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- PDB-4idj: S.Aureus a-hemolysin monomer in complex with Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4idj
タイトルS.Aureus a-hemolysin monomer in complex with Fab
要素
  • Alpha-hemolysin
  • Fab Heavy chain
  • Fab Light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / HEMOLYSIN complex with Fab / CYTOLYTIC PROTEIN / Fab / secreted
機能・相同性
機能・相同性情報


cytolysis in another organism / The NLRP3 inflammasome / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / toxin activity / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Leukocidin/porin MspA / Leukocidin-like / Aerolysin/haemolysin toxin, conserved site / Aerolysin type toxins signature. / Bi-component toxin, staphylococci / Leukocidin/Hemolysin toxin / Leukocidin/Hemolysin toxin family / Leukocidin/porin MspA superfamily / Distorted Sandwich / Immunoglobulins ...Leukocidin/porin MspA / Leukocidin-like / Aerolysin/haemolysin toxin, conserved site / Aerolysin type toxins signature. / Bi-component toxin, staphylococci / Leukocidin/Hemolysin toxin / Leukocidin/Hemolysin toxin family / Leukocidin/porin MspA superfamily / Distorted Sandwich / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.36 Å
データ登録者Strop, P.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: Mechanism of Action and In Vivo Efficacy of a Human-Derived Antibody against Staphylococcus aureus alpha-Hemolysin.
著者: Foletti, D. / Strop, P. / Shaughnessy, L. / Hasa-Moreno, A. / Casas, M.G. / Russell, M. / Bee, C. / Wu, S. / Pham, A. / Zeng, Z. / Pons, J. / Rajpal, A. / Shelton, D.
履歴
登録2012年12月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月24日Group: Source and taxonomy
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32021年5月26日Group: Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.host_org_common_name ..._entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.host_org_common_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-hemolysin
H: Fab Heavy chain
L: Fab Light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,2518
ポリマ－82,7713
非ポリマー4805
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5910 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area31950 Å2
手法PISA
2
A: Alpha-hemolysin
H: Fab Heavy chain
L: Fab Light chain
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)499,50648
ポリマ－496,62418
非ポリマー2,88230
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
crystal symmetry operation10_555-y,-x,-z+1/21
crystal symmetry operation11_455-x+y-1,y,-z+1/21
crystal symmetry operation12_565x,x-y+1,-z+1/21
Buried area52670 Å2
ΔGint-649 kcal/mol
Surface area174440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)130.188, 130.188, 308.336
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number182
Space group name H-MP6322

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要素

#1: タンパク質 Alpha-hemolysin / Alpha-HL / Alpha-toxin


分子量: 33409.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: hla, hly / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09616
#2: 抗体 Fab Heavy chain


分子量: 25796.775 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK 293S CELLS / 器官 (発現宿主): HUMAN EMBRYONIC KIDNEY CELLS / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 Fab Light chain


分子量: 23564.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK 293S CELLS / 器官 (発現宿主): HUMAN EMBRYONIC KIDNEY CELLS / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.01 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6
詳細: 1.7M AmSO4, 4.25% isopropanol, 15% glycerol, pH 6, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月26日
放射モノクロメーター: DOUBLE-CRYSTAL, SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.35→50 Å / Num. obs: 22137 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.152 / Χ2: 1.081 / Net I/σ(I): 5.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
3.35-3.476.30.55420480.923191.3
3.47-3.616.30.35521240.737194.8
3.61-3.776.20.37921501.383196.6
3.77-3.976.30.28922181.266198.3
3.97-4.226.30.19522130.918198.2
4.22-4.556.40.14122051.112197.2
4.55-56.30.12222391.208197.1
5-5.736.20.10222441.028197.5
5.73-7.216.10.10822791.056196.6
7.21-505.70.04424171.17195.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3.36 Å14.99 Å
Translation3.36 Å14.99 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER1.3.3位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
BOSデータ収集
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.36→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.91 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.871 / WRfactor Rfree: 0.2434 / WRfactor Rwork: 0.2102 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.35 / FOM work R set: 0.7077 / SU B: 69.828 / SU ML: 0.466 / SU R Cruickshank DPI: 0.4602 / SU Rfree: 0.5348 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.531 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2964 1149 5.2 %RANDOM
Rwork0.2491 ---
obs0.2515 22084 96.19 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 240.76 Å2 / Biso mean: 108.4352 Å2 / Biso min: 57.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.48 Å23.24 Å20 Å2
2--6.48 Å20 Å2
3----9.72 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.36→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5559 0 25 0 5584
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0225730
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023830
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1561.9457798
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7893.0029355
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9325718
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.21124.762252
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.53115945
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.2211526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.2859
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.026382
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021132
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2060.21213
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1860.24045
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1810.22724
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0840.23295
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1370.2146
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0570.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2180.220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2380.238
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2110.24
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.1891.54579
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0241.51447
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.24125788
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.39132610
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.6064.52006
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.6261-1.5912.9752.2004-1.08894.83090.0889-0.6531-0.5390.04740.2512-0.3290.48120.6871-0.3401-0.36830.1389-0.0787-0.5635-0.1313-0.3657-46.734410.355572.4449
22.86560.9516-1.27562.907-0.3196.5467-0.15830.3498-0.458-0.5890.1645-0.25850.74290.1368-0.0062-0.17220.0692-0.0104-0.496-0.2586-0.3994-50.939710.325637.1969
37.9961.76010.531310.5126-0.28632.67720.4410.45670.3183-0.6734-0.3738-0.6359-0.00920.1777-0.06720.2295-0.0496-0.01250.0064-0.4691-0.331-40.966411.93011.1755
42.29110.4532-0.28655.2012-1.10313.11930.14550.4080.0306-0.77020.2318-0.4386-0.39530.3734-0.3773-0.3917-0.02090.1071-0.2564-0.27-0.4912-45.651131.284933.3004
57.2315.91515.19069.6125.9099.7837-0.4070.35111.0769-1.1798-0.1191.9995-1.2705-0.79820.5260.69550.2576-0.05960.3819-0.13780.2666-51.528924.07150.6217
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A7 - 293
2X-RAY DIFFRACTION2H1 - 114
3X-RAY DIFFRACTION3H115 - 212
4X-RAY DIFFRACTION4L1 - 107
5X-RAY DIFFRACTION5L108 - 213

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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