3 ポリマー
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4

H: 251249 Fab heavy chain

I: 251249 Fab light chain

G: reticulocyte binding protein 2b

登録者が定義した集合体
86.1 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	99.568, 163.551, 121.757
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 99.190, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	reticulocyte binding protein 2b 分子量: 36519.789 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium vivax (strain Salvador I) (マラリア病原虫) 株: Salvador I / 遺伝子: PVX_094255 / プラスミド: pET32a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SHuffle T7 / 参照: UniProt: A5K736
#2: 抗体	251249 Fab heavy chain 分子量: 25772.953 Da / 分子数: 4 / Fragment: human antibody Fab heavy chain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体	251249 Fab light chain 分子量: 23819.438 Da / 分子数: 4 / Fragment: human antibody Fab light chain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.71 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.2 M DL-malate-imidazole pH 6.0, 15% (w/v) PEG 4,000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Australian Synchrotron

/ ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月17日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9537 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.89→49.145 Å / Num. obs: 85210 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 7.085 % / B_iso Wilson estimate: 60.995 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.181 / R_rim(I) all: 0.195 / Χ²: 0.986 / Net I/σ(I): 9.78 / Num. measured all: 603673

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.89-3.07	6.716	1.37	1.33	89464	13784	13322	0.653	1.484	96.6
3.07-3.28	7.381	0.808	2.44	95659	12956	12960	0.851	0.869	100
3.28-3.54	7.287	0.46	4.28	87916	12072	12065	0.946	0.496	99.9
3.54-3.88	7.136	0.266	7.26	79186	11100	11096	0.982	0.287	100
3.88-4.33	6.753	0.165	11	68177	10100	10096	0.992	0.179	100
4.33-5	7.155	0.1	17.27	63569	8888	8884	0.997	0.107	100
5-6.1	7.405	0.103	17.02	55801	7535	7536	0.997	0.111	100
6.1-8.56	6.872	0.077	20.51	40387	5883	5877	0.998	0.083	99.9
8.56-49.145	6.971	0.035	41.07	23513	3398	3373	0.999	0.037	99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.15_3459	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5W53

5w53

解像度: 2.9→49.145 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.34

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2577	4246	5 %
R_work	0.2111	-	-
obs	0.2135	84919	99.77 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 112.48 Å² / B_iso mean: 61.7958 Å² / B_iso min: 28.73 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.9→49.145 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	22580	0	0	0	22580
残基数	-	-	-	-	2948

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.9-2.933	0.3631	137	0.3681	2605	98
2.933-2.9675	0.3629	141	0.3299	2690	100
2.9675-3.0037	0.3884	141	0.3197	2669	100
3.0037-3.0417	0.3474	143	0.3072	2715	100
3.0417-3.0817	0.3429	140	0.2911	2677	100
3.0817-3.1239	0.3402	141	0.2862	2681	100
3.1239-3.1685	0.3431	139	0.2752	2635	100
3.1685-3.2158	0.3373	144	0.278	2737	100
3.2158-3.266	0.3156	140	0.269	2655	100
3.266-3.3196	0.3485	143	0.2666	2713	100
3.3196-3.3768	0.3036	140	0.2671	2668	100
3.3768-3.4382	0.3419	142	0.2558	2689	100
3.4382-3.5043	0.2878	141	0.2416	2679	100
3.5043-3.5758	0.3163	144	0.2324	2727	100
3.5758-3.6535	0.2913	137	0.2294	2639	100
3.6535-3.7385	0.2939	141	0.2215	2684	100
3.7385-3.832	0.2714	143	0.2233	2717	100
3.832-3.9355	0.2941	140	0.2128	2678	100
3.9355-4.0513	0.2449	142	0.2055	2689	100
4.0513-4.182	0.2559	142	0.192	2696	100
4.182-4.3314	0.2179	143	0.1845	2711	100
4.3314-4.5047	0.2383	141	0.1695	2674	100
4.5047-4.7095	0.1934	142	0.16	2695	100
4.7095-4.9576	0.1776	142	0.1654	2714	100
4.9576-5.2679	0.2084	142	0.1696	2696	100
5.2679-5.6741	0.2266	142	0.1891	2685	100
5.6741-6.244	0.2493	143	0.1974	2727	100
6.244-7.1452	0.2279	143	0.2021	2718	100
7.1452-8.9932	0.2459	143	0.1783	2714	100

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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