[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-6wm9: Plasmodium vivax reticulocyte binding protein 2b (PvRBP2b) bound ... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6wm9 | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Plasmodium vivax reticulocyte binding protein 2b (PvRBP2b) bound to human monoclonal antibody 237235 | |||||||||||||||
![]() |
| |||||||||||||||
![]() | CELL INVASION / invasion / plasmodium vivax / malaria / antibody complex | |||||||||||||||
Function / homology | NBD94 domain / Nucleotide-Binding Domain 94 of RH / Reticulocyte binding protein 2, putative![]() | |||||||||||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
![]() | Chan, L.J. / Dietrich, M.H. / Tham, W.H. | |||||||||||||||
Funding support | ![]()
| |||||||||||||||
![]() | ![]() Title: Naturally acquired blocking human monoclonal antibodies to Plasmodium vivax reticulocyte binding protein 2b. Authors: Chan, L.J. / Gandhirajan, A. / Carias, L.L. / Dietrich, M.H. / Vadas, O. / Visentin, R. / Franca, C.T. / Menant, S. / Soldati-Favre, D. / Mueller, I. / King, C.L. / Tham, W.H. | |||||||||||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 304.7 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 239.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 461.3 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 470.9 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 54.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 77.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6wn1C ![]() 6wnoC ![]() 6wozC ![]() 6wqoC ![]() 6wtuC ![]() 6wtvC ![]() 6wtyC ![]() 5w53S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
---|---|
Similar structure data |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
Unit cell |
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 36519.789 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: Salvador I / Gene: PVX_094255 / Plasmid: pET32a(+) / Production host: ![]() ![]() #2: Antibody | Mass: 25096.031 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: human antibody Fab heavy chain Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #3: Antibody | Mass: 23641.076 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: human antibody Fab light chain Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #4: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.64 Å3/Da / Density % sol: 53.34 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 0.1 M magnesium formate, 15% (w/v) PEG 3,350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Nov 14, 2018 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9537 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.45→42.464 Å / Num. obs: 62389 / % possible obs: 97.4 % / Redundancy: 3.32 % / Biso Wilson estimate: 35.923 Å2 / CC1/2: 0.988 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Rrim(I) all: 0.179 / Χ2: 0.885 / Net I/σ(I): 7.37 / Num. measured all: 207150 / Scaling rejects: 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-
Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5W53 Resolution: 2.45→42.464 Å / SU ML: 0.39 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.93 / Phase error: 31.75
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 78.94 Å2 / Biso mean: 33.5318 Å2 / Biso min: 11.17 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.45→42.464 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
|